Şanlıurfa Yöresi Akkaraman ve İvesi Koyunlarında  Mitokondriyal Sitokrom b (Cyt b) Gen Dizisine Göre Filogenetik Analizler

Selahaddin KİRAZ; Mehmet EKİNCİ; Seyrani KONCAGÜL

Makale detayları

Şanlıurfa Yöresi Akkaraman ve İvesi Koyunlarında Mitokondriyal Sitokrom b (Cyt b) Gen Dizisine Göre Filogenetik Analizler

Yazarlar:

Selahaddin KİRAZ | Mehmet EKİNCİ | Seyrani KONCAGÜL

Yayıncı:

Mevlüt AKÇURA

Dergi:

Turkish Journal of Agricultural and Natural Sciences 2021 Vol.8 Issue 1, pp.179-187

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

1/2021

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2000668904

Sıklık:

Üç Aylık

pISSN:

2148-3647

Özet:

 

In this research, determination of phylogenetic tree of sheep in Şanlıurfa province using molecular techniques was the main goal. White Karaman (AK) and Awassi sheep (IV) breed raised in Şanlıurfa province were used as the animal materials. Fleece samples were collected for genomic DNA isolation in sheep, and genomic DNAs were isolated in all the samples. In DNA samples, necessary forward and reverse primers were designed to amplify mitochondrial Cytochrome b (Cyt b) gene region. Mitochondrial Cyt b gene region were amplified by applying polymerase chain reaction (PCR) technique, and gene sequence information of PCR products were obtained. The rate of G+C, number of polymorphic site (S), number of haplotypes (h), haplotype diversity (Hd), nucleotide diversity (π) and total number of region for all populations were calculated. N-J phylogenetic tree formed in this research using sheep haplotype Cyt b sequences and reference sequences ( for A, B, C, D and E lineage), 6 haplotypes (IV01, AK13, AK09, IV06, AK16, IV05) out of 16 haplotypes were in B lineage,  1 haplotype (IV12)  were in A lineage, 1 haplotype (AK04) were in E lineage, 5 haplotypes (AK12, AK02, IV16, AK01, IV08, and IV03) were in C lineage, and  AK06 and IV13 were in different group. In conclusion, in White Karaman and Awassi sheep, raised in Şanlıurfa province; gene sequences of Cytochrome b gene were determined.

 

Bu çalışmada, Şanlıurfa yöresindeki Akkaraman (AK) ve İvesi (IV) koyunlarının filogenetik yapıları moleküler tekniklerle belirlenmeye çalışılmıştır. Araştırmanın hayvan materyalini, Şanlıurfa ve yöresinde yetiştirilen Akkaraman (AK) ve İvesi (IV) koyunları oluşturmuştur. Koyunlardan genomik DNA izolasyonu için kıl örnekleri toplanmış ve tüm örneklerden genomik DNA izole edilmiştir. Koyun DNA örneklerinde mitokondriyal Sitokrom b (Cyt b) gen bölgelerini çoğaltmak için gerekli ileri ve geri primerler tasarlanmıştır. Koyun Cyt b gen bölgeleri polimeraz zincir reaksiyonu tekniği (PZR) ile çoğaltılmıştır. PZR ürünlerinin gen dizi bilgileri elde edilmiştir. Populasyonlar için toplam bölge sayısı, G+C oranı, polimorfik bölge sayısı (S), haplotip sayısı (h), haplotip farklılığı (Hd) ve nükleotid farklılığı (π) değerleri hesaplanmıştır. Koyun haplotiplere ait Cyt b gen dizileri ile referans diziler (A, B, C, D, ve E soyları) birlikte oluşturulan N-J filogenetik ağaçta, 16 haplotipten, 6’sı B soyunda (IV01, AK13, AK09, IV06, AK16, IV05), 1’i A soyunda (IV12), 1’i E soyunda (AK04) 5’i C soyunda (AK12,  AK02, IV16, AK01, IV08, IV03) yer almış, AK06 ve IV13 farklı kümelenmiştir. Sonuç olarak, Şanlıurfa yöresi Akkaraman ve İvesi koyunları Cyt b gen bölgesi gen dizileri belirlenmiştir.

Makale detayları

Şanlıurfa Yöresi Akkaraman ve İvesi Koyunlarında Mitokondriyal Sitokrom b (Cyt b) Gen Dizisine Göre Filogenetik Analizler

Yazarlar: Selahaddin KİRAZ | Mehmet EKİNCİ | Seyrani KONCAGÜL

Yayıncı: Mevlüt AKÇURA

Dergi: Turkish Journal of Agricultural and Natural Sciences 2021 Vol.8 Issue 1, pp.179-187

Belge Tipi: Makale

Yayın Tarihi: 1/2021

Belge Dili: Türkçe

Document ID (Org No.): 2000668904

Sıklık: Üç Aylık

pISSN: 2148-3647

Sayı

Yazarlar:

Selahaddin KİRAZ | Mehmet EKİNCİ | Seyrani KONCAGÜL

Yayıncı:

Mevlüt AKÇURA

Dergi:

Turkish Journal of Agricultural and Natural Sciences 2021 Vol.8 Issue 1, pp.179-187

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

1/2021

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2000668904

Sıklık:

Üç Aylık

pISSN:

2148-3647