RNA-mediated silencing was first described in plants and became famous by studies in Caenorhabditis elegans. RNA interference (RNAi) is the mechanism through which an RNA interferes with the production of other RNAs in a sequence specific manner. MiRNAs are a type of RNA which originate from the genome with their active form being ss-RNAs of 21-23 nucleotides in length. They are being transcribed as pri-miRNAs then processed in the nucleus by Drosha to pre-miRNAs with a stem-loop structure and ~70 nucleotides in length. This stem-loop containing pre-miRNAs is then processed in the cytoplasm to ds-RNA one strand of which will serve as interfering RNA.Toxoplasma gondii is a species of parasitic protozoa which causes several diseases. T.gondii emerges as a good candidate for computational efforts with its small genome size, publicly available genome files and extensive information about its gene structure, either based on experimental data or the prediction with several gene finders in parallel. Therefore, it seems important to establish the regulatory network composed of RNAi which may be beneficial for the Toxoplasma community.Within this context the pool of possible stem-loop constitutive transcripts are produced, further analysis of this pool for desired 2D structure is integrated and mapping of possible RNAi regulation to T.gondii?s genome is established. In connection with computational assessment and mapping, the derived information is provided as a database for quick lookup using a convenient web interface for experimental studies of RNAi regulation in Toxoplasma, thus reduce time and money costs in such studies.

RNA vasıtasıyla gen anlatımının kontrolü ilk olarak bitkiler üzerinde yapılan çalışmalarda tanımlanmış ve Caenorhabditis elegans üzerindeki çalışmalar ile yaygınlaşmıştır. RNAi, bazı özel RNA'ların belirli oranda tamamlayıcılık gösterdiği diğer RNA'ların üretimini etkilemesi ve üretim basamaklarına müdahelesi mekanizmasına verilen isimdir. Mekanizmanın bu dizisel tamamlayıcılık özelliği dizi analizi yardımıyla işlemsel analizi mümkün kılmaktadır.MiRNA'lar en son aktif formlarında yaklaşık 21-23 nükleotid uzunluğunda olan ve canlıların kendi genomlarından kaynaklanan tek zincirli RNA'lardır. MiRNA'ların transkripsiyonları pri-miRNA denilen RNA dizileri şeklinde yapılır ve hücre çekirdeğinde nükleaz Drosha enzimi tarafından bir kesim işlemi ile yaklaşık ~70 nükleotid uzunluğunda pre-miRNA adı verilen sap-ilmik(stem-loop) yapılarına dönüştürülürler. Daha sonra bu sap-ilmik yapısındaki pre-miRNA'lar sitoplazmada bir diğer enzim kesim işlemi ile bir zinciri aktif miRNA olarak aktivite gösterecek olan çift zincirli RNA'lara dönüştürülür.Toxoplasma gondii pek çok hastalığa neden olan bir protozoan parazitidir. Küçük boyutlu genomu ve bilim insanlarının kullanımına sunulan genom dosyaları ile T.gondii işlemsel çalışmalar için iyi bir aday olarak görünmektedir. T.gondii yüksek ökaryotlara benzer bazı özellikler sergilemesine rağmen T.gondii'de RNAi regülasyonu ile ilgili kapsamlı bilgi bulunmamaktadır. Bu nedenle T.gondii için oluşturulacak RNAi kontrol ağı T.gondii konusunda çalışan bilim insanları için çok önemlidir.Bu bilgilerin ışığında çalışmamızda Toxoplasma genomundan muhtemel sap-ilmik yapıları oluşturulmuş, arzulanan sap-ilmik yapısına sahip olan diziler seçilmiş ve bu dizilerden kaynaklanan aktif miRNA'lar Toxoplasma genomuna haritalanmıştır. Bu sonuçlara bağlı olarak elde edilen bilgi pratik bir web arayüzü ile deneysel Toxoplasma çalışmaları yütütecek araştırmacıların hizmetine sunulması ve Toxoplasma çalışmalarının zaman ve para olarak maliyetini düşürmesi amaçlanmaktadır.