Tez detayları

İnsan BAX geni 5′ kodlamayan dizide transkripsiyon faktörü bağlanma bölgelerinin delesyonunun gen ekspresyonu üzerine etkilerinin araştırılması = Investigation of the effects of deletion of transcription factor binding sites in human BAX gene 5′ noncoding sequence on gene expression

Yazarlar:

Ghosi Gharehaghaji, Atena

Yayıncı:

Atatürk Üniversitesi

Ana Başlıklar:

Genetik ve evrim

Belge Tipi:

Tezler

Program Tipi:

Doktora (Phd)

Yayın Tarihi:

12/2016

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2000218041

Anahtar sözcükler:

Genetik

Özet

In this study, the human BAX gene, a proapoptotic gene, was identified the 2000 bp 5′ noncoding sequence by using the Ensembl database. According to the functional features of this region, 1400 bc, 930 bc and 390 bc fragments were separated by PCR method. The amplified fragments were transferred to the pGEM-T Easy vector and transferred to Escherichia coli JM109 bacteria. Subsequently, the obtained regions were transferred to the luciferase vector (pGL-3 basic vector). Purified plasmids were transfected into MCF-7 cells. Oluşturulan konstraktların lusiferaz aktivitesi, kontrol vektörüne göre ölçümü yapıldığında 930 bç'lik parçanın en yüksek aktivite gösterdiği tespit edildi. Using the Genomatix database, 930 bp fragments were divided into 797 bp, 673 bp, 230 bp and 185 bp fragments according to the location of the SWI / SNF transcription factor binding sites. Çoğaltılan parçaların lusiferaz aktivitesi kontrol vektörü ile kıyaslandığında en yüksek aktivitenin 673 bç'lik bölgede bulunan SWI-SNF3 ve SWI-SNF4 olarak adlandırdığımız transkripsiyon faktör bağlanma bölgelerinde olduğu tespit edildi. Thus, site-specific mutagenesis on transcription factor binding sites detected in later studies will allow interaction with different transcription factors on the 5'non-coding sequence.

Bu çalışmada, proapoptotik bir gen olan insan BAX geni 2000 bç'lik 5′ kodlamayan dizisi Ensembl veri tabanı kullanılarak belirlendi. Bu bölge işlevsel özelliklerine göre PCR yöntemiyle 1400 bç, 930 bç ve 390 bç'lik parçalara ayrıldı. Çoğaltılan parçalar pGEM-T Easy vektörüne aktarılarak Escherichia coli JM109 bakterisine transfer edildi. Daha sonra elde edilen bölgeler Lusiferaz vektörüne (pGL-3 basic vektör) aktarıldı. Saflaştırılan plazmitler MCF-7 hücrelerine transfekte edildi. Oluşturulan konstraktların lusiferaz aktivitesi, kontrol vektörüne göre ölçümü yapıldığında 930 bç'lik parçanın en yüksek aktivite gösterdiği tespit edildi. Genomatix veritabanı kullanılarak 930 bç'lik parça, SWI / SNF transkripsiyon faktör bağlanma bölgelerinin yerleşimine göre 797 bç, 673 bç, 230 bç ve 185 bç'lik parçalara ayrıldı. Çoğaltılan parçaların lusiferaz aktivitesi kontrol vektörü ile kıyaslandığında en yüksek aktivitenin 673 bç'lik bölgede bulunan SWI-SNF3 ve SWI-SNF4 olarak adlandırdığımız transkripsiyon faktör bağlanma bölgelerinde olduğu tespit edildi. Böylece daha sonraki çalışmalarda tespit edilen transkripsiyon faktör bağlanma bölgeleri üzerinde site spesifik mutagenezler yapılarak 5′ kodlamayan dizisi üzerindeki farklı transkripsiyon faktörleri ile etkileşimlerinin belirlenmesi mümkün olacaktır.

Tez detayları

İnsan BAX geni 5′ kodlamayan dizide transkripsiyon faktörü bağlanma bölgelerinin delesyonunun gen ekspresyonu üzerine etkilerinin araştırılması = Investigation of the effects of deletion of transcription factor binding sites in human BAX gene 5′ noncoding sequence on gene expression

Yazarlar: Ghosi Gharehaghaji, Atena

Yayıncı: Atatürk Üniversitesi

Ana Başlıklar: Genetik ve evrim

Belge Tipi: Tezler

Program Tipi: Doktora (Phd)

Yayın Tarihi: 12/2016

Belge Dili: Türkçe

Document ID (Org No.): 2000218041