Ordu İli’nde Urtica türlerinin kloroplast DNA trnL-F gen bölgelerini kullanarak genetik çeşitliliğinin belirlenmesi

Onur Kolören; Seçil Eker

Makale detayları

Ordu İli’nde Urtica türlerinin kloroplast DNA trnL-F gen bölgelerini kullanarak genetik çeşitliliğinin belirlenmesi

Yazarlar:

Onur Kolören | Seçil Eker

Yayıncı:

Ondokuz Mayıs University

Dergi:

Anadolu Journal of Agricultural Sciences 2018 Vol.33 Issue 3, pp.202-208

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

10/2018

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2000866284

Sıklık:

Aylık

eISSN:

1308-8769

pISSN:

1308-8750

Anahtar kelimeler:

Özet:

 


The main goal of this study is to determine
genetic differences of Urtica spp.
which are one of the most common weed species in the hazelnut and uncultivated
areas of Ordu province in the Black Sea Region, by using primers specific to
chloroplast trnL–F intergenic spacer. Twenty Urtica spp. samples were collected from hazelnut gardens and uncultivated areas in Ordu province. DNA extraction was made by
modifying the CTAB (hexadecyl-trimethyl-ammonium bromide) protocol. The
sequence data of these samples were compared with the reference sequences
retrieved from GenBank for the chloroplast DNA trnL-F intergenic spacer region.
Genetic distances among the sequences were calculated using MEGA6 packet
program, and phylogeny trees were drawn using these data sets. Four Urtica samples (Fatsa 1-U1, Ulubey-U2, Persembe 1-U3 and Altinordu 3-U4) among our samples were selected and used in phylogenetic analysis. Our species were
placed in the same lineage group with Urtica
dioica. Fatsa 1-U1 and Ulubey-U2 appeared to have close to U. dioica (KF138424) with 99.2 % and
99.7 % nucleotide sequence similarity. This relations were supported with 100
%, 100 % and 99 % bootstrap values in the NJ, MP and ML trees, respectively.
The nucleotide sequence similarities of Persembe 1-U3 and Altinordu 3-U4 with U. dioica (AY208725) were 99.5 % and 100
%, and bootstrap values of this species were 67 %, 64 % and 64 % in the NJ, MP
and ML.

.

 


Urtica spp, Karadeniz
Bölgesi Ordu ilinde fındık alanlarında ve boş arazilerde en yaygın olan yabancı
ot türlerinden biridir. Bu çalışmada, Urtica
spp.’nin genetik farklılıklarının belirlenmesi amacıyla Ordu ilinden 20
adet Urtica spp. örnekleri toplanmış
ve kloroplast trnL-F gen bölgelerine özgü primerler kullanılarak analiz
edilmiştir. DNA izolasyonu, CTAB (hexadecyl-trimethyl-ammoniumbromide)
protokolü modifiye edilerek gerçekleştirilmiştir. Kloroplast DNA trnL-F gen
bölgeleri için, GenBank’tan temin edilen referans sekans dizileri ile çalışmada
elde edilen sekans sonuçları karşılaştırılmıştır. Dizilerin genetik uzaklıkları
MEGA6 paket programı kullanılarak hesaplanmış ve bu veri setleri yardımıyla
filogenetik ağaç çizimi sağlanmıştır. Bölgede Urtica cinsine ait 4 örnek (Fatsa 1-U1, Ulubey-U2, Perşembe 1-U3 ve
Altınordu 3-U4) seçilmiş ve genetik analizlerde kullanılmıştır. Çalışma
sonucunda, bu örneklerin hepsinin Urtica
dioica ile aynı soyda yer aldığı belirlenmiştir. Fatsa 1-U1 ve Ulubey-U2
örnekleri sırasıyla % 99.2 ve % 99.7 nükleotid dizisi benzerliği bakımından U. dioica'nın (KF138424) yakın akrabası
olarak görülmüştür. Bu ilişkiler sırasıyla NJ, MP ve ML ağaçlarında yer alan %
100, % 100 ve % 99 algoritma değerleri ile desteklenmiştir. Perşembe 1-U3 ve
Altınordu 3-U4 örnekleri ile U. dioica
(AY208725) arasındaki nükleotid dizisi benzerlikleri sırasıyla % 99.5 ve % 100
bulunmuştur. Bu türün algoritma değerleri ise NJ, MP ve ML'de sırasıyla % 67, %
64 ve % 64 olarak belirlenmiştir.



.

Makale detayları

Ordu İli’nde Urtica türlerinin kloroplast DNA trnL-F gen bölgelerini kullanarak genetik çeşitliliğinin belirlenmesi

Yazarlar:

Onur Kolören | Seçil Eker

Yayıncı:

Ondokuz Mayıs University

Dergi:

Anadolu Journal of Agricultural Sciences 2018 Vol.33 Issue 3, pp.202-208

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

10/2018

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2000866284

Sıklık:

Aylık

eISSN:

1308-8769

pISSN:

1308-8750

Karadeniz Bölgesi

PCR

Urtica dioica

Yabancı Ot

Sayı

Makale detayları

Ordu İli’nde Urtica türlerinin kloroplast DNA trnL-F gen bölgelerini kullanarak genetik çeşitliliğinin belirlenmesi

Yazarlar: Onur Kolören | Seçil Eker

Yayıncı: Ondokuz Mayıs University

Dergi: Anadolu Journal of Agricultural Sciences 2018 Vol.33 Issue 3, pp.202-208

Belge Tipi: Makale

Yayın Tarihi: 10/2018

Belge Dili: Türkçe

Document ID (Org No.): 2000866284

Sıklık: Aylık

eISSN: 1308-8769

pISSN: 1308-8750

Karadeniz Bölgesi

PCR

Urtica dioica

Yabancı Ot

Sayı

Yazarlar:

Onur Kolören | Seçil Eker

Yayıncı:

Ondokuz Mayıs University

Dergi:

Anadolu Journal of Agricultural Sciences 2018 Vol.33 Issue 3, pp.202-208

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

10/2018

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2000866284

Sıklık:

Aylık

eISSN:

1308-8769

pISSN:

1308-8750