Molecular ıdentification of Nocardia Diversity in soil by multilocus sequence analysis

Fadime ÖZDEMİRKOÇAK; Kamil IŞIK

Makale detayları

Molecular ıdentification of Nocardia Diversity in soil by multilocus sequence analysis

Yazarlar:

Fadime ÖZDEMİRKOÇAK | Kamil IŞIK

Yayıncı:

Ersin YÜCEL

Dergi:

Biological Diversity and Conservation 2015 Vol.8 Issue 2, pp.122-133

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

8/2015

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000893385

Sıklık:

Üç Yıllık

eISSN:

1308-8084

pISSN:

1308-5301

Anahtar kelimeler:

Özet:

 

Identification of Nocardia strains is difficult due to the failure of 16S rRNA sequence analysis, chemotaxonomical and biochemical tests. In this study, identification of the possible novel Nocardia isolates was made by Multilocus Sequence Analysis. Four multilocus gene regions, gyrase B, β subunit of DNA topoisomerase  gyrB , 16S rRNA  16S rDNA , subunit A of SecA preprotein translocase  secA1 , and RNA polymerase  rpoB , were used to identify ten Nocardia strains isolated from different soil samples. The region of gyrB, 16S rRNA, secA1 and rpoB genes of ten isolates were compared with related type strains of Nocardia. Concatenate sequence analysis of 2.061 bp allowed differentiation of all isolates and type strains, with a range of interspecies similarity of 91.4-99.8%. Nocardia sp. FSN13, FSN14, FSN34 and FSN37 isolates shared 95.4- 96.4% of the concatenated gyrB-16S rRNA-secA1-rpoB sequences similarity with the type strain N. abscessus. FSN35, FMN06 and FMN15 Nocardia isolates were determined to be related with N. rhamnosiphila 97.9, 95.3 and 98.6% sequences similarity, respectively. It was determined that FSN27 isolate was closely related with N. takedensis and had 96.7% similarity, FGN17 and FGN19 isolates were determined to be related with N. speluncae the similarity of 95.5 and 95.3%., respectively.

 

Nocardia suşlarının tanımlanması 16S rRNA dizi analizleri, kemotaksonomik ve biyokimyasal testlerdeki hatalar nedeniyle zordur. Bu çalışmada, olası yeni Nocardia izolatlarının tanımlaması Multilokus Dizi Analizleri kullanılarak yapıldı. Dört multilokus gen bölgesi, giraz B, DNA topoisomerazın β altünitesi  gyrB , 16S rRNA  16S rDNA , SecA preprotein translokazın A altünitesi  secA1  ve RNA polymeraz β altünitesi  rpoB , farklı toprak örneklerinden izole edilen on Nocardia suşunun tanımlanmasında kullanıldı. On izolatın gyrB, 16S rRNA, secA1 ve rpoB gen bölgeleri ilişkili Nocardia tip suşları ile karşılaştırıldı. 2.061 bp’in birleştirilmiş dizi analizleri tüm izolat ve tip suşlarının 91.4-99.8%. tür içi benzerlik oranı ile farklılaşmasını sağladı. Nocardia sp. FSN13, FSN14, FSN34 ve FSN37 isolatları N. abscessus tip suşu ile birleştirilmiş gyrB-16S rRNA-secA1-rpoB dizi benzerliği 95.4- 96.4% olduğu belirlendi. FSN35, FMN06 ve FMN15 Nocardia isolatlarının 97.9, 95.3 ve 98.6% dizi benzerliği ile N. rhamnosiphila’a akraba olduğu belirlendi. FSN27 izolatı N. takedensis ile yakın ilişkili olduğu belirlendi ve FGN17 ve FGN19 izolatlarınında N. speluncae ile 95.5 ve 95.3% benzerlik oranı ile ilişkili olduğu belirlendi.

Makale detayları

Molecular ıdentification of Nocardia Diversity in soil by multilocus sequence analysis

Yazarlar: Fadime ÖZDEMİRKOÇAK | Kamil IŞIK

Yayıncı: Ersin YÜCEL

Dergi: Biological Diversity and Conservation 2015 Vol.8 Issue 2, pp.122-133

Belge Tipi: Makale

Yayın Tarihi: 8/2015

Belge Dili: İngilizce

Document ID (Org No.): 2000893385

Sıklık: Üç Yıllık

eISSN: 1308-8084

pISSN: 1308-5301

16S rRNA

gyrB

rpoB

secA1

Nocardia

Sayı

Yazarlar:

Fadime ÖZDEMİRKOÇAK | Kamil IŞIK

Yayıncı:

Ersin YÜCEL

Dergi:

Biological Diversity and Conservation 2015 Vol.8 Issue 2, pp.122-133

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

8/2015

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000893385

Sıklık:

Üç Yıllık

eISSN:

1308-8084

pISSN:

1308-5301