Papaveraceae family includes 28 genera and approximately 250 species around the world. Members of this family are spread on subtropical regions in Northern Hemisphere. In Turkey, there are five genus belonging to Papaveraceae family one of which is Papaver L. Within this genus members, Papaver somniferum L. (Opium poppy) is an annual and usually glaucous herb, and is known as `haşhaş` in Turkey. It is one of the sources of various pharmaceutically and economically beneficial alkaloids, fatty acids such as morphine, papaverine, codeine, noscapine and linoleic, oleic and palmitic acids. In this study, chemical compounds were analyzed by using GC-FID and ICP-MS. As a result of our measurements, linoleic acid, oleic acid and palmitic acid showed the highest ratio in all studied cultivars, respectively. Hierarchical cluster dendogram was constructed according to the chemical compound analysis, and TMO T and TMO 3 cultivars were determined as the most distant relatives.Some candidate genes/regions in plants have been proposed as possible standard markers, but none of them were commonly accepted by taxonomic communities. However, nuclear ribosomal DNA (nrDNA) ITS regions have been often used in phylogenetic studies. Additionally, chloroplastic trnL-trnF intergenic spacer is also employed to find out phylogenetic relationships between various plants. Also, inter simple sequence repeats (ISSR) markers are the most used markers for giving reproducible, highly polymorphic and informative results. In this study, 18 ISSR primers were used in 12 different P. somniferum cultivars, which were widely used in Turkey and genetic diversity and phylogenetic relationship between these cultivars were investigated by using internal transcribed spacer (ITS) and trnL-trnF intergenic spacer. According to our results, two main groups were observed, and the most homogenous was Group A including TMO 2, Bolvadin 95, TMO T, Afyon 95, Ofis 96, Ofis 3, Ofis 4 and Ofis 95 cultivars, while Group B including TMO 3, Ofis 8, TMO 4 and TMO 1 cultivars.

Papaveraceae familyası dünya üzerinde 28 cins ve yaklaşık 250 tür içermektedir. Bu familyanın üyeleri, kuzey yarımkürede subtropikal bölgelerde yayılım göstermektedir. Turkey'de ise 5 farklı cinsi bulunmaktadır ki Papaver L.'de bunlardan biridir. Bu cinse bağlı Papaver somniferum L. (haşhaş) tek yıllık ve genellikle pürüzsüz bitkidir ve Türkiye'de `haşhaş` olarak bilinmektedir. Farmasötik ve ekonomik açıdan değerli morfin, kodein ve noskapin gibi önemli alkaloidlerin, linoleik asit, oleik asit and palmitik asit gibi önemli yağ asitlerinin kaynağıdır. Bitkilerdeki pek çok gen/bölgeler olası bir standart işaretleyici olarak önerilmiştir fakat hiçbiri taksonomik topluluklar tarafından genel bir kabul görmemiştir. Bununla birlikte, nükleer ribosomal DNA (nrDNA) ITS bölgeleri, genellikle filogenetik çalışmalarda kullanılmıştır. Ek olarak bitkiler ve diğer organizmalar arasındaki araştırmalarda kloroplastik trnL-trnF spacer da kullanılmıştır. Ayrıca kısa dizi tekrarları arası (ISSR) işaretleyicileri tekrarlanabilir, oldukça polimorfik ve bilgilendirici sonuçlar vermek için en çok kullanılan işaretleyicilerdir.Bu çalışmada kimyasal bileşen analizlerinin sonucunda hiyerarşik küme dendogramı oluşturulmuştur. TMO T ve TMO 3'ün en uzak akrabalık ilişkisine sahip olduğu belirlenmiştir. Türkiye'de yetiştirilen 12 adet haşhaş kültür varyetesi materyal olarak kullanılmıştır. Çalışma, 18 farklı ISSR tekniğine ait işaretleyici kullanılarak bitki genomlarındaki genetik çeşitlilik araştırılmış, ITS ve trnL–trnF intergenik spacer kullanılarak çeşitler arasindaki genetik ilişki ortaya konmuştur. Sonuçlara göre, iki ana grup gözlenmiştir. En homojen grubun , TMO 2, Bolvadin 95, TMO T, Afyon 95, Ofis 96, Ofis 3, Ofis 4 ve Ofis 95 varyeteleri içeren A grubu olduğu diğer grrup olan B grubu ise TMO 3, Ofis 8, TMO 4 ve TMO 1 varyetelerinden oluştuğu görülmüştür.