Tez detayları

Yabani soya türlerinde CenH3 geninin cDNA moleküler klonlanması = cDNA molecular cloning of CenH3 gene in wild soybean species

Yazarlar:

Yildiz, Hümeyra

Yayıncı:

Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi

Ana Başlıklar:

Genetik ve evrim | Tarım

Belge Tipi:

Tezler

Program Tipi:

Yüksek Lisans

Yayın Tarihi:

12/2017

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2000175068

Anahtar sözcükler:

Özet

The centromere is structurally and functionally conserved in all eukaryotes. It isresponsible for the correct distribution of chromosomes. In eukaryotic centromere,centromeric histone H3 (CENH3) protein is considered a structural marker in providingfunctional property. Given the importance of CENH3 protein on centromers, a detailedanalysis of the molecular structure of the homologues of the CenH3 gene in differentsoybean species is needed. In this study, total RNA isolation, cDNA synthesis byreverse transcriptase, PCR amplification of gene with specific primers, cloning andsequencing of DNA fragments were performed in soybean and wild soybean species.The comparative analysis of CENH3 protein sequence information by bioinformaticsmethods revealed similarities and differences between the species. Two different formsnamed CENH3a and CENH3b were determined. As a result of multiple nucleotide andprotein alignment of the two forms, the similarity rate was found to be 95-92%. As aresult of bioinformatic analysis, CENH3a form showed more positive selection thanCENH3b form. Since our study is the first comprehensive study to detect CenH3 genein wild soybean species, it is thought to contribute to centromere studies in othereukaryotic species.Keywords: Glycine, centromere spesific histone H3 (CenH3), Histone H3, centromere, cDNA.

Tüm ökaryotlarda yapısal ve işlevsel olarak korunmuş bulunan sentromer,kromozomların doğru bir şekilde dağılımından sorumludur. Ökaryot sentromerlerindesentromerik histon H3 (CENH3) proteini işlevsel özelliği sağlamada yapısal bir işaretolarak kabul edilmektedir. CENH3 proteininin sentromerler üzerindeki önemidüşünüldüğünde, farklı soya türlerinde CenH3 geninin homologlarının moleküleryapısının kapsamlı olarak incelenmesine ihtiyaç vardır. Bu çalışmada soya ve yabanisoya türlerinde total RNA izolasyonu, ters transkiptaz yardımıyla cDNA sentezi, geneözel primerlerle genin çoğaltılması, DNA fragmentlerinin klonlanması ve dizilemesiyapılmıştır. CENH3 protein dizi bilgisinin biyoinformatik yöntemlerle karşılaştırmalıanalizi yapılarak türlerarası aminıasit benzerlik ve farklılıkları tespit edilmiştir. Analizsonucu CENH3a ve CENH3b olarak adlandırılan 2 farklı form tespit edilmiştir. İkiformun çoklu nükleotid ve protein hizalaması sonucu benzerlik oranı %95-%92.7 olaraktespit edilmiştir. Biyoinformatik analizler sonucunda CENH3a formu CENH3b formunakıyasla daha fazla pozitif seleksiyon göstermiştir. Çalışmamız yabani soya türlerindeCenH3 geninin tespit edilmesine yönelik yapılan ilk kapsamlı çalışma olması nedeniylediğer ökaryotik türlerdeki sentromer çalışmalarına katkı sağlayacağı düşünülmektedir.Anahtar Sözcükler: Glycine, sentromerik histon H3 (CenH3), Histon H3, Sentromer, cDNA.

Tez detayları

Yabani soya türlerinde CenH3 geninin cDNA moleküler klonlanması = cDNA molecular cloning of CenH3 gene in wild soybean species

Yazarlar: Yildiz, Hümeyra

Yayıncı: Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi

Ana Başlıklar: Genetik ve evrim | Tarım

Belge Tipi: Tezler

Program Tipi: Yüksek Lisans

Yayın Tarihi: 12/2017

Belge Dili: Türkçe

Document ID (Org No.): 2000175068