Çanakkale İli Ispanak Üretim Alanlarında Pancar Nekrotik Sarı Damar Virüsü (Beet Necrotic Yellow Vein Virus; BNYVV)’nün Tespiti ve Moleküler Karakterizasyonu

Zeynep BAĞLAN; Savaş KORKMAZ

Makale detayları

Çanakkale İli Ispanak Üretim Alanlarında Pancar Nekrotik Sarı Damar Virüsü (Beet Necrotic Yellow Vein Virus; BNYVV)’nün Tespiti ve Moleküler Karakterizasyonu

Yazarlar:

Zeynep BAĞLAN | Savaş KORKMAZ

Yayıncı:

Çanakkale Onsekiz Mart University

Ana Başlıklar:

Astronomi ve ilgili bilimler

Dergi:

Çanakkale Onsekiz Mart University Journal of Graduate School of Natural and Applied Sciences 2019 Vol.5 Issue 2, pp.278-292

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

12/2019

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2000488544

Sıklık:

Aylık

eISSN:

2757-5195

Özet:

 


Spinach is an important winter vegetable and
it is produced in all regions in Turkey. There are many diseases affecting the
yield and quality in its production. Viruses have an important role among them.
One of these virus diseases is Beet necrotic yellow vein virus (BNYVV), called
Rhizomania disease. The presence of BNYVV in the spinach plant was determined
by serological methods in Turkey, but no studies were conducted at the
molecular level. For this purpose, field studies were carried out in 2017-2018
in order to determine the presence of BNYVV in the fields of spinach
cultivation at the level of Çanakkale province and its districts. In these
field studies, 66 samples were collected from spinach plants showing typical
virus symptoms. The presence of BNYVV in the samples was determined by
DAS-ELISA test, a method based on virus protein. According to the DAS-ELISA
test, 12 out of 66 samples were infected with BNYVV. One of the infected
samples was selected (CNKSpinach39) and the coat protein gene (CP) was
amplified by RT-PCR. Its RT-PCR product was purified and sequenced. The amino
acid (aa) sequences of this isolate was deduced based on its nt sequence. These
nt and aa sequences were compared with the related sequences of the world BNYVV
isolates and their similarities and phylogenetic relationships were determined.
As a result of multiple sequence comparisons based on nt and aa, it was
determined that CNKSpinach39 isolates showed similarities with 95-99% of the
world isolates. As a result of the phylogenetic analysis, it was determined
that the isolate CNKSpinach39 was found in the B pathotype. In this study, the
first BNYVV B pathotype was found in spinach in our country. 


.

 


Ispanak önemli bir kışlık sebze olup ülkemizin her bölgesinde
üretimi yapılmaktadır. Ispanak üretiminde verim ve kaliteyi etkileyen birçok
hastalık etmeni vardır ve bunlar içerisinden virüsler önemli bir yer
tutmaktadır. Bu virüs hastalıklarından bir tanesi “Rhizomonia” olarak ta
adlandırılan Pancar nekrotik sarı damar virüsü (Beet necrotic yellow vein virus;
BNYVV)’dür. BNYVV’nin ülkemizde ıspanak bitkisinde varlığı serolojik
yöntemlerle belirlenmiş ancak moleküler düzeyde bir çalışma yapılmamıştır. Bu
amaçla Çanakkale’de il ve ilçe düzeyinde ıspanak yetiştiriciliği yapılan
alanlara BNYVV’nin varlığını belirlemek ve tanısını yapmak amacı ile 2017-2018
üretim yılında bir arazi çalışması gerçekleştirilmiştir. Bu arazi çalışması
kapsamında tipik virüs simptomları gösteren ıspanak bitkilerinden 66 örnek
alınmıştır. Alınan örneklerdeki BNYVV varlığı virüs proteinine dayalı bir
yöntem olan DAS-ELISA testi ile belirlenmiştir. DAS-ELISA testi sonuçlarına
göre 66 örneğin 12’si BNYVV ile enfekteli bulunmuştur. Enfekteli bulunan
örnekler içerisinden bir tanesi seçilerek (CNKSpinach39) örtü protein geni
(coat protein; CP) RT-PCR ile çoğaltılmıştır. CP geni çoğaltılan izolatın
RT-PCR ürünleri saflaştırılmış ve nükleotid dizileri belirlenmiştir. Elde
edilen nükleotit (nt) dizileri kullanılarak seçilen izolata ait CP geninin
amino asit (aa) dizileri çıkarılmıştır. Bu nükleotid ve amino asit dizileri
dünya BNYVV izolatlarının CP genlerinin nükleotid ve amino asit dizileri ile
karşılaştırılarak, göstermiş oldukları benzerlik oranları ve filogenetik
ilişkileri saptanmıştır. Gerçekleştirilen çoklu nt ve aa temelli dizi
karşılaştırmaları sonucunda CNKSpinach39 izolatının dünya izolatları ile %95-99
oranında benzerlikler gösterdiği belirlenmiştir. Gerçekleştirilen filogenetik
analizler sonucunda ise CNKSpinach39 izolatının B patotipinde yer aldığı tespit
edilmiştir. Bu çalışma ile ülkemizde ıspanakta ilk defa BNYVV’nin B patotipi
bulunmuştur. 


.

Makale detayları

Çanakkale İli Ispanak Üretim Alanlarında Pancar Nekrotik Sarı Damar Virüsü (Beet Necrotic Yellow Vein Virus; BNYVV)’nün Tespiti ve Moleküler Karakterizasyonu

Yazarlar: Zeynep BAĞLAN | Savaş KORKMAZ

Yayıncı: Çanakkale Onsekiz Mart University

Ana Başlıklar: Astronomi ve ilgili bilimler

Dergi: Çanakkale Onsekiz Mart University Journal of Graduate School of Natural and Applied Sciences 2019 Vol.5 Issue 2, pp.278-292

Belge Tipi: Makale

Yayın Tarihi: 12/2019

Belge Dili: Türkçe

Document ID (Org No.): 2000488544

Sıklık: Aylık

eISSN: 2757-5195

Sayı

Yazarlar:

Zeynep BAĞLAN | Savaş KORKMAZ

Yayıncı:

Çanakkale Onsekiz Mart University

Ana Başlıklar:

Astronomi ve ilgili bilimler

Dergi:

Çanakkale Onsekiz Mart University Journal of Graduate School of Natural and Applied Sciences 2019 Vol.5 Issue 2, pp.278-292

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

12/2019

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2000488544

Sıklık:

Aylık

eISSN:

2757-5195