The Effectiveness of ITS1 and ITS2 Gene Regions in the Identification of Endemic and Rare Plant Species in Kars Province

Funda Özdemir Değirmenci; Asiye Uluğ; Gül Esma Akdoğan Karadağ; Fevzi Özgökçe

Makale detayları

The Effectiveness of ITS1 and ITS2 Gene Regions in the Identification of Endemic and Rare Plant Species in Kars Province

Yazarlar:

Funda Özdemir Değirmenci | Asiye Uluğ | Gül Esma Akdoğan Karadağ | Fevzi Özgökçe

Yayıncı:

Van Yuzuncu Yıl University

Ana Başlıklar:

Genetik (Diğer)

Dergi:

Yüzüncü Yıl Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi Vol.30 Issue 2, pp.485-498

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

8/2025

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2001357537

pISSN:

1300-5413

Anahtar kelimeler:

Özet:

 DNA barcoding is an effective method for accurate and reliable plant species identification at the genetic level. In this study, the ITS1 and ITS2 barcode gene regions were used to characterise the molecular diversity and determine the phylogenetic relationships of endemic plant species from Kars Province. The DNA sequences obtained indicate that both regions provide high resolution for molecular identification; however, the ITS2 region provides greater nucleotide diversity and higher information content at the species level. Genetic diversity analyses revealed high nucleotide variation and the presence of singleton mutations in some species, while others exhibited highly conserved sequences with limited genetic divergence. The combined use of ITS1 and ITS2 regions allows a more reliable and comprehensive taxonomic classification. In this study, the genetic barcodes obtained for the two gene regions have been uploaded to the database, thus contributing significantly to the documentation and conservation of the biodiversity of Türkiye, in particular Kars province, both nationally and internationally. In addition, the results of this study provide a scientific basis for new research on the biogeography and ecological processes of the region, providing a valuable resource for biodiversity conservation and taxonomic validation studies.

 DNA barcoding is an effective method for accurate and reliable plant species identification at the genetic level. In this study, the ITS1 and ITS2 barcode gene regions were used to characterise the molecular diversity and determine the phylogenetic relationships of endemic plant species from Kars Province. The DNA sequences obtained indicate that both regions provide high resolution for molecular identification; however, the ITS2 region provides greater nucleotide diversity and higher information content at the species level. Genetic diversity analyses revealed high nucleotide variation and the presence of singleton mutations in some species, while others exhibited highly conserved sequences with limited genetic divergence. The combined use of ITS1 and ITS2 regions allows a more reliable and comprehensive taxonomic classification. In this study, the genetic barcodes obtained for the two gene regions have been uploaded to the database, thus contributing significantly to the documentation and conservation of the biodiversity of Türkiye, in particular Kars province, both nationally and internationally. In addition, the results of this study provide a scientific basis for new research on the biogeography and ecological processes of the region, providing a valuable resource for biodiversity conservation and taxonomic validation studies.

 DNA barcoding is an effective method for accurate and reliable plant species identification at the genetic level. In this study, the ITS1 and ITS2 barcode gene regions were used to characterise the molecular diversity and determine the phylogenetic relationships of endemic plant species from Kars Province. The DNA sequences obtained indicate that both regions provide high resolution for molecular identification; however, the ITS2 region provides greater nucleotide diversity and higher information content at the species level. Genetic diversity analyses revealed high nucleotide variation and the presence of singleton mutations in some species, while others exhibited highly conserved sequences with limited genetic divergence. The combined use of ITS1 and ITS2 regions allows a more reliable and comprehensive taxonomic classification. In this study, the genetic barcodes obtained for the two gene regions have been uploaded to the database, thus contributing significantly to the documentation and conservation of the biodiversity of Türkiye, in particular Kars province, both nationally and internationally. In addition, the results of this study provide a scientific basis for new research on the biogeography and ecological processes of the region, providing a valuable resource for biodiversity conservation and taxonomic validation studies.

 DNA barkodlama, bitki türlerinin genetik düzeyde doğru ve güvenilir şekilde tanımlanmasını sağlayan etkili bir yöntemdir. Bu çalışmada, Kars iline özgü endemik bitki türlerinin moleküler karakterizasyonu ve filogenetik ilişkilerinin belirlenmesi amacıyla ITS1 ve ITS2 barkod gen bölgeleri kullanılmıştır. Elde edilen DNA dizileri, her iki bölgenin de moleküler tanımlama için yüksek çözünürlük sunduğunu, ancak ITS2 bölgesinin tür düzeyinde daha fazla bilgi içeriği ve yüksek nükleotit çeşitliliği sağladığını göstermektedir. Genetik çeşitlilik analizleri sonucunda bazı türlerde yüksek nükleotit çeşitliliği ve özgün mutasyonlara rastlanırken, bazı türlerde ise oldukça korunmuş dizilere ve sınırlı düzeyde genetik farklılıklara rastlanmıştır. ITS1 ve ITS2 bölgelerinin birlikte kullanımı, taksonomik sınıflandırmanın daha güvenilir ve kapsamlı bir şekilde gerçekleştirilmesine olanak tanımaktadır. Bu çalışmada, iki gen bölgesi için elde edilen ve veri tabanına yüklenen genetik barkodlar, Türkiyenin, özellikle Kars ilinin biyolojik çeşitliliğinin ulusal ve uluslararası düzeyde belgelenmesine ve korunmasına önemli bir katkı sunacaktır. Ayrıca, çalışma sonuçları bölgenin biyocoğrafyası ve ekolojik süreçlerine ilişkin yeni araştırmalara bilimsel bir temel sağlayarak, biyolojik çeşitliliğin korunması ve taksonomik doğrulama çalışmalarına değerli bir kaynak oluşturma potansiyeline sahiptir.

Makale detayları

The Effectiveness of ITS1 and ITS2 Gene Regions in the Identification of Endemic and Rare Plant Species in Kars Province

Yazarlar:

Funda Özdemir Değirmenci | Asiye Uluğ | Gül Esma Akdoğan Karadağ | Fevzi Özgökçe

Yayıncı:

Van Yuzuncu Yıl University

Ana Başlıklar:

Genetik (Diğer)

Dergi:

Yüzüncü Yıl Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi Vol.30 Issue 2, pp.485-498

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

8/2025

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2001357537

pISSN:

1300-5413

DNA barcoding

Endemic

ITS1

ITS2

PhylogeneticsDNA barkodlama

Endemik

Filogenetik

ITS1

ITS2

Sayı

Makale detayları

Yazarlar: Funda Özdemir Değirmenci | Asiye Uluğ | Gül Esma Akdoğan Karadağ | Fevzi Özgökçe

Yayıncı: Van Yuzuncu Yıl University

Ana Başlıklar: Genetik (Diğer)

Dergi: Yüzüncü Yıl Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi Vol.30 Issue 2, pp.485-498

Belge Tipi: Makale

Yayın Tarihi: 8/2025

Belge Dili: Türkçe

Document ID (Org No.): 2001357537

pISSN: 1300-5413

Sayı

Yazarlar:

Funda Özdemir Değirmenci | Asiye Uluğ | Gül Esma Akdoğan Karadağ | Fevzi Özgökçe

Yayıncı:

Van Yuzuncu Yıl University

Ana Başlıklar:

Genetik (Diğer)

Dergi:

Yüzüncü Yıl Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi Vol.30 Issue 2, pp.485-498

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

8/2025

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2001357537

pISSN:

1300-5413