Tez detayları

An investigation of hnrnpa1 functions in breast cancer = Meme kanserinde hnrnpa1 fonksiyonlarının incelenmesi

Yazarlar:

Özgül, İbrahim

Yayıncı:

Orta Doğu Teknik Üniversitesi

Ana Başlıklar:

Genetik ve evrim | Tıp

Belge Tipi:

Tezler

Program Tipi:

Yüksek Lisans

Yayın Tarihi:

12/2018

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000303794

Anahtar sözcükler:

Özet

Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 (HNRNPA1) is an RNA-binding protein with a broad range of functions including transcriptional and translational regulation of mRNAs, transport of mRNAs from the nucleus, alternative splicing, telomere maintenance, and miRNA processing. Among all, miRNA related functions of HNRNPA1 are the least understood. Hence, in this study, we aim to investigate potential miRNAs regulated by HNRNPA1.Using HNRNPA1-silenced MCF7 cells, we identified several notable miRNAs using NanoString technology that responded to the loss of HNRNPA1. One of these miRNAs was mir-21, an oncogenic miRNA, that is significantly downregulated in response to loss of HNRNPA1. Furthermore, CRISPR/Cas9 deletion of HNRNPA1 showed downregulated pri-mir-21 levels with little to no change in the host gene (VMP1) expression. Three different mRNA targets of mir-21(STAT3, BCL2, and PDCD4) also showed upregulation upon HNRNPA1 deletion. Mir-21 is a well-accepted oncogenic miRNA that has potential diagnostic and therapeutic roles in many different cancers. Therefore, understanding the regulatory mechanisms behind mir-21 levels in cancer is of interest. Results suggest that HNRNPA1 may regulate the mir-21 levels in breast cancer cell line MCF7. Future studies will provide a more detailed mechanistic explanation.

Heterojen nükleer ribonükleoprotein A1 (HNRNPA1) geniş çaplı fonksiyonları olan bir RNA-bağlayıcı proteindir. Fonksiyonları arasında transkripsiyonal ve translasyonel mRNA kontrolü, nükleustan mRNA transferi, alternatif splicing, telomer bakımı, ve mikro RNA işlenmesi bulunur. Mikro RNA işlenmesi, bu fonksiyonlar arasında en az anlaşılan ve çalışan görevidir. Bu çalışmada, HNRNPA1 tarafından regüle edilen diğer potansiyel mikro RNA'ları bulmayı amaçlamaktayız. MCF7 hücrelerinde HNRNPA1 shRNA metoduyla susturulmuş ve bu hücrelere NanoString teknolojisi uygulanmıştır. Sonuç olarak çok fazla sayıda mikro RNA'nın seviyesi değişmiştir. Bunlardan biri, mir-21, bir onkomirdir ve HNRNPA1'nin hücrede kaybı bu mikro RNA'nın gen ifadesinin düşmesine yol açmıştır. Üstelik, CRISPR/Cas9 metoduyla silinmiş HNRNPA1 geni, VMP1 geninin seviyesini önemli bir şekilde değiştirmezken, pri-mir-21 seviyesinin düşmesine yol açmıştır. Aynı hücrelerde, üç farklı mir-21 hedef mRNA'sının (STAT3, BCL2 ve PDCD4) ifadelerinde artış gözlemlenmiştir. Mir-21 birden farklı kanser türünde tanısal ve tedavisel potansiyeli olan bir onkojenik mikro RNA'dır. Bundan dolayı, mir-21'in kanserde regülasyon yolaklarının açıklanması büyük önem arz etmektedir. Bu bulgular, HNRNPA1 proteininin meme kanseri hücre hattı MCF7'de mir-21 ifadesini regüle edebileceğini göstermektedir. Gelecek çalışmalar bu mekanizmanın açıklanmasında daha çok detay sağlayacaktır.

Tez detayları

An investigation of hnrnpa1 functions in breast cancer = Meme kanserinde hnrnpa1 fonksiyonlarının incelenmesi

Yazarlar:

Özgül, İbrahim

Yayıncı:

Orta Doğu Teknik Üniversitesi

Ana Başlıklar:

Genetik ve evrim | Tıp

Belge Tipi:

Tezler

Program Tipi:

Yüksek Lisans

Yayın Tarihi:

12/2018

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000303794

Anahtar sözcükler:

Biyoloji

Genetik

Onkoloji

Özet

Tez detayları

An investigation of hnrnpa1 functions in breast cancer = Meme kanserinde hnrnpa1 fonksiyonlarının incelenmesi

Yazarlar: Özgül, İbrahim

Yayıncı: Orta Doğu Teknik Üniversitesi

Ana Başlıklar: Genetik ve evrim | Tıp

Belge Tipi: Tezler

Program Tipi: Yüksek Lisans

Yayın Tarihi: 12/2018

Belge Dili: İngilizce

Document ID (Org No.): 2000303794

Anahtar sözcükler:

Biyoloji

Genetik

Onkoloji

Özet

Yazarlar:

Özgül, İbrahim

Yayıncı:

Orta Doğu Teknik Üniversitesi

Ana Başlıklar:

Genetik ve evrim | Tıp

Belge Tipi:

Tezler

Program Tipi:

Yüksek Lisans

Yayın Tarihi:

12/2018

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000303794