In this thesis, variations in cytochrome b and control region of mitochondrial DNA in the samples of the genus Apodemus distributed in northern Turkey, Thrace and three islands in Turkey (Imbros, Marmara Island and Tenedos, which are the biggest islands of Turkey according to the their surface areas, respectively) were investigated. The findings provided by DNA sequence analysis revealed that 6 species of Apodemus (Apodemus flavicollis, Apodemus mystacinus, Apodemus witherbyi, Apodemus uralensis, Apodemus sylvaticus and Apodemus agrarius) live in the study area of this thesis. It was determined that Thrace and Anatolia populations of Apodemus flavicollis formed two different genetic lineages. Apodemus mystacinus populations were divided into two different genetic groups (Western Black Sea and Central/Eastern Black Sea). So far, A. witherbyi populations, which has been known to be lived in the most parts of Anatolia, were recorded from Thrace for the first time by this thesis. A continuing gene flow and therefore little genetic differentiation between A. uralensis populations were determined. It was deduced that there was high genetic differentiation between Kurupelit (Samsun) population and populations from Imbros, Marmara Island and Tenedos of A. sylvaticus distributed in fragmented habitats. It was found that one population of A. agrarius from only one locality in Thrace had high haplotype diversity, but, low nucleotide diversity. It was determined that geologic, tectonic events as well as climatic oscillations occurred during Miocene, Pliocene and Pleistocene had an impact on the genetic differentiation of Apodemus species.

Bu tez çalışmasında Türkiye'nin kuzeyinde, Trakya'da ve yüz ölçümü bakımından sırasıyla Türkiye'nin üç büyük adası olan Gökçeada, Marmara Adası ile Bozcaada'da yayılış gösteren Apodemus cinsine dahil örneklerin mitokondriyal DNA'sının sitokrom b ve kontrol bölgesindeki varyasyonlar araştırıldı. DNA dizi analizi sonucunda elde edilen bulgular bu tezin kapsamındaki çalışma alanında Apodemus cinsinin 6 türünün (Apodemus flavicollis, Apodemus mystacinus, Apodemus witherbyi, Apodemus uralensis, Apodemus sylvaticus ve Apodemus agrarius) yayılış gösterdiğini ortaya çıkardı. A. flavicollis'in Trakya ve Anadolu populasyonlarının iki farklı genetik soy hattı oluşturduğu belirlendi. A. mystacinus populasyonları Batı Karadeniz ve Orta/Doğu Karadeniz olmak üzere iki farklı genetik gruba ayrıldı. Bu güne kadar Türkiye'de sadece Anadolu'nun büyük bölümünde yayılış gösterdiği bilinen A. witherbyi populasyonlarının Trakya'da yayılışının olduğu ilk kez bu çalışma ile tespit edildi. A. uralensis populasyonları arasında gen akışının devam ettiği, dolayısıyla genetik farklılaşmanın az olduğu sonucuna varıldı. Parçalı yayılışa sahip olan A. sylvaticus'un Anadolu'dan tek bir lokalitedeki Kurupelit (Samsun) populasyonu ile Gökçeada, Marmara adası ve Trakya populasyonları arasında yüksek genetik farklılıkların bulunduğu açığa çıkarıldı. Trakya'da yayılışı olan A. agrarius'un sadece bir lokaliteden incelenen populasyonunda haplotip çeşitliliğinin yüksek, nükleotid çeşitliliğinin düşük seviyede olduğu bulundu. Miyosen, Pliyosen ve Pleyistosen dönemlerinde meydana gelen jeolojik, tektonik olaylarla beraber iklim değişikliklerinin Apodemus cinsi türlerinin genetik farkılılaşması üzerinde etkili olduğu ortaya kondu.