Molecular Structure And Docking Analysis Of The Integrin Inhibitor Cyclo (Arg-Gly-Asp-D-Phe-Val) Peptide

Sefa ÇELİK; A. Demet DEMİRAG; Hira CİVELEK; Ayşen ÖZEL; Sevim AKYÜZ

Makale detayları

Molecular Structure And Docking Analysis Of The Integrin Inhibitor Cyclo (Arg-Gly-Asp-D-Phe-Val) Peptide

Yazarlar:

Sefa ÇELİK | A. Demet DEMİRAG | Hira CİVELEK | Ayşen ÖZEL | Sevim AKYÜZ

Yayıncı:

Mustafa CAN

Ana Başlıklar:

Uygulamalı fizik

Dergi:

Open Journal of Nano 2021 Vol.6 Issue 2, pp.1-6

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

12/2021

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000539823

Sıklık:

İki Yıllık

eISSN:

2147-0081

Özet:

 

All possible conformations of Cyclo (Arg-Gly-Asp-D-Phe-Val) (C26H38N8O7) with antitumor activity were determined and the most stable conformer elucidated by MMFF method using the Spartan06 program. The differences in energy between the conformers were determined, and the low energy conformers, which are required for determination of the  biological activity, were characterized. Since as an anticancer candidate, the investigated molecule is expected to be an integrin inhibitor, a molecular docking study was conducted with αvβ3 integrin to determine the mechanism of interaction. As a result of docking simulations, the binding affinity ( ΔG = -10.5 kcal/mol) and the interactions between the investigated peptide and target integrin were determined.

 

Antitümör aktiviteye sahip Cyclo (Arg-Gly-Asp-D-Phe-Val) (C26H38N8O7) peptidinin tüm olası konformasyonları Spartan06 programı ve MMFF yöntemi ile hesaplanmış ve en kararlı konformer belirlenmiştir. Konformerler arasındaki enerji farklılıkları belirlenmiş, biyolojik aktivitenin belirlenmesi için gerekli olan düşük enerjili konformerler karakterize edilmiştir. Bir antikanser adayı olarak incelenen molekülün integrin inhibitörü olması beklendiğinden, etkileşim mekanizmasını belirlemek için αvβ3 integrini ile moleküler kenetlenme çalışması yapılmıştır. Kenetlenme simülasyonları sonucunda bağlanma afinitesi ( ΔG = -10.5 kcal/mol) ve incelenen peptit ile hedef integrin arasındaki etkileşimler belirlenmiştir.

Makale detayları

Molecular Structure And Docking Analysis Of The Integrin Inhibitor Cyclo (Arg-Gly-Asp-D-Phe-Val) Peptide

Yazarlar: Sefa ÇELİK | A. Demet DEMİRAG | Hira CİVELEK | Ayşen ÖZEL | Sevim AKYÜZ

Yayıncı: Mustafa CAN

Ana Başlıklar: Uygulamalı fizik

Dergi: Open Journal of Nano 2021 Vol.6 Issue 2, pp.1-6

Belge Tipi: Makale

Yayın Tarihi: 12/2021

Belge Dili: İngilizce

Document ID (Org No.): 2000539823

Sıklık: İki Yıllık

eISSN: 2147-0081

Sayı

Yazarlar:

Sefa ÇELİK | A. Demet DEMİRAG | Hira CİVELEK | Ayşen ÖZEL | Sevim AKYÜZ

Yayıncı:

Mustafa CAN

Ana Başlıklar:

Uygulamalı fizik

Dergi:

Open Journal of Nano 2021 Vol.6 Issue 2, pp.1-6

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

12/2021

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000539823

Sıklık:

İki Yıllık

eISSN:

2147-0081