Advances in the molecular biology and biotechnology enable the convenient use of molecular targets for diagnosing and treating cancer. Polymerase chain reaction (PCR)-based techniques allow us to obtain genetic information through the specific amplification of nucleic acid sequences starting with a very low number of target copies. Many applications in medicine or research require quantification of the number of specific targets in the specimen. Rapid PCR assays can be used in detection of genomic instabilities as a genome wide screening tool.Cancer is a complex disease, with multiple genes in diverse pathways involved in its initiation, progression, invasion and metastasis. In fact, it is widely accepted that the sequential accumulation of mutations that activate oncogenes and disrupt tumour suppressor genes, combined with multiple cycles of clonal selection and evolution facilitate the process of carcinogenesis.In this thesis work, RAPD-PCR is used to determine the genome wide genomic instability in blood, epithelial and paraffin embedded tissues of breast and endometrium cancer patients. In addition to RAPD-PCR further confirmation of the results is done using HRM analysis of real-time PCR. The results can aid the research for monoclonal nature of tumours, nature of malignant tumours, genetic heterogeneity of tumors, and the evaluation of metastatic cancer cells that can show the stages of cancinogenesis.

Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji alanındaki gelişmeler kanser tedavisinde ve moleküler hedeflerin kullanılmasında rahat bir olanak sağlar. Polimeraz Zincir Reaksiyon bazlı teknikler ile çok düşük sayıdaki hedef kopyalarından başlayarak nükleik asit dizilerinin amplifikasyonu ile belirli bir genetik bilgi elde edilmesine olanak sağlamaktadır. Ilaç ya da araştırma içeren bir çok uygulama için örnekte spesifik hedef sayısının ölçülmesi gereklidir. Rastgele Arttırılmış Polimorfik DNA Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RAPD-PZR) bir genom tarama aracı olarak genomik kararsızlığı saptanmasında kullanılabilir.Gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) tabanlı testler, gen ekspresyonunu karakterize eden veya onaylayan ve aynı popülasyonun farklı mesajcı RNA düzeylerinin karşılaştırılmasında en yaygın kullanılan yöntemdir.Hücrelerde DNA'nın hasarı sonucu hücrelerin kontrolsüz veya anormal bir şekilde büyümesi ve çoğalmasıyla kanser oluşur. Kanser birden fazla genin değişik yollardan farklılaşmasıyla oluşan komplex bir hastalıktır. Vücuttaki hücrelerin kontrolsüz bir şekilde çoğalarak komşu dokuları işgal etmesi (invazyon) veya kaynağını aldığı organdan farklı bir yere, kan veya lenf yoluyla yayılması (metastaz) ile oluşur.Kanser potansiyeli olan hücrelerin en önemli özelliği onkogen içermesidir.Her bir hücrede, onkogenlerin aktivasyonunu indirgeyen tümör baskılayıcı genler bulunmaktadır. Tümör baskılayıcı genlerin kaybolması veya inaktive olması durumunda onkogen aktivitesine izin verilmiş olur. Bunu da kanserin oluşumunu sağlar ve hızlanmasına izin verir.Bu tez çalışmasında, meme ve endometrium kanserli hastalarından alınan doku ve kan örneklerinde RAPD-PZR tekniği kullanılarak genomdaki kararsızlık belirlenmiştir.Buna ek olarak, Tümörlerin monoklonal yapısını, malignant tümörlerin genetik heterojenliğini, metastatik hücrelerin değerlendirilmesini sağlayacak ve kanser hücrelerinde kanserogenez aşamalarını gösterebilecek ve takip etmek için kullanılabilecek bir yöntem olan RAPD-PCR, real-time PCR'ın HRM analiz boyutu ile de daha hassas değerlendirmeler yapabilmemizi sağlamıştır.