Proteogenomic profiling of lung adenocarcinoma reveals therapeutic targets for precision medicine

Abdülkadir Elmas

Makale detayları

Proteogenomic profiling of lung adenocarcinoma reveals therapeutic targets for precision medicine

Yazarlar:

Abdülkadir Elmas

Yayıncı:

Nigde Omer Halisdemir University

Ana Başlıklar:

Yarı ve Denetimsiz Öğrenme | Biyomedikal Bilimler ve Teknolojiler | Biyomedikal Terapi

Dergi:

Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi Mühendislik Bilimleri Dergisi Vol.13 Issue 4, pp.1545-1552

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

10/2024

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2001329731

pISSN:

2564-6605

Anahtar kelimeler:

Özet:

 Lung cancer is the top cause of cancer-related fatalities worldwide, impacting both men and women. A major challenge is its frequent diagnosis at advanced stages, which limits treatment options. While genomic and transcriptomic analyses have traditionally been used to identify potential drug targets, there remains an unexplored potential in targeting protein-level anomalies. This study systematically investigates the proteomic landscape of 109 primary lung adenocarcinoma LUAD tumors using comprehensive mass-spectrometry MS proteomics data. By focusing on kinases, the key actors in oncogenic signaling pathways, we aim to find new therapeutic targets for LUAD. Through intricate analyses encompassing tumor-normal differentials and inter-tumor variations, our study identifies notable overexpressed targets, including PLAU, MET, ERBB2, EGFR, PDK1 kinases, and THBS2, CRABP2, INPP4B proteins, many of which present no evidence of transcriptomic alteration. Several targets we identified through proposed approaches have corresponding inhibitor drugs, including ERBB2 kinase Afatinib and VEGF-A protein Bevacizumab. Our findings validate known therapeutic markers in lung cancer and reveal candidate protein targets specific to LUAD, underscoring the efficacy of proteomic methodologies in advancing precision medicine for cancer.

 Lung cancer is the top cause of cancer-related fatalities worldwide, impacting both men and women. A major challenge is its frequent diagnosis at advanced stages, which limits treatment options. While genomic and transcriptomic analyses have traditionally been used to identify potential drug targets, there remains an unexplored potential in targeting protein-level anomalies. This study systematically investigates the proteomic landscape of 109 primary lung adenocarcinoma LUAD tumors using comprehensive mass-spectrometry MS proteomics data. By focusing on kinases, the key actors in oncogenic signaling pathways, we aim to find new therapeutic targets for LUAD. Through intricate analyses encompassing tumor-normal differentials and inter-tumor variations, our study identifies notable overexpressed targets, including PLAU, MET, ERBB2, EGFR, PDK1 kinases, and THBS2, CRABP2, INPP4B proteins, many of which present no evidence of transcriptomic alteration. Several targets we identified through proposed approaches have corresponding inhibitor drugs, including ERBB2 kinase Afatinib and VEGF-A protein Bevacizumab. Our findings validate known therapeutic markers in lung cancer and reveal candidate protein targets specific to LUAD, underscoring the efficacy of proteomic methodologies in advancing precision medicine for cancer.

 Lung cancer is the top cause of cancer-related fatalities worldwide, impacting both men and women. A major challenge is its frequent diagnosis at advanced stages, which limits treatment options. While genomic and transcriptomic analyses have traditionally been used to identify potential drug targets, there remains an unexplored potential in targeting protein-level anomalies. This study systematically investigates the proteomic landscape of 109 primary lung adenocarcinoma LUAD tumors using comprehensive mass-spectrometry MS proteomics data. By focusing on kinases, the key actors in oncogenic signaling pathways, we aim to find new therapeutic targets for LUAD. Through intricate analyses encompassing tumor-normal differentials and inter-tumor variations, our study identifies notable overexpressed targets, including PLAU, MET, ERBB2, EGFR, PDK1 kinases, and THBS2, CRABP2, INPP4B proteins, many of which present no evidence of transcriptomic alteration. Several targets we identified through proposed approaches have corresponding inhibitor drugs, including ERBB2 kinase Afatinib and VEGF-A protein Bevacizumab. Our findings validate known therapeutic markers in lung cancer and reveal candidate protein targets specific to LUAD, underscoring the efficacy of proteomic methodologies in advancing precision medicine for cancer.

 Akciğer kanseri, dünya genelinde kanserle ilişkili ölümlerin başlıca nedeni olup, hem erkekleri hem de kadınları etkilemektedir. En büyük zorluklardan biri, genellikle hastalığın ileri evrelerinde teşhis edilmesidir; bu da tedavi seçeneklerini kısıtlamaktadır. Genomik ve transkriptomik analizler geleneksel olarak potansiyel ilaç hedeflerini belirlemede kullanılmıştır; ancak protein düzeyindeki anormallikleri hedeflemekte henüz keşfedilmemiş bir potansiyel bulunmaktadır. Bu çalışma, 109 birincil akciğer adenokarsinomu LUAD tümörünün proteomik profilini kapsamlı kütle spektrometrisi MS verileri kullanarak sistematik bir şekilde incelemektedir. Onkogenik sinyal yolarında kritik rol oynayan kinazlara odaklanarak, LUAD için yeni terapötik hedefler bulmayı amaçlıyoruz. Tümör-normal farklılıkları ve tümörler arası varyasyonları içeren ayrıntılı analizler sonucunda, PLAU, MET, ERBB2, EGFR, PDK1 kinazları ve THBS2, CRABP2, INPP4B proteinleri gibi önemli aşırı ekspres edilen hedefler belirlenmiştir. Bu hedeflerin çoğunda transkriptomik değişim kanıtı bulunmamaktadır. Önerilen yaklaşımlar aracılığıyla belirlediğimiz bazı hedefler için mevcut inhibitör ilaçlar geliştirilmiştir, ERBB2 kinazı Afatinib ve VEGF-A proteini Bevacizumab gibi. Bulgularımız, akciğer kanserindeki bilinen terapötik belirteçleri doğrulamakta ve LUADe özgü aday protein hedeflerini ortaya koyarak, proteomik yöntemlerin kanser tedavisinde kişiselleştirilmiş tıbbın ilerletilmesindeki etkinliğini vurgulamaktadır.

Makale detayları

Proteogenomic profiling of lung adenocarcinoma reveals therapeutic targets for precision medicine

Yazarlar:

Abdülkadir Elmas

Yayıncı:

Nigde Omer Halisdemir University

Ana Başlıklar:

Yarı ve Denetimsiz Öğrenme | Biyomedikal Bilimler ve Teknolojiler | Biyomedikal Terapi

Dergi:

Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi Mühendislik Bilimleri Dergisi Vol.13 Issue 4, pp.1545-1552

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

10/2024

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2001329731

pISSN:

2564-6605

Weighted k-nearest neighbor (KNN) algorithm

lung adenocarcinoma

proteomics

targeted therapy

precision oncologyAğırlıklı k-en yakın komşu (KNN) algoritması

akciğer kanseri

proteomik metodolojiler

hedefe yönelik tedavi

hassas onkoloji

Sayı

Makale detayları

Yazarlar: Abdülkadir Elmas

Yayıncı: Nigde Omer Halisdemir University

Ana Başlıklar: Yarı ve Denetimsiz Öğrenme | Biyomedikal Bilimler ve Teknolojiler | Biyomedikal Terapi

Dergi: Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi Mühendislik Bilimleri Dergisi Vol.13 Issue 4, pp.1545-1552

Belge Tipi: Makale

Yayın Tarihi: 10/2024

Belge Dili: İngilizce

Document ID (Org No.): 2001329731

pISSN: 2564-6605

Sayı

Yazarlar:

Abdülkadir Elmas

Yayıncı:

Nigde Omer Halisdemir University

Ana Başlıklar:

Yarı ve Denetimsiz Öğrenme | Biyomedikal Bilimler ve Teknolojiler | Biyomedikal Terapi

Dergi:

Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi Mühendislik Bilimleri Dergisi Vol.13 Issue 4, pp.1545-1552

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

10/2024

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2001329731

pISSN:

2564-6605