Tez detayları

The role of PATZ1 transcription factor in the dna damage response = Patz1 transkri̇psi̇yon faktörünün DNA hasar yanıtlarındaki̇ rolü

Yazarlar:

Deniz, Emre

Yayıncı:

Sabancı Üniversitesi

Ana Başlıklar:

Biyokimya | Yaşam bilimleri

Belge Tipi:

Tezler

Program Tipi:

Doktora (Phd)

Yayın Tarihi:

12/2013

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000009675

Anahtar sözcükler:

Özet

PATZ1 (MAZR) is a transcription factor composed of an N-terminal BTB protein-protein interaction domain and a C-terminal zinc finger and AT-hook DNA binding domain. Recent findings indicate that PATZ1 has a crucial role in the p53pathway and during tumorigenesis. PATZ1 interacts with p53, is upregulated in various cancers and its absence favors lymphomagenesis. We identified a role for PATZ1 as a regulator of the p53 tumor suppressor protein. We found that upon doxorubicin induced DNA damage, the protein level of PATZ1 decreases, as the p53 protein accumulates.This inverse correlation between PATZ1 and p53 protein levels led us to investigate the biological relevance of these two proteins. We found that PATZ1 loss resulted in decreased proliferation rates in various cell types; while its overexpression accelerated proliferation. We demonstrate that PATZ1 inhibits the transcription activation function of p53 by luciferase reporter assays. While p53 is responsible for inducing the expression of the target genes p21 and Puma, we show that PATZ1 overexpressing cells cannot induce the expression of these genes as effectively as wild type cells. Finally, we performed genome scale RNA-Seq and microarray analysis on doxorubicin treated mouse embryo fibroblasts sufficient or deficient for PATZ1 and found that the absence of PATZ1 results in an alteration of the expression of p53 target genes. These results demonstrate that PATZ1 modulates p53-dependent cellular stress and DNA damage pathways.

PATZ1 (MAZR), N ucunda protein-protein etkileşimlerinde görevli BTB bölgesi, C ucunda ise çinko parmak ve AT-hook motifleri olan bir transkripsiyon faktörüdür. Son zamanlarda bulunan bilgilere göre, PATZ1, p53 yolağında ve tümörgelişimi sırasında kritik rollere sahiptir. PATZ1 proteini p53 proteinine bağlanır, çeşitli kanser tiplerinde yüksek miktarda ifade edilir ve PATZ1'in yokluğunda lenfoma gelişimi kolaylaşır. Biz, PATZ1'i tümör baskılayıcı p53 proteininin düzenleyicisi olarak belirledik. Doksorubisin ilacı ile indüklediğimiz DNA hasarı sonucunda, hücreiçerisinde p53 proteini birikirken, PATZ1 proteininin azaldığını bulduk. PATZ1 ve p53 miktarlarının değişimindeki ters ilişki bizi bu iki proteinin biyolojik etkileşimlerini araştırmaya teşvik etti. PATZ1'in aşırı miktarda ifadesinin çeşitli hücre tiplerinde bölünmeyi hızlandırdığını, ifadesinin düşük olmasının ise hücre bölünmesini yavaşlattığını bulduk. Yaptığımız lusiferaz aktivitesi deneyleri sonucunda, PATZ1'in p53'ün transkripsiyon etkinleştirici fonksiyonunu engellediğini kanıtladık. Normalde, p53, p21 ve Puma genlerinin ifadelerini arttırmasına rağmen, PATZ1'i aşırı miktarda ifade eden hücrelerin bu genleri normal durumdaki kadar arttıramadığını gösterdik. Son olarak, PATZ1'in yeterli veya yetersiz ifade ediliği fare embriyo fibroblastlarını doksorubisin ile muamele ederek genom çapında RNA-Seq ve mikroarray analizleri gerçekleştirdik ve PATZ1'in yetersiz olduğu durumdalarda p53 hedeflerinin ifadelerinde farklılaşmalar olduğunu bulduk. Bu sonuçlar ile PATZ1'in p53 temelli hücre stresi ve DNA hasar yolaklarını düzenlediğini kanıtladık.

Tez detayları

The role of PATZ1 transcription factor in the dna damage response = Patz1 transkri̇psi̇yon faktörünün DNA hasar yanıtlarındaki̇ rolü

Yazarlar: Deniz, Emre

Yayıncı: Sabancı Üniversitesi

Ana Başlıklar: Biyokimya | Yaşam bilimleri

Belge Tipi: Tezler

Program Tipi: Doktora (Phd)

Yayın Tarihi: 12/2013

Belge Dili: İngilizce

Document ID (Org No.): 2000009675