Tez detayları

Investigation of tRNA-derived small RNAs in Drosophila melenogaster = Drosophila melanogaster' de tRNA kaynaklı küçük RNA'ların araştırılması

Yazarlar:

Göktaş, Çağdaş

Yayıncı:

İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

Ana Başlıklar:

Genetik ve evrim

Belge Tipi:

Tezler

Program Tipi:

Yüksek Lisans

Yayın Tarihi:

12/2010

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000144906

Anahtar sözcükler:

Genetik

Özet

Types of small RNAs considered as crucial players of regulation of geneexpression increase gradually in number. Improvements in cloning and sequencingstrategies and technologies resulted in identification of tRNA derived small RNAswhich are highly expressed in the cell just like other small RNAs such as microRNAs,endo-siRNA, and Piwi interacting RNAs.Depending on stress and changing physiological conditions, tRFs are originatedfrom different positions, in different frequency and different tRNAs. However, theirfunctions and the complexes they interact with remain largely unknown.In this thesis study, one of the aims is to characterize tRNA derived small RNAsexpressed during embryonic development in Drosophila melanogaster by in-vitro andin-vivo experiments. This study also aimed to demonstrate the differences betweenembryonic tRFs and stress induced tRNA derived small RNAs. Lastly, it was aimed toobtain some clues about their biogenesis, mechanism and functions.It was shown that the tRFs expressed in 1-hour and 8-h Drosophila embryos aredifferent from stress induced tRNA derived small RNAs in terms of both position andlength. The other important result is that embryonic tRFs are associated with complexesin mRNP and 60S fractions and they are expressed temporally and selectively duringDrosophila embryogenesis.

Gen ifadesinin düzenlenmesinde hayati oyuncular olarak düsünülenküçük RNA çesitleri giderek sayıca artmaktadır. Klonlama ve sekanslama strateji veteknolojilerindeki gelismeler, mikro RNA, endojen küçük susturucu RNA ve Piwietkilesimli RNA'lar gibi diger küçük RNA'lara benzer olarak hücre içinde yüksekoranda ifade edilen tRNA kaynaklı küçük RNA'ların tanımlanması ile sonuçlanmıstır.Stres ve degisen fizyolojik sartlara baglı olarak, tRF'lerin farklı tRNA lardanfarklı pozisyonlarda farklı sıklıkta orjinlendikleri deneysel olarak gösterilmistir. Bunaragmen fonksiyonları ve etkilestikleri kompleksler büyük oranda bilinmemektedir.Bu tez çalısmasında hedeflerden biri, Drosophila melanogaster' de embriyonikgelisim sırasında ifade edilen tRNA kaynaklı küçük RNA'ların in-vitro ve in-vivodeneylerle karakterize edilmesidir. Ayrıca bu çalısmada, embryonic tRF'ler ile stressartlarında üretilen tRNA kaynaklı küçük RNA'lar arasındaki farklılıgın ortaya konmasıhedeflenmistir. Son olarak, tRF'lerin biyogenezlerine, mekanizmalarına vefonksiyonlarına iliskin ipuçlarının elde edilmesi amaçlanmıstır.Sonuç olarak 1 ve 8 saatlik embryolarda ifade edilen tRNA kaynaklı küçükRNA'ların stres kosullarında üretilen küçük RNA'lardan pozisyon ve uzunlukbakımından farklı oldukları ortaya çıkarılmıstır. Diger önemli sonuç ise tRNA kaynaklıküçük RNA'ların olusturdukları komplekslerin translasyonun mRNP ve 60Sfraksiyonlarında yogunlastıkları ve Drosophila embriyonik gelisiminde geçici ve seçiciolarak ifade edildikleridir.

Tez detayları

Investigation of tRNA-derived small RNAs in Drosophila melenogaster = Drosophila melanogaster&apos; de tRNA kaynaklı küçük RNA&apos;ların araştırılması

Yazarlar: Göktaş, Çağdaş

Yayıncı: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

Ana Başlıklar: Genetik ve evrim

Belge Tipi: Tezler

Program Tipi: Yüksek Lisans

Yayın Tarihi: 12/2010

Belge Dili: İngilizce

Document ID (Org No.): 2000144906