ABSTRACT Ph. D. Thesis IDENTIFICATION OF CORYNEBACTERIA ISOLATED FROM BODY FLUIDS AND EVALUATION OF THEIR ANTIBIOTIC SUSCEPTIBILITIES Fahriye EKŞİ, M.D. Gaziantep University Graduate School of Health Sciences Department of Microbiology Supervisor: Iclal BALCI, M. D., Professor January 2003 The aim of this study was to identify Corynebacteria other than C. diphtheriae and to perform their antibiotic susceptibilities which isolated from routine cultures of body fluids arrived from various clinics to the laboratory of the Microbiology and Clinical Microbiology Department at the Medical Faculty Hospital of the Gaziantep University. From February 2000 through June 2001, 254 ( 2.8 %) coryneform bacteria were grown on 9079 clinical specimens of which 202 (79.5 %) were from urine, 21(8.2 %) from blood cultures, 20 (7.9 %) from tracheal aspirates, 7 (2.8 %) from semen or urethral discharges and 4 (1.6 %) from cerebrospinal fluids. Strains were classified to species with both classical methods and the API Coryne system 2.0 (Bio Merieux, France) and some additional biochemical tests were also performed. Of the clinical specimens, 56 (22.0 %) C. amycolatum, 46 (18.1 %) C. minutissimum, 46 (18.1 %) C. striatum, 26 (10.2 %) C.jeikeium, 19 (7.4 %) C. group G, 9 (3.5 %) C. afermentans/coyleae, 8 (3.1 %) C. glucuronolyticum-seminale, 7 (2.8 %) C. urealyticum, 4 (1.5 %) Brevibacterium spp., 3 (1.1 %) C. argentoratense, 3 (1.1 %) C. propinquum, 3 (1.1%) C. accolens, 2 (0.8 %) Cellulomonas spp./Microbacterium viiispp., 2 (0.8 %) Arîrobacter spp., 1 (0.3 %) C. group Fl, 1 (0.3 %) C. auris/ Turicella otitidis, 1 (0.3 %) C. macginleyi isolates were identified. Seventeen strains could not be differentiated. Corynebacterium amycolatum (25.7 %), C. minutissimum (21.8 %) and C. striatum (11.9 %) were mostly obtained from urine, C. jeikeium (52.3 %) mostly from blood and C. striatum (95 %) mostly from tracheal aspirates. Antibiotic susceptibilities of the identified strains were done with ATB STAPH 5 (susceptibility test for staphylococci) kit of the API System (Bio Merieux, France). For susceptibility tests, antibiotics such as penicillin, oxacillin, cephalothin, ampicillin-sulbactam, gentamicin, netilmicin, erythromycin, clindamycin, pefloxacin, ciprofloxacin, tetracycline, co-trimoxazol, nitrofurantoin, rifampicin, vancomycin, teikoplanin were used. Strains of C. jeikeium, C. urealyticum, C. amycolatum and C. striatum were found to have multiple resistance against used antibiotics, but all isolates were susceptible to vancomycin and teicoplanin. Although coryneform bacteria are members of the human body flora, they tend to cause serious opportunistic infections. Therefore these organisms should be classified to species regarding the host factors when they are isolated and their antibiotic susceptibility tests should be performed properly. Key words: Coryneform bacteria, identification, antibiotic susceptibility, Corynebacterium spp. IX.

ÖZET Doktora Tezi VÜCUT SIVILARINDAN İZOLE EDİLEN CORYNEBACTERIUAfLARJN İDENTİFİKASYONU VE ANTİBİYOTİK DUYARLILIKLARININ DEĞERLENDİRİLMESİ Dr. Fahriye EKŞİ Gaziantep Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Danışman: Profesör Dr. İclal BALCI Ocak 2003 Çalışmamızda Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarına farklı kliniklerden rutin olarak gönderilen vücut sıvıları örneklerindeki C. diphtheriae dışındaki Corynebacterium,/dxm tür düzeyinde identifikasyonunu yaparak, bunların antibiyotik duyarlılıklarım değerlendirmek amaçlanmıştır. Şubat 2000- Haziran 2001 tarihleri arasında incelenen 9079 klinik örneğin, 254 (% 2.8)'ünde korineform bakteri üremesi saptanmıştır. Materyallerin 202'si (% 79.5) idrar, 21 'i (% 8.2) kan kültürü, 20'si (% 7.9) trakeal aspirat, 7'si (% 2.8) semen - üretral akıntı, 4'ü (% 1.6) beyin omurilik sıvısı örneklerinden oluşmuştur. Bu örnekler klasik identifikasyon yöntemleri yanında API Coryne sistemi 2.0 (Bio Merieux, Fransa) ticari kiri kullanılarak ve bazı biyokimyasal ek testler yapılarak tür düzeyinde isimlendirilmiştir. Klinik örneklerden 56 (% 22.0) C. amycolatum, 46 (% 18.1) C. minutissimum, 46 (% 18.1) C. striatum, 26 (% 10.2) C.jeikeium, 19 (% 7.4) C. grup G, 9 (% 3.5) C. afermentans/coyleae, 8 (% 3.1) C. glucuronolyticum-seminale, 7 (% 2.8) C. urealyticum, 4 (% 1.5,1 Brevibacterium spp., 3 (% 1.1) C. argentoratense, 3 vi(% 1.1) C. propinquum, 3 (% 1.1) C. accolens, 2 (% 0.8) Cellulomonas spp./Microbacterium spp., 2 (% 0.8) Artrobacter spp., 1 (% 0.3) C.grup Fl, 1 (% 0.3) C. auris/Turicella otitidis, 1 (% 0.3,) C. macginleyi suşları izole edilmiştir. On yedi korinefomı bakteri (% 6.7) susu ise tiplendirilememiştir. İdrar örneklerinden C. amycolatum (% 25.7), C. minutissimum (% 21.8) ve C. striatum (% 11.9) suşlan, kan kültürlerinden C. jeikeium (% 52.3) ve trakeal aspirat örneklerinden C striatum (% 95), suşlan en sıklıkla identifiye edilmiştir. İdentifikasyonu yapılan bu suşlann antibiyotik duyarlılığı, API sisteminin ATB STAPH 5 (Stafilokok'lar için duyarlılık testi) (Bio Merieux, Fransa) ticari kitlen kullanılarak yapılmıştır. Antibiyotik duyarlılığını belirlemek için penisilin, oksasilin, sefalotin, ampisilin-sulbaktam, gentamisin, netilmisin, eritromisin, klindamisin, pefloksasin, siprofloksasin, tetrasiklin, kotrimaksazol, nitrofurantoin, rifampisin, vankomisin, teikoplanin türü antibiyotikler kullanılmıştır. C. jeikeium, C. urealyticum, C. amycolatum ve C. striatum suşları çoklu dirençli suşlar olarak değerlendirilmiş, bunun yanında vankomisin ve teikoplanine bütün suşlar duyarlı olarak bulunmuştur. Korineform bakteriler insanların normal florasında yer almalarının yarımda, ciddi fırsatçı infeksiyonlara da sebep olabilmektedirler. Bu nedenle izole edildikleri zaman konak faktörleri de göz önüne alınarak tür düzeyinde identifikasyonları yapılmalı ve antibiyotik duyarlılıklarına bakılmalıdır. Anahtar kelimeler: Korineform bakteriler, identifîkasyon, antibiyotik duyarlılığı, Corynebacterium türleri. vıı.