Objective: Epidermal growth factor receptor (EGFR) mutations are common in lung adenocarcinomas. EGFR tyrosine kinase inhibitors are indicated in tumors with these mutations. In this study, we aimed to investigate the frequency and distribution of EGFR mutations in Turkey. In addition, relationships between EGFR mutation and morphological (predominant pattern and mucin) and immunohistochemical (TTF-1 and Napsin A staining) features were evaluated. Furthermore, the relationships between material type (cytological, biopsy or resection) and the success of mutation analysis were investigated.Methods: 600 primary and metastatic, therapy-naive non-small cell lung carcinoma (NSCLC) cases, that were investigated for EGFR mutation by Sanger sequencing in Ankara University Medical School Pathology Department between the 2012-2015, were retrospectively evaluated. Archival records, routine and immunohistochemically stained sections were re-examined. TTF-1 and Napsin A immunohistochemical stains were performed, by forming a tissue array, when adequate paraffin embedded tumor tissues were available. Statistical analysis was performed using SPSS for Windows 15 and p <0.05 was considered as statistically significant. Results: Mutation analysis was successful in 499 (83.1%) cases. A total of 75 mutations were detected in 70 (%14) patients. Success rate of mutation analysis and DNA fragment length were higher in cytology specimens, when compared with biopsy and resection specimens. EGFR mutation rate in adenocarcinoma was 33.9% for women and 9.4% for men. The distribution of mutations was: 6.7, 53.3, 9.3 and 30.7%, in exons 18, 19, 20 and 21 respectively. In this series, the most common mutation was exon 21 (L858R) point mutation (28%), followed by exon 19 L746-E750 `in frame` deletion (26.6%) The highest frequency of EGFR mutations was found in adenocarcinomas with a predominantly micropapillary pattern (40%), and the lowest frequency was found in adenocarcinomas with a predominantly solid pattern (5.4%). All EGFR mutant cases, except for one case, were positive for TTF-1. All mutant cases were also positive for Napsin A, except for two cases. Q787Q SNP was a frequent finding in our series (79.6%).Conclusion: EGFR mutation rate is lower than that of Asia Pacific in Turkish NSCLC cases. Mutation rate and distribution are similar to other European countries. TTF-1 negativity is a good predictor of a wild type EGFR. We think that, TTF-1 status could be incorporated in molecular algorithm of NSCLC cases in resource poor countries. Key Word: Non-small cell lung cancer (NSCLC), EGFR, ALK, TTF-1, Napsin A.

Amaç: Akciğer adenokarsinomasında Epidermal Büyüme Faktörü Reseptörü (EGFR) mutasyonları sık görülen bir bulgudur ve bu mutasyonları bulunduran olgularda EGFR tirozin kinaz inhibitörleri bir tedavi alternatifi oluşturmaktadır. Bu çalışmada Türkiye toplumunda akciğer adenokarsinomalarında EGFR mutasyon oranının, mutasyon dağılımı ve tiplerinin araştırılması amaçlanmıştır. Ayrıca EGFR mutasyonu ile morfolojik özellikler, TTF-1 ve Napsin A boyanması arasındaki ilişkiler irdelenmiştir. Ek olarak, mutasyonu tespit etmede kullanılan materyal tipi ile mutasyon analizinin teknik başarısı arasındaki ilişkiler araştırılmıştır.Materyal ve Metod: 2012-2015 yılları arasında Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi (AÜTF) Patoloji ABD, Moleküler Patoloji Laboratuarı'da EGFR mutasyon analizi yapılmış olan toplam 600 olgu geriye dönük olarak değerlendirilmiştir. Hastalara ait verilere bilgisayar kayıtlarından ve arşiv sisteminden ulaşılmıştır. Veri tabanından hastanın yaşı, cinsiyeti, örneğin tipi (sitoloji/biyopsi/rezeksiyon), lokalizasyon (metastatik/primer), materyalin kaynağı (AÜTF hastaneleri ya da konsültasyon), tanı verilirken yapılan immünhistokimyasal incelemeler, DNA analizinde elde edilen fragman uzunluğu, EGFR mutasyon durumu (var/yok), EGFR geninde SNP varlığı (var/yok), ALK gen rearanjman durumu (var ya da yok) kaydedilmiştir. Tüm materyallerin önceki rutin, özel ve immünhistokimyasal boyalı kesitleri yeniden değerlendirilmiştir. Bu değerlendirmede tanılar gözden geçirilmiş, yeterli miktarda doku içeren tüm adenokarsinoma olguları patern açısından ve müsin varlığı açısından yeniden değerlendirilmiştir. Yeterli doku içeren olgularda da doku `array` blokları elde edilerek TTF-1 ve Napsin A immünhistokimyasal boyamaları yapılmıştır. İstatiksel analizler 'SPSS for Windows 15' paket programında yapılmış ve p < 0.05 için sonuçlar anlamlı kabul edilmiştir. Sonuçlar:EGFR mutasyon analiz yapılmış 600 olgunun 495'inde 4 ekzon, 30'unda 3 ekzon, 7'inda 2 ekzon, 1'inde ise sadece 1 ekzon mutasyon açısından değerlendirilebilmiş, 67 olguda ise ya DNA elde edilememiş ya da elde edilmesine karşın, hiçbir ekzonda başarı elde edilememiştir. Sitoloji materyalleri DNA fragman uzunluğu ve analiz başarısı açısından rezeksiyon ve biyopsi materyallerinden daha üstün olarak bulunmuş; EGFR mutasyon analizi için rezeksiyon, biyopsi ve sitoloji materyallerinin eşit derecede kullanılabilir olduğu saptanmıştır. Asit takibinin DNA kalitesi üzerine önemli etkisinin bulunduğu, asit takibi yapılan kemik dokularda DNA kalitesinin daha düşük olduğu saptanmıştır.-Çalışmamızda EGFR mutasyon oranı genel olarak akciğer kanserlerinde %14 adenokarsinomalarda ise %17.1 oranında saptanmıştır. Bu oranların Avrupa serilerine ait çalışmaların verilerine daha yakın olduğu görülmüştür. EGFR mutant olgularda yaş ortalaması 62.15 yıl, EGFR mutant olmayan olgularda 60.63 yıl olarak bulunmuştur. Kadın adenokarsinoma olgularında EGFR mutasyon oranı %33.9, erkeklerde %9.4'dur. -Bu seride en sık görülen mutasyon ekzon 21 (L858R) nokta mutasyonudur (%28). En sık mutasyon izlenen bölge ise ekzon 19 olarak bulunmuştur (%53.3). Ekzon 19 mutasyonları içinde en sık görülen mutasyon, tüm mutasyonların %26.6'sını ve ekzon 19 mutasyonlarının da % 50'sini oluşturan L746-E750 `in frame` delesyonudur. Bu seride 5 olguda çift mutasyon saptanmıştır. İzlenen mutasyonların %16 kadarı nadir EGFR mutasyonlarından oluşmaktadır.- EGFR mutasyonu mikropapiller paterne sahip adenokarsinomalarda en yüksek (%40), solid paterne sahip adenokarsinomalarda (%5.4) en düşük olmak üzere tüm tiplerde izlenmiştir. Müsin içeren olguların büyük çoğunlukla (%91.4) EGFR `wild` tip olduğu görülmüştür. -EGFR mutant olguların %98.2'si TTF-1 pozitif olarak saptanmıştır. TTF-1 negatif olgular %99.1 oranında EGFR `wild` tip olarak görülmüştür. TTF-1 negatif olgularda EGFR mutasyonuna rastlama olasılığının çok düşük olduğu ve TTF-1 negatif olgularda diğer tedavi hedeflerinin ele alınmasının daha doğru olacağı düşünülmüştür. -EGFR mutant olguların %95.8'inde Napsin A pozitif olarak saptanmıştır. Napsin A negatif olgular %97.9 oranında EGFR `wild` tip olarak bulunmuştur. -Çalışmamızda EGFR mutant olguların hepsi (%100) ALK negatif olarak saptanmıştır. -EGFR mutant olgularda %79.4, EGFR `wild` tip olgularda ise %80.5 oranında SNP (Q787Q) varlığı görülmüştür.Anahtar sözcükler: Akciğer adenokarsinoma, EGFR, TTF-1, Napsin A, ALK.