Tez detayları

AGO2 proteininin saflaştırılması ve mikro RNA etkileşimlerinin incelenmesi = Purification of AGO2 protein and investigation of micro RNA interactions

Yazarlar:

Güzel, Sercan

Yayıncı:

Anadolu Üniversitesi

Ana Başlıklar:

Biyokimya

Belge Tipi:

Tezler

Program Tipi:

Yüksek Lisans

Yayın Tarihi:

12/2017

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2000377350

Anahtar sözcükler:

Biyokimya

Özet

In this study, immunoaffinity purification of Argonaute 2 (AGO2) protein, known as RNA interference effector protein, preparation of nanoprotein particles having AGO2 protein and determination of micro RNA (miRNA) binding activities of these prepared nanoprotein particles have been aimed. In the first step, poly(HEMA-co-anti-AGO2) cryogel has been synthesized using photosensitive ruthenium- based amino acid monomer, bis(2-2ʹ-bipyridyl)(MATrp)2-ruthenium (II) according to ANADOLUCA method and characterized by FT-IR, SEM and water retention capacity test.Then, AGO2 protein has been purified via immunoaffinity chromatography from bovine liver cytoplasmic extract in a single step using this prepared cryogel. SDS- PAGE method has been used to determine the molecular weight and purity of this purified sample. The EMSA method has been used to exact determination of the presence of AGO2 protein in the purified sample.At the last stage, AGO2-based nano block polymers have been prepared using photosensitive microemulsion polymerization method. This prepared particles have been characterized by SEM and Zeta-Sizer and the binding affinities to commercial miR-335 have been determined. As a result, it has been determined that miR-335 has bound to AGO2 particles with a high affinity.

Bu çalışmada; RNA interferansı efektör proteini olarak bilinen Argonat 2 (AGO2) proteininin immunoafinite saflaştırılması ve AGO2 proteini içeren nanoprotein partiküller hazırlanarak, hazırlanan bu nanoprotein partiküllerin mikro RNA (miRNA) bağlanma etkinliklerinin kantitatif olarak belirlenmesi amaçlanmıştır. Bunun için ilk aşamada, fotosensitif rutenyum tabanlı amino asit monomeri, bis(2-2ʹ-bipiridil)(MATrp)2-rutenyum (II) kullanılarak ANADOLUCA metoduna göre poli(HEMA-ko-anti-AGO2) kriyojeli sentezlenmiş ve SEM, FT-IR ve su tutma kapasitesi testi ile karakterize edilmiştir.Daha sonra; sentezlenen bu kriyojel kolon ile AGO2 proteini, sığır karaciğeri sitoplazma ekstraktından tek adımda immunoafinite yoluyla saflaştırılmıştır. Saflaştırılan örneğin moleküler ağırlığı ve saflığının belirlenmesi için SDS-PAGE metodu; örnek içerisindeki AGO2 proteininin varlığını net olarak belirlemek için ise EMSA metodu kullanılmıştır.En son aşamada; AGO2 bazlı nano blok polimerler fotosensitif mikroemülsiyon polimerizasyonu metodu kullanılarak hazırlanmış ve hazırlanan bu partiküller SEM ve zeta ile karakterize edilip ticari miR-335' e bağlanma afiniteleri belirlenmiştir. Sonuç olarak, miR-335' in AGO2 partiküllerine yüksek bir afinite ile bağlandığı belirlenmiştir.

Tez detayları

AGO2 proteininin saflaştırılması ve mikro RNA etkileşimlerinin incelenmesi = Purification of AGO2 protein and investigation of micro RNA interactions

Yazarlar: Güzel, Sercan

Yayıncı: Anadolu Üniversitesi

Ana Başlıklar: Biyokimya

Belge Tipi: Tezler

Program Tipi: Yüksek Lisans

Yayın Tarihi: 12/2017

Belge Dili: Türkçe

Document ID (Org No.): 2000377350