ABSTRACTINVESTIGATION OF FUNGI FROM CLINICAL SPECIMENS OF PATIENTS WİTH SUSPECTED SYSTEMIC FUNGAL INFECTION BY VARIOUS METHODSInvasive fungal infections (IFIs) are an increasingly important cause of morbidity and mortality particularly in patients with hematological malignancies. Early diagnosis and the initiation of efficacious antifungal treatments could affect the prognosis of these patients. Nonculture-based diagnostic tests may provide a useful adjunct to these more traditional approaches. Therefore most investigative efforts have focused on molecular and serological diagnostic techniques.In this study, it was aimed to evaluated the diagnostic potential of culture, the galactomannan (GM), 1, 3 ([beta-D-glucan(BG) and real-time PCR assay for IFIsMaterials and methods: Various clinical specimens of the 89 patients with suspicious IFIs treated in Erciyes University Medical Faculty Hospitals (Kayseri, Turkey) clinics between April 2009 and September 2010 were included in this study. IFIs were classified according to the criteria of the European Organization for Research and Treatment of Cancer /Mycoses Study Group (EORTC/MSG). Fungal antigen was investigated in serum specimens by double-sandwich enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) for GM (Platelia Aspergillus, BioRad, France) and an assay for BG (Fungitell; Associates of Cape Cod). Deoxyribonucleicacid (DNA)was investigated by real-time polymerase chain reaction (rtPCR)(light-cycler Roche diagnostics, Australia) in serum specimens. Clinical specimens were examined by culture and direct microscope.Result: In this study it was analyzed 89 patients including 52 patients with IFIs and 37 control patients. According to the EORTC/MSG criteria, 3 patients were classified as having proven invasive aspergillosis(IA), 10 as probable IA, 29 as possible IA, and 10 as proven invasive candidiasis (IC). Sensitivity, specificity, positive predictive value (PPV) and negative predictive value (NPV) of BG(cut-offvalue80 pg/ml)were80% , 77% , 84%, 73% respectively. Although higher cut-off levels increased the specificity of the BG test, sensitivity decreased to an unacceptable level. BG value in at least one serum sample of eight patients without IFIs were>80pg/ml.There were 42 IA cases (3proven,10 probabale,29 possible). The sensitivities of PCR A.fumigatus, GM, and BG measurement for diagnosis of IA were 30%, 47%, and 78 %. The specificities were 86%, 89%, and 78% respectively. BG was the most sensitive at predicting the diagnosis of IA in high-risk patients with hematological disorders. Five control patients test results were detected positive by GM test and five control patiens were detected positive by Aspergillus PCR.The use of a combination of the BG and the GM assay increased the sensitivity to 83%, decreased the specificity to72%. For the diagnosis IA, a combination of GM, BG and PCR tests improved the sensitivity.C.albicans PCR test was positive in four IC patients. The sensitivity, specificity, positive and negative predictive values C.albicans PCR test in patients with proven IC were : 44%, 81%, 36%, 85% Seven control patients test result were positive detected by C.albicans PCR.Conclusion: The further studies are required to compare the performance of different diagnostic methods and the optimal combination of these methods in IFI.Key Words: Aspergillus, Candida 1,3 ß-D-glucan, polymerase chain reaction (PCR), galaktomannan (GM), culture, direct microscopy, invasive aspergillosis, invasive candidiasis.

ÖZETSİSTEMİK MANTAR ENFEKSİYONU ŞÜPHELİ HASTALARIN KLİNİK ÖRNEKLERİNDEN ÇEŞİTLİ YÖNTEMLERLE MANTARLARIN ARAŞTIRILMASIAmaç: İnvaziv mantar enfeksiyonu (İME) özellikle hematolojik malignitesi olan hastalarda önemi giderek artan mortalite ve morbitide sebebidir. Erken tanı ve etkili antifungal tedavinin başlatılması hastaların prognozunu etkileyebilir.Kültür dışı tanı testleri geleneksel yaklaşımlara yardımcı olabilir. Bundan dolayı çoğu araştırmacı çabaları serolojik ve moleküler tanı yöntemleri üzerine odaklanmıştır.Bu çalışmada İME'da kültür, galaktomannanın (GM), 1,3 ß-D glukan (BG) ve gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (rtPZR) yöntemlerinin tanı potansiyelinin değerlendirilmesi amaçlandı.Gereç ve yöntem: Nisan 2009-Eylül 2010 tarihleri arasında Erciyes Üniversitesi Gevher Nesibe Hastaneleri kliniklerinde takip edilen İM enfeksiyonu şüpheli 89 hastadan alınan çesitli klinik örnekler çalışmaya dahil edildi. İM hastalığı Avrupa Kanser Araştırma ve Tedavi Organizasyonu ve Mikoz Çalışma Grubu (EORTC/MSG) kriterlerine göre sınıflandırıldı. Mantar antijeni serum örneklerinde GM ve BG yöntemleri ile araştırıldı. Serum örneklerinden deoksiribonükleikasit (DNA) belirlenmesi için rtPZR uygulandı. Klinik örnekler kültür ve direkt mikroskobi ile değerlendirildi.Sonuçlar: Bu çalışmada 10 invaziv kandidoz (İK), 42 invaziv aspergilloz (İA) ve 37 kontrol hastasını içeren 89 hasta analiz edildi ve EORTC/MSG kriterlerine göre 3kesin IA, 10 yüksek olasılıklı IA, 29 düşük olasılıklı IA ve 10 kesin İK olarak sınıflandırıldı. BG (cut-off 80 pg/ml) testinin duyarlılığı %80, özgüllüğü %77, pozitif prediktif değeri (PPD) %84, negatif prediktif değeri (NPD) %73 olarak bulundu. Bununla birlikte yüksek cut-off değerleri özgüllüğü yükseltirken duyarlılığı kabul edilemez sınırlara geriletti. İME olmayan 8 hastanın en az bir serum örneğinde BG değeri 80 pg/ml üzerinde saptandı.İA'lu 3'ü kesin,10'u yüksek olasılıklı, 29 düşük olasılıklı 42 hasta vardı. İA tanısı için A.fumigatus PZR , GM, BG duyarlılıkları sırasıyla %30, %47, %78 özgüllükleri ise %86, %89, %78 olarak bulundu. BG testi İA tanısını saptamada en duyarlı test olarak bulundu. GM testi ile beş kontrol hastası ve Aspergillus fumigatus PZR testi ile beş kontrol hastası pozitif bulundu.BG ve GM testinin birlikte kullanılması duyarlılığı%83'e yükseltip özgüllüğü %72'ye düşürmüştür. İA tanısı için GM, BG ve PZR testlerinin birlikteliği duyarlılığı geliştirdi. İK'lu 4 hastada C.albicans PZR testi pozitifti. Kanıtlanmış İK hastalarda C.albicans PZR testinin duyarlılığı, özgüllüğü pozitif prediktif değer(PPD), negatif prediktif değer (NPD )sırasıyla %44, %81, %36, %85 olarak bulundu. Yedi Kontrol hastasının test sonucu C.albicans PZR ile pozitif olarak saptandıTartışma: İME'da farklı tanı yöntemleri ve bu yöntemlerin optimal kombinasyonlarının performansını değerlendirmek için daha fazla çalışma gereklidir.Anahtar kelimeler: Aspergillus, Candida, 1,3 ß-D-glucan (BG),real time polimeraz zincir reaksiyonu (rtPZR), galaktomannan (GM), kültür, direkt mikroskobi, invaziv aspergilloz (İA), İnvaziv kandidoz.