Molecular Characterization and Whole Genome Analysis of Infectious Pancreatic Necrosis Virus (IPNV) Isolates Obtained From Turkey

Hakan IŞIDAN; Turhan TURAN; Mustafa Ozan ATASOY

Makale detayları

Molecular Characterization and Whole Genome Analysis of Infectious Pancreatic Necrosis Virus (IPNV) Isolates Obtained From Turkey

Yazarlar:

Hakan IŞIDAN | Turhan TURAN | Mustafa Ozan ATASOY

Ana Başlıklar:

Hayvancılık

Dergi:

Turkish Veterinary Journal 2019 Vol.1 Issue 1, pp.1-9

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

4/2019

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000784966

Anahtar kelimeler:

Özet:

 


Since the first recognition in North America, 1941, Infectious Pancreatic Necrosis Virus (IPNV) have been detected in many countries including Turkey, as a result of international trade. Sicnificant economic loss primarily occurs in fishes less than six months age. The causative agent belongs to the genus Aquabirnavirus of the family Birnaviridae and is a non-enveloped virus with a 60 nm icosahedral structure and a bi-segmented double stranded RNA genome. Segment A which codes VP2, VP3, VP4 and VP5 while segment B encodes VP1, an RNA-dependent RNA polymerase. The objective of this study was to investigate whole genome properties of IPNV isolated from six different regions of Turkey (Duzce, Sanliurfa, Tokat, K. Maras, Trabzon and Gaziantep) between 2004 and 2013. Phylogenetic analysis of whole genomic data showed that six isolates were clustered with genogroup 5, and group 1, based on segment A and Segment B data, respectively. Moreover, several substitutions in VP2 hypervariable region associates with low virulence and point mutations in the VP5 coding sequence were detected. This research may provide valuable information on the characterization of IPNV isolates circulating different geographical area of Turkey.

.

 


İnfeksiyöz Pankreatik Nekrozis Virusu (IPNV), Kuzey Amerika’da 1941 yılındaki ilk tespitinden bu yana uluslararası ticaretin bir sonucu olarak Türkiye de dahil olmak üzere birçok ülkede saptanmıştır. Kayda değer ekonomik kayıplar özellikle altı aylık yaştan küçük balıkların enfekte olmasıyla ortaya çıkmaktadır. Enfeksiyonu oluşturan ajan Birnaviridae ailesi içerisinde yer alan Aquabirnavirus genusuna yer almakta olup 60 nm çapında, ikozahedral simetrili, zarfsız kapside ve iki segmentli ve iki iplikli RNA genoma sahiptir. Segment A VP2, VP3, VP4 ve VP5 proteinlerini, segment B ise bir RNA-bağımlı RNA polimeraz enzimi olan VP1’i kodlamaktadır. Bu çalışmada altı farklı ilden 2004-2013 yılları arasında Türkiye’de toplam altı ilden (Düzce, Şanlıurfa, Tokat, K. Maraş, Trabzon ve Gaziantep) elde edilen IPNV izolatlarının tam genom dizililiminin saptanarak moleküler karakterizasyonunun yapılması amaçlanmıştır. Tam genomik verilerin filogenetik analizi seçilen altı izolatın segment A’ya göre genogrup 5’e, segment B’ye göre grup 1’e dâhil olduğunu ortaya çıkarmıştır. Ayrıca VP2 geninin çok değişken bölgesi üzerinde düşük virülense işaret eden mutasyonlar ve VP5 geni üzerinde nonsense nokta mutasyonlar saptanmıştır. Bu çalışmanın Türkiye’de farklı coğrafik alanlarında sirküle olan IPNV izolatlarının nitelendirilmesine yönelik önemli katkı sağlayabileceği düşünülmektedir.

.

Makale detayları

Molecular Characterization and Whole Genome Analysis of Infectious Pancreatic Necrosis Virus (IPNV) Isolates Obtained From Turkey

Yazarlar:

Hakan IŞIDAN | Turhan TURAN | Mustafa Ozan ATASOY

Ana Başlıklar:

Hayvancılık

Dergi:

Turkish Veterinary Journal 2019 Vol.1 Issue 1, pp.1-9

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

4/2019

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000784966

infeksiyöz pankreatik nekrozis virusu

sekans analizi

filogenetik analiz

moleküler karakterizasyon

tam genom

Sayı

Makale detayları

Molecular Characterization and Whole Genome Analysis of Infectious Pancreatic Necrosis Virus (IPNV) Isolates Obtained From Turkey

Yazarlar: Hakan IŞIDAN | Turhan TURAN | Mustafa Ozan ATASOY

Ana Başlıklar: Hayvancılık

Dergi: Turkish Veterinary Journal 2019 Vol.1 Issue 1, pp.1-9

Belge Tipi: Makale

Yayın Tarihi: 4/2019

Belge Dili: İngilizce

Document ID (Org No.): 2000784966

infeksiyöz pankreatik nekrozis virusu

sekans analizi

filogenetik analiz

moleküler karakterizasyon

tam genom

Sayı

Yazarlar:

Hakan IŞIDAN | Turhan TURAN | Mustafa Ozan ATASOY

Ana Başlıklar:

Hayvancılık

Dergi:

Turkish Veterinary Journal 2019 Vol.1 Issue 1, pp.1-9

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

4/2019

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000784966