Diagnostic Outcomes for Genetic Testing of 54 Genes in Pregnancy Loss Using Array CGH Method: A Two-Year Retrospective Study

Barış PAKSOY; Ozturk OZDEMIR; Fatma SILAN

doi:https://doi.org/10.38136/jgon.771393

Makale detayları

Diagnostic Outcomes for Genetic Testing of 54 Genes in Pregnancy Loss Using Array CGH Method: A Two-Year Retrospective Study

Yazarlar:

Barış PAKSOY | Ozturk OZDEMIR | Fatma SILAN

Yayıncı:

T.C. Sağlık Bakanlığı Ankara Şehir Hastanesi

Ana Başlıklar:

Sağlık teşvikleri

Dergi:

Jinekoloji-Obstetrik ve Neonatoloji Tıp Dergisi 2020 Vol.17 Issue 4, pp.599-609

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

12/2020

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000485171

Sıklık:

Üç Aylık

eISSN:

2667-7849

DOI:

https://doi.org/10.38136/jgon.771393

Özet:

 


Objective: The current study aimed to retrospectively evaluate different diag- nostic approaches for the array genetic analysis of the cases from all trimester fetal loss in the medical genetics clinic between 2016 and 2017. The Quantitati- ve Fluorescent Polymerase Chain Reaction(QFPCR) test was performed on 50 samples, and aneuploidy was detected in 11 samples as a result of the test, and the array-CGH was performed when 39 QF-PCR resulted in normal test results. Under this purpose, we aimed to analyze and determine the possible copy num- ber variation(CNV), gene deletions, and/or duplications involved in embryonic cell division, tissue differentiation, intended.Materials and methods: DNA isolation from cases of this retrospective study was completed using the PureLink Genomic DNA isolation kit. DNA samples were then genoty - ped for molecular etiological reasons by oligonücleotid microarray -CGH method (aCGH , 60 K ISCA design , Agilent , Germany ). Hybridized probe correlations of the case and reference DNAs were evaluated with databases (Database of Genomic Variants Analysis ) used in genomic variation analysis in terms of 54 functional genes CNVs associated with intrauterine losses.Results: CNV was detected in 30 (77%) of 39 fetal samples analyzed within the scope of the research. Fifty-five percent of CNVs were found to be duplication (55%) and forty-five percent were deletions (45%). As a result of the evaluation, deletion was detected in 19 (35%) of 54 genes, duplication was detected in 26 (48%), while in 3 (6%) both deletion and duplication were detected. Although CNV detected in autosomal chromosomes (chromosome 1, 2, 3, 4, 5, 7, 8, 10, 12, 13, 14, 15 and 20), CNV was established the most common in X chromosome. In our study, CNVs associated with COX7B, ZIC1, MECP2, FMR1, HOXD13, JAG1, MSX2, NEXN, and SIX3 genes were found to be more frequent in terms of fetal loss etiology.

.

 

Amaç:Bu çalışma, 2016 ve 2017 yılları arasında tıbbi genetik kliniğine gelen tüm gebelik trimesterlerinde, fetal kayıp olgularına farklı bir tanısal yaklaşım olarak uygulanmış olan array-CGH genetik analizinin retrospektif olarak değerlendirmesini incelemeyi amaçlamıştır. 50 örnek üzerinde Kantitatif Floresan Polimeraz Zincir Reaksiyonu (QF-PCR) testi yapıldı ve test sonucunda 11 örnekte anöploidi saptandı ve QF-PCR normal olan 39 örneğe array-CGH analizi gerçekleştirildi. Bu amaçla, embriyonik dönemde hücre bölünmesi, doku farklılaşması aşamalarında etkili delesyon ve duplikasyonları, olası kopya sayısı varyasyonlarını (CNV) analiz etmeyi ve belirlemeyi amaçladık.Gereç ve Yöntemler:Bu retrospektif çalışmada vakaların abortus ve fetal biopsi örneklerinden yapılan DNA izolasyonunda PureLink Genomik DNA izolasyon kiti kullanıldı. DNA numuneleri daha sonra oligonükleotid array-CGH yöntemi (aCGH, 60 K ISCA tasarımı, Agilent, Almanya) ile moleküler etiyolojik nedenler açısından incelendi. Olgu ve referans DNA'ların hibridize prob korelasyonları, intrauterin kayıplarla ilişkili 54 fonksiyonel gen CNV açısından genomik varyasyon analizinde kullanılan veri tabanları (Genomik Varyantlar Analizi Veritabanı) ile değerlendirildi.Bulgular:Araştırma kapsamında analiz edilen 39 fetal örneğin 30'unda (% 77) CNV saptandı. CNV'lerin yüzde elli beşi duplikasyon (% 55) ve yüzde kırk beşi delesyon (% 45) şeklinde bulundu. Değerlendirme sonucunda 54 genin 19'unda (% 35) delesyon, 26'sında (% 48) duplikasyon, 3'ünde (% 6) hem delesyon hem de duplikasyon saptandı. Otozomal kromozomlarda CNV tespit edilmesine rağmen (kromozom 1, 2, 3, 4, 5, 7, 8, 10, 12, 13, 14, 15 ve 20), en sık CNV X kromozomunda saptandı. Çalışmamızda COX7B, ZIC1, MECP2,FMR1, HOXD13, JAG1, MSX2, NEXN ve SIX3 genleri ile ilişkili CNV'lerin fetal kayıp etiyolojisi açısından daha sık olduğu bulunmuştur.Sonuç:Deneyimlerimize dayanarak, array-CGH yöntemi, fetal kayıp vakalarında QF-PCR ile normal sonuçlanmış vakaların etiyolojisini araştırmak için kullanılabilir. Array-CGH yöntemi uygulama kolaylığı ve elde edilen veriler nedeniyle giderek daha fazla tercih edilecektir. Literatüre baktığımızda, array-CGH yöntemi üzerinde fetal kayıplar hakkında yeterli araştırma olmadığı ve bu alandaki deneyimi arttırmak için daha fazla çalışmaya ihtiyaç olduğu görülmektedir.

Makale detayları

Diagnostic Outcomes for Genetic Testing of 54 Genes in Pregnancy Loss Using Array CGH Method: A Two-Year Retrospective Study

Yazarlar: Barış PAKSOY | Ozturk OZDEMIR | Fatma SILAN

Yayıncı: T.C. Sağlık Bakanlığı Ankara Şehir Hastanesi

Ana Başlıklar: Sağlık teşvikleri

Dergi: Jinekoloji-Obstetrik ve Neonatoloji Tıp Dergisi 2020 Vol.17 Issue 4, pp.599-609

Belge Tipi: Makale

Yayın Tarihi: 12/2020

Belge Dili: İngilizce

Document ID (Org No.): 2000485171

Sıklık: Üç Aylık

eISSN: 2667-7849

DOI: https://doi.org/10.38136/jgon.771393

Sayı

Yazarlar:

Barış PAKSOY | Ozturk OZDEMIR | Fatma SILAN

Yayıncı:

T.C. Sağlık Bakanlığı Ankara Şehir Hastanesi

Ana Başlıklar:

Sağlık teşvikleri

Dergi:

Jinekoloji-Obstetrik ve Neonatoloji Tıp Dergisi 2020 Vol.17 Issue 4, pp.599-609

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

12/2020

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000485171

Sıklık:

Üç Aylık

eISSN:

2667-7849

DOI:

https://doi.org/10.38136/jgon.771393