Hücre hatlarını oluşturmakta kullanılan plasmidlerin genomik lokasyonları?

Muzaffer ARIKAN; Aris ÇAKİRİS; Zeliha EMRENCE; Atilla ÇAKAR; Neslihan ABACI; Sema SIRMA; Duran ÜSTEK

Makale detayları

Hücre hatlarını oluşturmakta kullanılan plasmidlerin genomik lokasyonları?

Yazarlar:

Muzaffer ARIKAN | Aris ÇAKİRİS | Zeliha EMRENCE | Atilla ÇAKAR | Neslihan ABACI | Sema SIRMA | Duran ÜSTEK

Yayıncı:

Istanbul University

Dergi:

Journal of Experimental Medicine 2012 Vol.2 Issue 3, pp.11-15

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

7/2012

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2000429247

eISSN:

2667-5846

Özet:

 


Hücre hatlarını oluşturma yollarından biri, hücreleri DNA tümör virüsleri ile enfekte etmektir.  İmmortalizasyon işleminde kullanılan vektör DNA dizileri, genomik DNA'ya entegre halde bulunurlar. Bu çalışmada, söz konusu vektörlere ait DNA parçalarının binlerce pasaj sonrası durumları K562 hücre hattında sorgulanmıştır. Yapılan çalışmada, DNA parçalarını yakalama (sequence capture array) metodu ile yeni nesil dizileme teknolojisi birleştirilerek genoma entegrasyon bölgeleri tespit edilmiştir. K562 hücrelerinde, hücre soyunun immortalizasyonunda kullanılan viral DNA dizileri ile eşleşen 15540 fragman elde edilmiştir. Bu fragmanların %60'ının immortalizasyonda kullanıldığı bilinen Simian virus 40 T antijenine, %12'sinin pGNS-BAC klonlama vektörüne, %11'inin FBDki knock-in vektörüne, %11'inin pSTH1-GFP DNA klonlama vektörüne ve %6'sının insan herpes virüs 5 strain Toledo'ya, ait olduğu görülmüştür. Ayrıca, SV-40'ın 3q1.2 kromozomal bölgesindeki TBC genine entegre halde bulunduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak, K562 hücre soyunun immortalizasyonunda kullanılan vektör profili çıkarılmış ve SV-40 T antijenin bu hücredeki entegrasyon bölgesi tespit edilmiştir.

.

Makale detayları

Hücre hatlarını oluşturmakta kullanılan plasmidlerin genomik lokasyonları?

Yazarlar: Muzaffer ARIKAN | Aris ÇAKİRİS | Zeliha EMRENCE | Atilla ÇAKAR | Neslihan ABACI | Sema SIRMA | Duran ÜSTEK

Yayıncı: Istanbul University

Dergi: Journal of Experimental Medicine 2012 Vol.2 Issue 3, pp.11-15

Belge Tipi: Makale

Yayın Tarihi: 7/2012

Belge Dili: Türkçe

Document ID (Org No.): 2000429247

eISSN: 2667-5846

Sayı

Yazarlar:

Muzaffer ARIKAN | Aris ÇAKİRİS | Zeliha EMRENCE | Atilla ÇAKAR | Neslihan ABACI | Sema SIRMA | Duran ÜSTEK

Yayıncı:

Istanbul University

Dergi:

Journal of Experimental Medicine 2012 Vol.2 Issue 3, pp.11-15

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

7/2012

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2000429247

eISSN:

2667-5846