Tez detayları

Investigation of mouth opening mechanism of Human topoisomerase I at the atomic-scale level = Human topoisomerase I'ın ağız kısmının açılma mekanizmasının atomik seviyede incelenmesi

Ana Başlıklar:

Yaşam bilimleri

Belge Tipi:

Tezler

Program Tipi:

Yüksek Lisans

Yayın Tarihi:

12/2013

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000166669

Anahtar sözcükler:

Biyofizik

Özet

The enzymes, topoisomerases (Topos) are very important enzymes that adjust topology of DNA, by changing the linking number. DNA topology of is independent of geometry and deformations. The only way to change topology is to cut one or two strands need to get the required topological states. Topos are the proteins that accomplish these crucial functions. There are two classes of topoisomerases that are distinguished by their mechanism of action. Type I enzymes alter DNA topology by generating transient single-stranded breaks in the double helix. These breaks allow the broken strand to rotate around its intact component. After the relaxation, a second esterification occurs to reverse the intermediate. Beyond the critical role that topoisomerases play in major DNA processes including replication, transcription and recombination, these enzymes are targets of some anticancer drugs. We have carried out equilibrium molecular dynamics, and analzed the simulations. The most important result of this study is the observation that the anti-cancer drug molecule topotecan keeps the lips of the enzyme closed for almost all the simulation time.The most curial interaction between topotecan and the enzyme is found to be the hydrogen bond between Asp533 and E-ring hydroxyl of drug molecule. Keywords: Human Topoisomerase I, Topotecan, Molecular Dynamics, AFM.

Enzim olarak çalışan topoizomerase proteinleri, topolojik bir değişmez olan 'linking' sayısını ayarlayarak DNA topolojisini düzenleyen enzimlerdir. DNA topolojisi geometrik deformasyondan bağımsızdır, bu yüzden topolojik durumunu değistirmek için bir ya da iki iplikçiğinin kesilmesi zorunludur. Topoizomerler bu çok önemli işleri hücre içinde, özellikle DNA replikasyonu ve transkripsyonu esnasında başaran enzimlerdir. Bu çalışmada, biz DNA –topoizomer-topotekan `dan oluşan üçlü yapıdaki topoizomer enzimi kompleki üzerine equilibrium (denge) moleküler similasyonları yaptık. Moleküler Dinamik simulasyonlarımız DNA-protein kompleksine ilaç molekülü varken yapıldı ve ilaç molekülünün proteinin ağız kısmında açılmaya etkisi olup-olmadığı analiz edildi. Ayrıca, anti-kanser ilaç molekülü bu üçlü (DNA-protein-Topotecan) yapıyı stabil halde tutarken, proteinin her bir amini asidinin tek tek hareketleri incelendi. Bu hareketlerin toplam mekanizmaya etkileri çalışıldı. Bu çalışmadan elde ettiğimiz en önemli sonuç, bütün similasyon süresince topotecan molekülü, proteinle olan etkileşimi korumaktadır. Bunun sebebini araştırdığımızda, TPT ile Asp533 amino asit arasındaki etkileşinin çok önemli olduğunu gözlemledik. Bu direkt hidrojen bağ, proteinin açılmasını engellemektedir. Bu bağın kopması durumunda, proteinin açıldığını gözlemledik.

Tez detayları

Investigation of mouth opening mechanism of Human topoisomerase I at the atomic-scale level = Human topoisomerase I'ın ağız kısmının açılma mekanizmasının atomik seviyede incelenmesi

Yazarlar:

Koşal Bülbül, Ayşe

Yayıncı:

Fatih Üniversitesi

Ana Başlıklar:

Yaşam bilimleri

Belge Tipi:

Tezler

Program Tipi:

Yüksek Lisans

Yayın Tarihi:

12/2013

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000166669

Anahtar sözcükler:

Biyofizik

Özet

Tez detayları

Investigation of mouth opening mechanism of Human topoisomerase I at the atomic-scale level = Human topoisomerase I&apos;ın ağız kısmının açılma mekanizmasının atomik seviyede incelenmesi

Yazarlar: Koşal Bülbül, Ayşe

Yayıncı: Fatih Üniversitesi

Ana Başlıklar: Yaşam bilimleri

Belge Tipi: Tezler

Program Tipi: Yüksek Lisans

Yayın Tarihi: 12/2013

Belge Dili: İngilizce

Document ID (Org No.): 2000166669

Anahtar sözcükler:

Biyofizik

Özet

Investigation of mouth opening mechanism of Human topoisomerase I at the atomic-scale level = Human topoisomerase I'ın ağız kısmının açılma mekanizmasının atomik seviyede incelenmesi

Yazarlar:

Koşal Bülbül, Ayşe

Yayıncı:

Fatih Üniversitesi

Ana Başlıklar:

Yaşam bilimleri

Belge Tipi:

Tezler

Program Tipi:

Yüksek Lisans

Yayın Tarihi:

12/2013

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000166669