Apoptosis is essential for cellular homeostasis and normal development. Aberrantapoptosis (too much or too less) is associated with many important diseases such asautoimmune diseases and cancer. Studies have led to the identification of a number ofproteins and microRNAs involved in the regulation of apoptosis. However, the role oflong non-coding RNAs (lncRNAs) is still unclear. In this study, two cancer therapeuticsdrugs, cisplatin and doxorubicin, and two ligands, Fas mAb and TNF-alpha, were usedin identification of differentially expressed pathway-drug specific and/or globallncRNAs in apoptotic HeLa cells. Following dose-kinetics experiments the level ofapoptosis was measured by Flow Cytometry and was further verified by FluorescenceMicroscopy and Western Blotting via measurement of Caspase 3, 8 and 9 protein levels.Three replicates of total RNAs (control and drug/ligand-treated cells) were sent to deep-sequencing using the Illumina platform. The resulting reads matched to the humangenome greater than 95%. Under our experimental setting, treatments with cisplatin,doxorubicin, Fas mAb and TNF-alpha led to the differential expression of 1644, 506,584 and 807 lncRNAs, respectively (2-fold or higher, P < 0.01). Two of identifiedlncRNAs common for all inducers was in antisense position to TRAIL-R2 receptor andFasR associated factor which play directly in apoptosis. Results suggest that manylncRNAs are differentially expressed upon treatment with the indicated agents.Functional characterization of candidates might provide an interesting insight intoregulation of apoptosis.

Hücre içi homeostazinin sağlanması açısından çok önemli olan apoptoz normalgelişimin yanı sıra otoimmun ve kanser gibi önemli hastalıklarla da bağlantılıdır.Biyokimyasal ve genetik analizler sonucu apoptozun kontrol mekanizmasında görevalan bir dizi protein ve mikroRNA'lar belirlenmiştir. Post-genomik çağdaki sonçalışmalar genomda bir dönem 'çöp' DNA olarak belirlenen bölgelerden çok sayıdauzun kodlanmayan RNA'ların (ukmRNA) keşfine yol açmıştır. Bu çalışmada,apoptozun tetiklendiği HeLa hücrelerinde farklı ifade edilen ukmRNA'larınbelirlenebilmesi için iki anti-kanser ilaç, sisplatin ve doksorubisin, ve iki ligant,TNFalpha ve Fas monoklonal antikoru, kullanılmıştır. Doz - ve zaman - kinetikdeneylerini müteakip apoptoz seviyesi akış sitometresiyle ölçülmüş ve floresanmikroskopuyla sonuçlar teyit edilmiştir. Apoptozun tetiklendiğini doğrulamak içinbiyokimyasal olarak kaspaz 3, 8 ve 9 proteinlerinin seviyeleri ölçüldü. İlluminaplatformunu kullanarak derin sekans analizi yapabilmek için kontrol ve ilaç ile muameleedilmiş hücrelerden üçer replika toplam RNA örnekleri elde edildi. Sekans sırasındaörnekler insan genomu ile %95 eşleşmiştir. Doksorubisin, sisplatin, TNFalpha ve Fasmonoklonal antikoru muamelesi hücrelerde sırası ile 1644, 506, 584 and 807 adetukmRNA'nın farklı ifade edilmesine neden olmuştur (an ez 2 kat, P < 0.05). Tüm ilaçmuamelerinde ortak olarak faklı ifade edilen ukmRNA'lardan ikisi apoptozda önemlirol oynayan TRAIL-R2 reseptör ve FasR reseptöre bağlı öğe 1'ye (FAF1) antisensolarak bulunmuştur. Deneysel şartlarımız çerçevesinde sonuçlar ukmRNA'larınyukarıda belirtilmiş ilaçla muamele sırasında farklı ifade edildiğini göstermektedir.Adayların fonksiyonel karakterizasyonu ukmRNA'ların apoptozdaki rollerininmoleküler düzeyde anlaşılmasına yardımcı olacaktır.