Antimikrobiyal ve Antikanser Aktiviteye Sahip Cyclo(Trp-Trp) Dipeptidinin 3-Boyutlu Moleküler Yapısı

Sefa ÇELİK; Sevim AKYÜZ; Ayşen ÖZEL

Makale detayları

Antimikrobiyal ve Antikanser Aktiviteye Sahip Cyclo(Trp-Trp) Dipeptidinin 3-Boyutlu Moleküler Yapısı

Yazarlar:

Sefa ÇELİK | Sevim AKYÜZ | Ayşen ÖZEL

Yayıncı:

Van Yuzuncu Yıl University

Dergi:

Yuzuncu Yil University Journal of the Institute of Natural and Applied Sciences 2021 Vol.26 Issue 2, pp.80-87

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

8/2021

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2000756642

Sıklık:

Üç Yıllık

eISSN:

2667-467X

pISSN:

1300-5413

Anahtar kelimeler:

Özet:

 

The lowest energy molecular geometry of the Cyclo(Trp-Trp) dipeptide (C₂₂H₂₀N₄O₂), which has important biological activities such as antimicrobial and anticancer, was determined by Density Functional Theory calculations made following theoretical conformation analysis calculation. First, the most probable molecular geometries of the dipeptide were determined with the contribution of Ramachandran maps and sidechain dihedral angles (χ), and the dihedral angles belonging to the eight conformations with the lowest energy were tabulated in comparison with before and after conformation analysis. The total energy of these conformation and van der Waals, electrostatic, hydrogen and torsion energy values contributing to this total energy were calculated. Among these eight conformations, the lowest energy conformer was introduced as the starting data to the Gaussian03 program and optimized at DFT/B3LYP/6-31++G(d,p) level of theory. In addition, the changes in dihedral angles were determined by comparing the lowest energy conformer found as a result of theoretical conformation analysis and optimized molecular geometry.

 

Antimikrobiyal ve antikanser gibi önemli biyolojik aktivitelere sahip olan Cyclo(Trp-Trp) dipeptidinin (C₂₂H₂₀N₄O₂) en düşük enerjili moleküler geometrisi, teorik konformasyon analizi hesabını takiben yapılan Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisi hesaplamalarıyla belirlenmiştir. İlk olarak Ramachandran haritaları ve yan zincir dihedral açıları (χ) katkısıyla yapılan konformasyon analizi ile dipeptide ait en olası moleküler geometriler belirlenmiş, bunlar içerisinden en düşük enerjili sekiz konformasyona ait dihedral açılar konformasyon analizi öncesi ve sonrası olmak üzere karşılaştırmalı olarak verilmiştir. Bu konformasyonlara ait toplam enerji ve toplam enerjiye katkı veren van der Waals, elektrostatik, hidrojen ve torsiyon enerjileri hesaplanmıştır. Bu sekiz konformasyon içerisinden en düşük enerjili konformer, Gaussian03 programına başlangıç verisi olarak tanıtılmış ve DFT/B3LYP/6-31++G(d,p) teori seviyesinde optimize edilmiştir. Ayrıca teorik konformasyon analizi sonucunda bulunan en düşük enerjili konformer ile optimize moleküler geometri karşılaştırmalı olarak verilerek dihedral açılardaki değişimler belirlenmiştir.

Makale detayları

Antimikrobiyal ve Antikanser Aktiviteye Sahip Cyclo(Trp-Trp) Dipeptidinin 3-Boyutlu Moleküler Yapısı

Yazarlar:

Sefa ÇELİK | Sevim AKYÜZ | Ayşen ÖZEL

Yayıncı:

Van Yuzuncu Yıl University

Dergi:

Yuzuncu Yil University Journal of the Institute of Natural and Applied Sciences 2021 Vol.26 Issue 2, pp.80-87

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

8/2021

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2000756642

Sıklık:

Üç Yıllık

eISSN:

2667-467X

pISSN:

1300-5413

Cyclo(Trp-Trp)

Konformasyon Analizi

Moleküler Modelleme

Triptofan

Sayı

Makale detayları

Antimikrobiyal ve Antikanser Aktiviteye Sahip Cyclo(Trp-Trp) Dipeptidinin 3-Boyutlu Moleküler Yapısı

Yazarlar: Sefa ÇELİK | Sevim AKYÜZ | Ayşen ÖZEL

Yayıncı: Van Yuzuncu Yıl University

Dergi: Yuzuncu Yil University Journal of the Institute of Natural and Applied Sciences 2021 Vol.26 Issue 2, pp.80-87

Belge Tipi: Makale

Yayın Tarihi: 8/2021

Belge Dili: Türkçe

Document ID (Org No.): 2000756642

Sıklık: Üç Yıllık

eISSN: 2667-467X

pISSN: 1300-5413

Cyclo(Trp-Trp)

Konformasyon Analizi

Moleküler Modelleme

Triptofan

Sayı

Yazarlar:

Sefa ÇELİK | Sevim AKYÜZ | Ayşen ÖZEL

Yayıncı:

Van Yuzuncu Yıl University

Dergi:

Yuzuncu Yil University Journal of the Institute of Natural and Applied Sciences 2021 Vol.26 Issue 2, pp.80-87

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

8/2021

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2000756642

Sıklık:

Üç Yıllık

eISSN:

2667-467X

pISSN:

1300-5413