Tez detayları

Go proteini alfa alt biriminin etkileştiği olası efektör proteinlerin biyoinformatik araçlarla belirlenmesi = Determination of possible effectors of go protein alpha sub-type by bioinformatic tools

Yazarlar:

Deniz, Sibel

Yayıncı:

Marmara Üniversitesi

Ana Başlıklar:

Yaşam bilimleri

Belge Tipi:

Tezler

Program Tipi:

Yüksek Lisans

Yayın Tarihi:

12/2012

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2000322610

Anahtar sözcükler:

Biyofizik

Özet

In this study, the interactions of one of the most important components of thecell signal transduction system, the G proteins' - that constitute one third of thehuman signal transduction proteins- with its effectors is studied.G proteins that are involved in many biological functions are the directly reasonof many illnesses or one of the factors of illnesses. Go proteins are mostly in nervoussystem and their functions are not known yet. However Go is being in brain tissuedensely, it is thought that it has many functions in physiological and pathologicalneurological process. Altough some of the effectors that has interacted with Go arereported, findings are inadequate and incomplete. With this study it is theoreticallyresearched if Go?s possible effectors can be interacted with Go or not. And then It isresearched that if there are any other effectors that can be interacted with.In the study firstly potential effectors are determined from the Go and effectorproteins amino acid sequences. In the next stage it is tested if the interactions aretopographicly potential or not with the help of tertiary structures of Go proteins andeffector proteins. Then, characteristic of the interaction is determined by using thekinetic simulations and molecular dynamics. Thus, determined possible effectorproteins offer important information about the function of Go proteins and increaseunderstanding of G protein and effector interactions. And the study conducted in thisdirection.

Bu çalışmada, hücre sinyal ileti sisteminin en önemli bileşenlerinden biri olan,insandaki sinyal ileti proteinlerinin yaklaşık üçte birini oluşturan G proteinlerinefektörleri ile olan etkileşimleri üzerine çalışılmıştır.Birçok biyolojik işlevde görev alan G protenleri birçok hastalığın doğrudannedeni veya etkenlerinden biridir. Go proteini büyük oranda merkezi sinir sistemindebulunmakta ve işlevi henüz bilinmemektedir. Ancak Go?nun beyin dokusunda yoğunolarak bulunması, birçok fizyolojik ve patolojik nörolojik süreçte göreviolabileceğini düşündürmektedir. Go?nun etkileştiği bazı efektörler bildirilmişolmasına karşın bulgular yetersiz ve eksiktir. Yapılan bu çalışma ile Go?nunetkileştiği düşünülen bu efektörler ile etkileşime geçip geçemeyeceğinin teorik olarakincelemesi yapılmış ve daha sonra da bunlar dışında etkileşime geçebileceği diğerefektörler araştırılmıştır.Çalışma kapsamında öncelikle Go ve efektör proteinlerin amino asit dizilerindenhareketle olası efektörler belirlenmiştir. Sonraki aşamada Go proteninin ve efektörproteinlerin üçüncül yapılarından hareketle etkileşimin topografik olarak olası olupolmadığı docking algoritmaları ile test edilmiştir. Ardından moleküler dinamik vekinetik simülasyonlar kullanılarak etkileşimin karakteristiği belirlenmiştir. Böylece,belirlenen olası efektör proteinlerin Go?nun işlevi hakkında önemli bilgiler sunması,G proteini ve efektör etkileşiminin daha net olarak anlaşılmasına katkıda bulunmasıamaçlanmış ve çalışma bu yönde gerçekleştirilmiştir.

Tez detayları

Go proteini alfa alt biriminin etkileştiği olası efektör proteinlerin biyoinformatik araçlarla belirlenmesi = Determination of possible effectors of go protein alpha sub-type by bioinformatic tools

Yazarlar: Deniz, Sibel

Yayıncı: Marmara Üniversitesi

Ana Başlıklar: Yaşam bilimleri

Belge Tipi: Tezler

Program Tipi: Yüksek Lisans

Yayın Tarihi: 12/2012

Belge Dili: Türkçe

Document ID (Org No.): 2000322610