Awa Sppi Nehri’nden (Süleymaniye-Irak) İzole Edilen Acidithiobacillus Cinsi  Bakterilerin Ektraselüler Hidrolitik Enzim Üretme Kabiliyetlerinin Belirlenmesi ve 16S rDNA Analizi

Kerem ÖZDEMİR; Ghalib Abdalla SHAREF; Metin ERTAŞ

Makale detayları

Awa Sppi Nehri’nden (Süleymaniye-Irak) İzole Edilen Acidithiobacillus Cinsi Bakterilerin Ektraselüler Hidrolitik Enzim Üretme Kabiliyetlerinin Belirlenmesi ve 16S rDNA Analizi

Yazarlar:

Kerem ÖZDEMİR | Ghalib Abdalla SHAREF | Metin ERTAŞ

Yayıncı:

ABADER (Adıyaman Bilimsel Araştırmalar Derneği)

Ana Başlıklar:

Yaşam bilimleri

Dergi:

Commagene Journal of Biology 2018 Vol.2 Issue 1, pp.17-20

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

6/2018

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2000535014

Sıklık:

İki Yıllık

eISSN:

2602-456X

Özet:

 

In this study, the 16S rDNA gene regions’ phylogenetic positions based on the sequence analysis were determined by examining some hydrolytic extracellular enzyme activities of the Acidithiobacillus bacteria isolated from the water and mud samples obtained from the Awasspi River in Sulaymaniyah province, northern Iraq and from the Darzilais sulphur cave in Sangaw district. While the catalase activity of the isolates was positive; lipase, protease, xylanase, and amylase activities were found to be negative. Genomic DNAs of the isolates were isolated and 16S rDNA gene region was realized with PCR amplification. To determine the distance between the species, Maximum Likelihood algorithm was used to form a phylogenetic tree. It was observed that gene strands belonging to Acidithiobacillus species acquired from NCBI and 2 isolates we used in our study clustered with a strong homology and their genetic positions were revealed. .

 

Bu araştırmada, Kuzey Irak'ın Süleymaniye şehrinde bulunan Awasppi nehrinden ve Sangaw'daki Darzilais sülfür
kaynaklı mağaradan alınan su ve çamur örneklerinden izole edilen Acidithiobacillus bakterilerinin bazı hidrolitik ektraselüler
enzim aktiviteleri incelenerek, 16S rDNA gen bölgelerinin sekans analizi temeline dayalı filogenetik pozisyonları belirlenmiştir.
İzolatların katalaz aktivitesi pozitif iken, lipaz, proteaz, ksilanaz ve amilaz aktivitesi negatif olarak belirlenmiştir.
İzolatların Genomik DNA’ları izole edilerek 16S rDNA gen bölgesi PZR amplifikasyonu ile gerçekleştirilmiştir. Türler
arasındaki uzaklığı belirlemek için Maximum Likelihood algoritması kullanılarak oluşturulan filogenetik ağaç NCBI’dan elde
edilmiş Acidithiobacillus türlerine ait gen dizileri ve çalışmamızda kullandığımız 2 izolat güçlü bir homoloji ile kümelendiği
gözlemlenerek genetik pozisyonları ortaya konmuştur. Karşılaştırmalı 16S rDNA gen dizisi analizi sonucunda, G1 izolatının
Acidithiobacillus thiooxidans’a % 99 benzerlik gösterdiği ve G2 izolatının Acidithiobacillus ferrooxidans’a % 99 benzerlik gösterdiği
belirlenmiştir.

Makale detayları

Awa Sppi Nehri’nden (Süleymaniye-Irak) İzole Edilen Acidithiobacillus Cinsi Bakterilerin Ektraselüler Hidrolitik Enzim Üretme Kabiliyetlerinin Belirlenmesi ve 16S rDNA Analizi

Yazarlar: Kerem ÖZDEMİR | Ghalib Abdalla SHAREF | Metin ERTAŞ

Yayıncı: ABADER (Adıyaman Bilimsel Araştırmalar Derneği)

Ana Başlıklar: Yaşam bilimleri

Dergi: Commagene Journal of Biology 2018 Vol.2 Issue 1, pp.17-20

Belge Tipi: Makale

Yayın Tarihi: 6/2018

Belge Dili: Türkçe

Document ID (Org No.): 2000535014

Sıklık: İki Yıllık

eISSN: 2602-456X

Sayı

Yazarlar:

Kerem ÖZDEMİR | Ghalib Abdalla SHAREF | Metin ERTAŞ

Yayıncı:

ABADER (Adıyaman Bilimsel Araştırmalar Derneği)

Ana Başlıklar:

Yaşam bilimleri

Dergi:

Commagene Journal of Biology 2018 Vol.2 Issue 1, pp.17-20

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

6/2018

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2000535014

Sıklık:

İki Yıllık

eISSN:

2602-456X