Development of real-time reverse transcriptase-polymerase chain  reaction (rt RT- PCR) targeting four genes of peste des petits  ruminants virus

Ender DİNÇER; Aykut ÖZKUL

doi:https://doi.org/10.1501/Vetfak_0000002693

Makale detayları

Development of real-time reverse transcriptase-polymerase chain reaction (rt RT- PCR) targeting four genes of peste des petits ruminants virus

Yazarlar:

Ender DİNÇER | Aykut ÖZKUL

Ana Başlıklar:

Hayvancılık

Dergi:

Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi 2015 Vol.62 Issue 4, pp.283-287

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

11/2015

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000850181

DOI:

https://doi.org/10.1501/Vetfak_0000002693

Anahtar kelimeler:

Özet:

 

In this study, one-step real-time quantitative reverse transcription PCR (qRT- PCR) was developed for the first time and evaluated for detection of peste des petits ruminants virus (PPRV) in field samples obtained from distinct geographical areas of Turkey. Primers and probes targeting four PPRV genes (namely L, M, N and P) were designed based on full genome sequence (AJ849636) of the local isolate (Tu00). The detection limits of the assays were found to be 7 copies/µL RNA for L, 6 copies/µL RNA for P, 10 copies/µL RNA for M and 700 copies/µL RNA for N, respectively. Besides, the detection ratio for PPRV in 45 field samples was 100% (45) for L, 88.9% (40) for M, 77.8% (35) for P and 22.3% (10) for N, respectively. In conclution, onestep real-time quantitative reverse transcription PCR (qRT- PCR) assay reported here for L gene design provides rapid, specific and sensitive detection of PPRV in tissue samples obtained from field cases.

 

Bu çalışmada, tek basamaklı gerçek zamanlı kantitatif reverz transkripsiyon polimerize zincir reaksiyonu tekniği (qRTPCR) geliştirildi ve Türkiye’nin farklı coğrafik alanlarından elde edilen saha örneklerinde küçük ruminant vebası virusunun (PPRV) tespiti için karşılaştırıldı. Yerel PPRV (Tu00)’ nün dört genini (L, M, N ve P) hedefleyen primer ve problar ifade edilen virusun tüm genom dizini (AJ849636) temel alınarak tasarlandı. Çalışma kapsamında gerçekleştirilen tasarımlar ile her testin tespit sınırları, sırasıyla L geni için 7 kopya/µL RNA; P geni için 6 kopya/µL RNA; M geni için 10 kopya/µL RNA ve N geni için 700 kopya/µL RNA olarak bulundu. Bunun yanında, 45 saha örneği kullanılarak yapılan tanısal değerlendirmelerde ise virus genomunun tespit oranları sırasıyla L geni için %100 (45); M geni için %88.9 (40); P geni için %77.8 (35) ve N geni için %22.3 (10) olarak bulundu. Sonuç olarak, L geni dizaynı için bildirilen tek basamaklı gerçek zamanlı kantitatif reverz transkripsiyon polimerize zincir reaksiyonu deneyi (qRT-PCR) saha vakalarından elde edilen doku örneklerinde hızlı, spesifik ve hassas PPRV tespitini saplamıştır.

Makale detayları

Development of real-time reverse transcriptase-polymerase chain reaction (rt RT- PCR) targeting four genes of peste des petits ruminants virus

Yazarlar:

Ender DİNÇER | Aykut ÖZKUL

Ana Başlıklar:

Hayvancılık

Dergi:

Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi 2015 Vol.62 Issue 4, pp.283-287

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

11/2015

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000850181

DOI:

https://doi.org/10.1501/Vetfak_0000002693

Küçük ruminant vebası

Gerçek zamanlı RT-PZR

virus tespiti

Sayı

Makale detayları

Development of real-time reverse transcriptase-polymerase chain reaction (rt RT- PCR) targeting four genes of peste des petits ruminants virus

Yazarlar: Ender DİNÇER | Aykut ÖZKUL

Ana Başlıklar: Hayvancılık

Dergi: Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi 2015 Vol.62 Issue 4, pp.283-287

Belge Tipi: Makale

Yayın Tarihi: 11/2015

Belge Dili: İngilizce

Document ID (Org No.): 2000850181

DOI: https://doi.org/10.1501/Vetfak_0000002693

Küçük ruminant vebası

Gerçek zamanlı RT-PZR

virus tespiti

Sayı

Yazarlar:

Ender DİNÇER | Aykut ÖZKUL

Ana Başlıklar:

Hayvancılık

Dergi:

Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi 2015 Vol.62 Issue 4, pp.283-287

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

11/2015

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000850181

DOI:

https://doi.org/10.1501/Vetfak_0000002693