Objective: The aim of this study is discovering of the novel micro RNAs (miRNAs)accurately through the analysis of existing NGS data with the bioinformatics methods,obtaining the conserved miRNAs with their variant analysis and identifying the impactof the miRNAs on their target genes and their roles in the metabolic pathways.Method: Since all the required data for this study such as the whole genome andsRNA sequencing were exist for Citrus species, we used it as the model organism inthis work. The preprocessed and filtered data were inputed into The UEA sRNAWorkbench software for miRNA identification. The identified miRNAs were controlledby tRNAscan-SE and NOVOMIR tools to detect the false positive miRNA results. Theconserved miRNAs across 34 Citrus species were determined using their wholegenome and single nucleotide variant (SNV) data. The conserved miRNAs weresearched in the literature and databases to obtain the list of novel Citrus miRNAswhich were discovered for the first time in our study. psRNAtarget web tool was usedfor the target gene analysis of the conserved miRNAs. To find the metabolicpathways that are regulated by the conserved miRNAs, we mapped the target genesinto the metabolic pathways of two Citrus species that were available in CitrusCycdatabase.Results: In our study, we identified 1504 miRNAs. 270 miRNAs were found commonacross 34 Citrus species. Sequence of 111 out of 270 miRNAs were conserved and36 of these conserved miRNAs were novel for Citrus. The isomirs which have beenfound by another research group were discarded from our study by the filtering stepsapplied. We found that the conserved miRNAs had different target genes in differentCitrus species and these miRNAs were regulating different metabolic pathwaysthrough their target genes.Conclusion: In this bioinformatics based study, we integrated the different types ofdata from varied sources using the bioinformatics algorithms. By using the genomicsdata in our study, we add a distinctive frame to miRNA research studies.Keywords: micro RNA, next generation sequencing, bioinformatics.

Amaç: Bu çalışmanın hedefi mevcut YND verilerini kullanarak, biyoinformatik araçlaryardımı ile yeni miRNA'ların doğru olarak tanımlanması, tanımlanan miRNA'larınfarklı türler arasındaki korunmuşluğunun incelenmesi, korunmuş miRNA'ların hedefgenleri üzerindeki etkilerinin ve metabolik yolaklardaki rollerinin belirlenmesidir.Yöntem: Gerek duyulan tüm genom ve küçük RNA dizileme verileri mevcut olduğuiçin, Citrus (Narenciye) çalışmamızda model organizma olarak kullanıldı. Ön işlem vefiltreleme basamaklarından geçen veriler, The UEA sRNA Workbench yazılımıkullanılarak miRNA değerlendirmesine tabi tutuldu. tRNAscan-SE ve NOVOMIRyazılımları ile yanlış pozitif olarak değerlendirilen miRNA'lar çalışmadan çıkarıldı. 34farklı Citrus türüne ait genom dizileme verileri ve TNV verileri kullanılarak, bu türlerarasında ortak olan ve dizisi korunmuş miRNA'lar tespit edildi. Yeni CitrusmiRNA'larının tespiti için dizisi korunmuş olan miRNA'lar, veri tabanlarından veliteratür taraması sonucunda elde edilen miRNA'lar kullanılarak filtrelendi. KorunmuşmiRNA'ların hangi genlerin ifadelenme seviyesini düzenlediği ve bu hedef genlerüzerindeki etkileri psRNAtarget yazılımı kullanılarak belirlendi. Korunmuş miRNA'larınmetabolik yolaklardaki rollerinin incelenmesinde, hedef genler ve CitrusCyc veritabanından elde edilen iki farklı Citrus türüne ait metabolik yolaklar kullanıldı.Bulgular: Çalışmamızda toplamda 1504 miRNA tespit edildi. 270 miRNA'nın 34 farklıCitrus türleri arasında ortak ve 111 miRNA dizisinin bu türler arasında korunmuşolduğu tespit edildi. 111 miRNA'nın 36 tanesi ilk kez bu çalışma ile literatürekazandırıldı. Başka bir araştırma grubu tarafından literatüre kazandırılan Citrusisomir'lerinin, çalışmamızın filtreleme basamaklarında elimine edildiği saptandı.Citrus türleri arasında korunmuş miRNA'ların, farklı türlerde farklı hedef genlere vedolayısıyla da farklı metabolik mekanizmalara etki ettiği tespit edildi.Sonuç: Bir biyoinformatik uygulaması olan bu çalışmada, miRNA dizi analizinegenomik veriler dahil edilerek miRNA alanındaki çalışmalara ve tanımlara farklı birbakış açısı getirilmiştir.Anahtar Sözcükler: mikro RNA, yeni nesil dizileme, biyoinformatik.