Extensive use of antimicrobial agents has generated selective pressure on bacteria and resulted in development of resistance to beta-lactam antibiotics. The main resistance mechanism in bacteria is the production of beta-lactamase enzymes that can hydrolyze the beta-lactam ring and render the antibiotic inactive before it reaches the target. It is important to find an inhibitor to disable the beta-lactamase enzyme in order to benefit from beta-lactam antibiotics. BLIP is an effective beta-lactamase inhibitor but it exhibits different binding affinities to TEM-1 and SHV-1 beta-lactamases despite their 68 % sequence identity. Molecular Dynamics (MD) simulations were performed in order to investigate the features that lead to the difference in binding affinity of BLIP to these two beta-lactamases. It was found that H10 helix (residues 218 to 230) and omega loop (residues 161 to 179) and especially residue 175, which is aspargine in TEM-1 and glycine in SHV-1, respond differently to BLIP binding in TEM-1 and SHV-1. The relevance of the H10 helix to the difference in binding affinity was further investigated by performing MD simulations on the TEM-1 W229A mutant in the apo and BLIP bound forms. In the second part of the work, peptides based on the BLIP loop (residues 45-52), that inserts into the beta-lactamase active site were used in MD simulations to investigate their binding potential and to study their interaction mechanism. Peptides were designed with different residue mutations. Peptide that was based on 45 to 53 residues of BLIP and that has the G48F mutation is the one that exhibits tightest binding among the designed BLIP based peptides. This peptide can be used as a template for future studies to design new peptides with different residue mutations to enhance the binding affinity.

Antimikrobiyel ajanların yaygın kullanımı bakterilerin mevcut beta-lactam antibiyotiklerine direnç kazanmalarına neden olmuştur. Bakterilerin başlıca direnç mekanizması, beta-laktamaz enziminlerini sentezlemeleri ve sentezlenen enzimlerin beta-laktam halkalarını hidrolize ederek antibiyotiği hedefine ulaşamadan etkisiz hale getirmesidir. Bakterilerle mucadelede antibiyotiklerden etkin olarak yararlanabilmek için beta-laktamaz enzimini etkisiz hale getirecek inhibitör tasarımı büyük önem taşımaktadır. BLIP etkili bir beta-laktamaz inhibitörüdür ancak amino asit dizilimleri açısından % 68 benzerliğe sahip TEM-1 ve SHV-1 beta-laktamazlarına BLIP farklı ilgiler ile bağlanır. BLIP'in bu iki beta-laktamaza karşı farklı bağlanma ilgisine neden olan özellikler, Moleküler Dinamik (MD) simülasyonları ile incelenmiştir. BLIP'e bağlanmada TEM-1 and SHV-1 beta-laktamazlarındaki H10 sarmalı (218'den 230'a olan kalıntılar) ve omega döngüsü (161'den 179'a olan kalıntılar) ile özellikle de TEM-1'de glisin ve SHV-1'de asparajin olan 175. kalıntı farklılık göstermektedir. H10 sarmalının bağlanma ilgisine olan etkisi TEM-1 W229A mutantının apo ve BLIP'e bağlı formları ile yapılan MD simülasyonları ile incelenmiştir. Çalışmanın ikinci kısmında, beta-laktamazın aktif bölgesine bağlanan BLIP'in 45-52 kalıntıları arasındaki dizi temel alınarak tasarlanan peptitlerin MD simülasyonları ile TEM-1 beta-laktamazına bağlanma ve bu enzimi inhibisyon potansiyelleri araştırılmıştır. Farklı peptitler değişik kalıntılara yapılan mütasyonlar ile tasarlanmıştır. BLIP temelli peptitler arasında, G48F mütasyonunu içerecek şekilde BLIP'in 45 ile 53. kalıntıları arasındaki dizi temel alınarak tasarlanan peptidin BLIP ile en kuvvetli bağlanan peptit olduğu bulunmuştur. Bu peptit bağlanma ilgisini arttırmaya yönelik yapılacak çalışmalarda değişik mütasyonlar içeren yeni peptitlerin tasarlanması için bir temel oluşturacaktır.