Mikrobiyotada 16S rRNA ve Basit Biyoinformatik Analizler

Muhammed Kamil TURAN; Özlem Cesur GÜNAY; Seyit Ali KAYIŞ; Mustafa ÇÖRTÜK

Makale detayları

Mikrobiyotada 16S rRNA ve Basit Biyoinformatik Analizler

Yazarlar:

Muhammed Kamil TURAN | Özlem Cesur GÜNAY | Seyit Ali KAYIŞ | Mustafa ÇÖRTÜK

Yayıncı:

Deneysel, Biyoteknolojik, Klinik ve Stratejik Sağlık Araştırmaları Derneği

Ana Başlıklar:

Sağlık teşvikleri

Dergi:

Journal of Biotechnology and Strategic Health Research 2018 Vol.2 Issue 1, pp.23-34

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

4/2018

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2000494470

Sıklık:

Üç Yıllık

eISSN:

2587-1641

Özet:

 




	
	
	
	İnsan genomunun keşfinden sonra
yeni bir çağa giren biyoloji bilimi, barsak florasında ki
bakterileri çok önceden bildiği halde floranın önemini henüz
anlamlandırmaya başlamıştır. Barsak florasının genom yükü,
insan genomundan kat ve kat fazladır. Bu flora günümüzde
mikrobiyota olarak tanımlanır. Geleneksel kültür metotları ile
analizinin neredeyse imkansız olduğu mikrobiyota, 16S rRNA
genlerinin yüksek oranda değişken bölgelerinin dizilenmesi ve
dizileme sonuçlarının biyoinformatik analizi ile rahat bir şekilde
çalışılabilir hal almıştır. Ancak hala dizi boyları
değişkenliği, yüksek oranda değişken bölgelerin başlangıç
ve bitiş sahaları, dizileme sonucu elde edilen  markerlar ile
mikroorganizmaların eşleştirilmesi gibi çözüm bekleyen önemli
bazı biyoinformatik sorunlar mevcuttur. Bu çalışmada, belirtilen
sorunlara çözüm sunabilme amacıyla açık kaynak kodlu bir python
çatısı geliştirilmiş ve bu çatının çıktılarının
yorumlanması üzerinde durulmuştur. Geliştirilen yazılımı için
gerekli olan 16S rRNA gen dizilerine Greengenes veritabanı
kullanılarak erişim sağlanmıştır.  Cins bazında tiplendirmenin
oldukça zor olduğu  Clostridium’lar hedeflenmiş ve geliştirilen
python çatısı ile basit biyoinformatik analizler yapılmış,
korunmuş diziler ortaya konarak olası primer aday bölgeleri
saptanmaya çalışılmıştır. İlave olarak, araştırmacılara
hedefledikleri mikroorganizmalar için genel primerler yerine
çalışmaya özel primerleri geliştirebilmek için bir araç
sunularak bu konuda geliştirilecek biyoinformatik araçlara öncülük
etmek amaçlanmıştır. Genel olarak, bu çalışmanın mikrobiyota
konusunda çalışmaya yeni başlayan araştırma gruplarına
klavuzluk yapacak nitelikte olabilmesi amaçlanmıştır.   





.

Makale detayları

Mikrobiyotada 16S rRNA ve Basit Biyoinformatik Analizler

Yazarlar: Muhammed Kamil TURAN | Özlem Cesur GÜNAY | Seyit Ali KAYIŞ | Mustafa ÇÖRTÜK

Yayıncı: Deneysel, Biyoteknolojik, Klinik ve Stratejik Sağlık Araştırmaları Derneği

Ana Başlıklar: Sağlık teşvikleri

Dergi: Journal of Biotechnology and Strategic Health Research 2018 Vol.2 Issue 1, pp.23-34

Belge Tipi: Makale

Yayın Tarihi: 4/2018

Belge Dili: Türkçe

Document ID (Org No.): 2000494470

Sıklık: Üç Yıllık

eISSN: 2587-1641

Sayı

Yazarlar:

Muhammed Kamil TURAN | Özlem Cesur GÜNAY | Seyit Ali KAYIŞ | Mustafa ÇÖRTÜK

Yayıncı:

Deneysel, Biyoteknolojik, Klinik ve Stratejik Sağlık Araştırmaları Derneği

Ana Başlıklar:

Sağlık teşvikleri

Dergi:

Journal of Biotechnology and Strategic Health Research 2018 Vol.2 Issue 1, pp.23-34

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

4/2018

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2000494470

Sıklık:

Üç Yıllık

eISSN:

2587-1641