Investigation of Potential Antibacterial Properties of Some Azo Compounds by Molecular Docking Method

Çiğdem KARABACAK ATAY; Tahir TİLKİ; Bülent DEDE

doi:https://doi.org/10.29233/sdufeffd.544174

Makale detayları

Investigation of Potential Antibacterial Properties of Some Azo Compounds by Molecular Docking Method

Yazarlar:

Çiğdem KARABACAK ATAY | Tahir TİLKİ | Bülent DEDE

Yayıncı:

Süleyman Demirel University

Ana Başlıklar:

Kimya mühendisliği

Dergi:

Süleyman Demirel University Faculty of Arts and Science Journal of Science 2019 Vol.14 Issue 1, pp.150-154

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

5/2019

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000582626

Sıklık:

İki Yıllık

eISSN:

1306-7575

DOI:

https://doi.org/10.29233/sdufeffd.544174

Özet:

 

In
this study, molecular docking studies were applied to three azo dyes,
2-[(3,5-diamino-1H-pyrazol-4-yl)diazenyl]-5-nitrobenzoic acid (A),
2-[(3,5-dimethyl-1H-pyrazol-4-yl)diazenyl]-5-nitrobenzoic acid (B) and
2-[(5-amino-3-methyl-1H-pyrazol-4-yl)diazenyl]-5-nitrobenzoic acid (C), which
synthesized in our previous studies, to investigate their potential
antibacterial properties. Modelling was performed on SwissDock web server using
EADock DSS algorithm. Docking simulations of ligands (A, B and C) were
performed into the E. coli beta-ketoacyl-acyl
carrier protein synthase III (KAS III) active site to determine the probable
binding conformations and inhibitory effects. Docking results were also
compared with triclosan used as a commercial antibacterial agent and it was
found that compound B had the best antibacterial property.

 


Bu
çalışmada, önceki çalışmalarımızda sentezlediğimiz  üç azo boyarmaddenin, 2 -
[(3,5-diamino-1H-pirazol-4-il)diazenil]-5-nitrobenzoik asit (A),
2-[(3,5)-dimetil-1H-pirazol-4-il) diazenil]-5-nitrobenzoik asit (B) ve
2-[(5-amino-3-metil-1H-pirazol-4-il) diazenil]-5-nitrobenzoik asit (C),
potansiyel antibakteriyel özelliklerini araştırmak için moleküler doking
çalışmaları yapıldı. Modelleme,
SwissDock web sunucusunda EADock DSS algoritması kullanılarak gerçekleştirildi. Olası
bağlanma konformasyonları ve inhibe edici etkileri belirlemek için E. coli beta-ketoaçil-açil taşıyıcı
protein sentaz III (KAS III) aktif bölgesine ligandların (A, B ve C) bağlanma
simülasyonları yapıldı.
Doking sonuçları ayrıca ticari bir antibakteriyel madde olarak
kullanılan triklosan ile karşılaştırıldı ve B bileşiğinin en iyi antibakteriyel
özelliğe sahip olduğu bulundu.


.

Makale detayları

Investigation of Potential Antibacterial Properties of Some Azo Compounds by Molecular Docking Method

Yazarlar: Çiğdem KARABACAK ATAY | Tahir TİLKİ | Bülent DEDE

Yayıncı: Süleyman Demirel University

Ana Başlıklar: Kimya mühendisliği

Dergi: Süleyman Demirel University Faculty of Arts and Science Journal of Science 2019 Vol.14 Issue 1, pp.150-154

Belge Tipi: Makale

Yayın Tarihi: 5/2019

Belge Dili: İngilizce

Document ID (Org No.): 2000582626

Sıklık: İki Yıllık

eISSN: 1306-7575

DOI: https://doi.org/10.29233/sdufeffd.544174

Sayı

Yazarlar:

Çiğdem KARABACAK ATAY | Tahir TİLKİ | Bülent DEDE

Yayıncı:

Süleyman Demirel University

Ana Başlıklar:

Kimya mühendisliği

Dergi:

Süleyman Demirel University Faculty of Arts and Science Journal of Science 2019 Vol.14 Issue 1, pp.150-154

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

5/2019

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000582626

Sıklık:

İki Yıllık

eISSN:

1306-7575

DOI:

https://doi.org/10.29233/sdufeffd.544174