Tez detayları

An ınvestigation of poly(A site selection loci in estrogen treated breast cancer cells = E2 muamelesi yapılan meme kanseri hücrelerinde poli (A) bölgesi seçiliminin araştırılması

Yazarlar:

Bekar, Damla

Yayıncı:

Orta Doğu Teknik Üniversitesi

Ana Başlıklar:

Biology

Belge Tipi:

Tezler

Program Tipi:

Yüksek Lisans

Yayın Tarihi:

12/2018

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000304370

Anahtar sözcükler:

Biyoloji

Özet

Alternative polyadenylation (APA) is an mRNA processing step implicated in 3'UTR (Untranslated Region) isoform diversity, which may have significant impacts on protein levels. Nearly 70% of known human genes harbor multiple polyA sites. Proliferative signals, developmental cues and tissue specificity can induce alternative selection of polyA sites, producing transcripts with different 3'UTR lengths. Given that APA generates a vast isoform diversity, there are possible mechanistic explanations emerging on how APA might be regulated. To better understand the APA mechanism in the presence of proliferative signals, we chose a model system where we know APA is induced by Estradiol (E2) in Estrogen positive (ER+) breast cancer cell line. We analyzed existing Chromatin Immunoprecipitation- Sequencing (ChIP-Seq) data for certain histone marks that may overlap with polyA sites in E2 treated cells and performed experiments to confirm usage of these specific polyA sites.Despite the low number of cases we could analyze in this study, our results may suggest a possible link between E2 regulated transcription and APA. Future high throughput experiments will be important to test how widespread these correlations are and what the underlying mechanisms are.

Alternatif poliadenilasyon (APA) 3'UTR (Untranslated Region) transkript çeşitliliğine sebep olduğu bilinen bir mRNA işlenmesi basamağıdır ve bu mekanizmanın protein düzeyine önemli etkileri olabilir. Bilinen insan genlerinin yaklaşık %70'i birden fazla poli A bölgesi bulundurur. Proliferatif sinyaller, gelişim işaretleri ve doku spesifitesi Poli A bölgelerinin alternatif seçilimine neden olabilir ve bu seçilim farklı 3'UTR uzunluğuna sahip transkriptler üretilmesini sağlar.APA mekanizmasının izoform çeşitliliğine sebep olduğu bilinmektedir ve yapılan çalışmalarla APA'nın nasıl düzenlendiği ve işlediği ile ilgili muhtemel mekanistik açıklamalar ortaya çıkmaya başlamıştır. Çalışmamızda, proliferatif sinyallerin varlığında APA mekanizmasının işleyişini daha iyi anlayabilmek adına, östrojen pozitif (ER+) meme kanseri hücre hattında Estradiol (E2) tarafından indüklenen APA mekanizmasının incelendiği bir model sistemi seçilmiştir. Önceden varolan Kromatin İmmunopresipitasyon-Sekanslama (ChIP-Seq) dataları belirli histon işaretlerine bakılarak analiz edilmiş, E2 muamelesi yapılan hücrelerde histon işaretleri ve Poli A bölgeleri örtüşmelerine bakılmıştır. Bahsi geçen spesifik poli A bölgelerinin seçilimini doğrulamak için deneyler yapılmıştır.Yaptığımız analizlerin az sayıda olmasına rağmen sonuçlarımız, E2 ile regüle edilen transkripsiyon ve APA arasında muhtemel bir bağlantıyı gösteriyor olabilir. Gelecekte yapılacak olan yüksek verimli deneyler bu korelasyonların ne kadar yaygın olduğunu test etmek ve bu bağlantıların altında yatan mekanizmaları anlamak açısından önemli olacaktır.

Tez detayları

An ınvestigation of poly(A site selection loci in estrogen treated breast cancer cells = E2 muamelesi yapılan meme kanseri hücrelerinde poli (A) bölgesi seçiliminin araştırılması

Yazarlar: Bekar, Damla

Yayıncı: Orta Doğu Teknik Üniversitesi

Ana Başlıklar: Biology

Belge Tipi: Tezler

Program Tipi: Yüksek Lisans

Yayın Tarihi: 12/2018

Belge Dili: İngilizce

Document ID (Org No.): 2000304370