The association of 16SrVI and 16SrI phytoplasma groups with carrot seeds and weeds in Ankara and Konya provinces in Turkey

Filiz RANDA ZELYÜT; Filiz ERTUNÇ; Derya ŞENAL

doi:https://doi.org/10.16955/bitkorb.1014427

Makale detayları

The association of 16SrVI and 16SrI phytoplasma groups with carrot seeds and weeds in Ankara and Konya provinces in Turkey

Yazarlar:

Filiz RANDA ZELYÜT | Filiz ERTUNÇ | Derya ŞENAL

Yayıncı:

Zirai Mücadele Merkez Araştırma Enstitüsü

Dergi:

Plant Protection Bulletin 2022 Vol.62 Issue 1, pp.24-33

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

3/2022

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000913385

Sıklık:

Üç Aylık

eISSN:

1308-8122

pISSN:

0406-3597

DOI:

https://doi.org/10.16955/bitkorb.1014427

Anahtar kelimeler:

Özet:

 

The inoculum sources of phytoplasmas associated with carrot severe yellowing and reddening symptoms were investigated in Ankara and Konya provinces, Turkey. The presence of 16SrVI and 16SrI-related phytoplasmas in the seeds of seven carrot cultivars that are widely cultivated in the regions, as well as in weeds in the fields, was determined in this study. Sequence analysis was confirmed existing phytoplasma groups in samples were determined by using conventional molecular methods (nested-PCR) and the obtained results were supported by phylogenetic studies. In addition, the obtained nucleotide sequences were compared with the reference phytoplasma sequences by in silico PCR-RFLP analysis. Daucus carota wild, Medicago sativa, Conium maculatum, and Sinapis arvensis weeds were infected with the 16SrVI (Clover proliferation) phytoplasma group. In addition, 16SrVI and 16SrI (Aster yellows) phytoplasma groups were identified in seedlings germinated from seeds of seven carrot cultivars: one was a local red carrot cultivar and six were commercially produced cultivars. To our knowledge, this was the first report of carrot seeds infected with the 16SrVI group and the presence of the 16SrVI group in S. arvensis, C. maculatum, and D. carota wild.

 

Havuçta şiddetli sararma ve kızarıklık belirtileri ile ilişkili fitoplazma inokulum kaynakları Ankara ve Konya illerinde araştırılmıştır. Bu çalışma kapsamında bölgelerde yoğun olarak ekimi yapılan yedi havuç çeşidinin tohumlarında ve tarlalarda yer alan yabancı otlarda 16SrVI ve 16SrI ilişkili fitoplazmaların varlığı tespit edilmiştir. Konvansiyonel moleküler yöntemler (nested-PCR) kullanılarak dizi analizleri ile fitoplazma gruplarının varlığı doğrulanmış ve filogenetik analizler ile desteklenmiştir. Ayrıca elde edilen nükleotid dizileri, in silico PCR-RFLP analizi ile referans fitoplazma dizileri ile karşılaştırılmıştır. Daucus carota wild, Medicago sativa, Conium maculatum ve Sinapis arvensis yabancı otlarında 16SrVI (Clover proliferation) fitoplazma grubu ile enfeksiyon belirlenmiştir. Ayrıca yedi havuç çeşidinin tohumlarından çimlenen fidelerde 16SrVI ve 16SrI (Aster yellows) fitoplazma grupları tespit edilmiştir: Biri yerel kırmızı havuç çeşidi ve altısı ticari olarak üretilmiş çeşitlerdir. Bilgilerimize göre elde edilen bulgular; 16SrVI grubu ile enfekte olmuş havuç tohumlarının ve S. arvensis, C. maculatum ve D. carota wild'da 16SrVI grubunun varlığının ilk raporudur.

Makale detayları

The association of 16SrVI and 16SrI phytoplasma groups with carrot seeds and weeds in Ankara and Konya provinces in Turkey

Yazarlar:

Filiz RANDA ZELYÜT | Filiz ERTUNÇ | Derya ŞENAL

Yayıncı:

Zirai Mücadele Merkez Araştırma Enstitüsü

Dergi:

Plant Protection Bulletin 2022 Vol.62 Issue 1, pp.24-33

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

3/2022

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000913385

Sıklık:

Üç Aylık

eISSN:

1308-8122

pISSN:

0406-3597

DOI:

https://doi.org/10.16955/bitkorb.1014427

fitoplazma

fide

yabancı ot

Nested-PCR

in silico analiz

filogenetik

Sayı

Makale detayları

The association of 16SrVI and 16SrI phytoplasma groups with carrot seeds and weeds in Ankara and Konya provinces in Turkey

Yazarlar: Filiz RANDA ZELYÜT | Filiz ERTUNÇ | Derya ŞENAL

Yayıncı: Zirai Mücadele Merkez Araştırma Enstitüsü

Dergi: Plant Protection Bulletin 2022 Vol.62 Issue 1, pp.24-33

Belge Tipi: Makale

Yayın Tarihi: 3/2022

Belge Dili: İngilizce

Document ID (Org No.): 2000913385

Sıklık: Üç Aylık

eISSN: 1308-8122

pISSN: 0406-3597

DOI: https://doi.org/10.16955/bitkorb.1014427

fitoplazma

fide

yabancı ot

Nested-PCR

in silico analiz

filogenetik

Sayı

Yazarlar:

Filiz RANDA ZELYÜT | Filiz ERTUNÇ | Derya ŞENAL

Yayıncı:

Zirai Mücadele Merkez Araştırma Enstitüsü

Dergi:

Plant Protection Bulletin 2022 Vol.62 Issue 1, pp.24-33

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

3/2022

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000913385

Sıklık:

Üç Aylık

eISSN:

1308-8122

pISSN:

0406-3597

DOI:

https://doi.org/10.16955/bitkorb.1014427