Bamya bitkisinde Şalgam mozaik virüsü (Turnip mosaic virus)’nün tespiti ve moleküler karakterizasyonu

Ali KARANFİL; Savaş KORKMAZ

Makale detayları

Bamya bitkisinde Şalgam mozaik virüsü (Turnip mosaic virus)’nün tespiti ve moleküler karakterizasyonu

Yazarlar:

Ali KARANFİL | Savaş KORKMAZ

Yayıncı:

Zirai Mücadele Merkez Araştırma Enstitüsü

Dergi:

Plant Protection Bulletin 2019 Vol.59 Issue 3, pp.79-87

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

9/2019

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2000913620

Sıklık:

Üç Aylık

eISSN:

1308-8122

pISSN:

0406-3597

Anahtar kelimeler:

Özet:

 


 Turnip mosaic virus (TuMV) has a broad host range and its presence has been detected in many species of vegetables both in the world and Turkey. However, there is no study on the infection of TuMV in okra plant, a summer vegetable belonging to the Malvaceae family, in Turkey. For this purpose, 31 samples of okra showing virus and virus-like symptoms were collected from the okra production areas from İzmir and Manisa provinces in 2017. The collected samples were tested by double antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assay (DAS-ELISA) with the aim of determining the presence of TuMV. The tests revealed that 23 samples (74.2%) were infected with TuMV. Molecular characterization of two TuMV isolates selected from the infected samples was performed. The partial nuclear inclusion b and coat protein genes of the selected isolates were amplified by reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR), cloned and sequenced. The obtained sequences were used to determine similarity rates and phylogenetic relationships with the world isolates. As a result of the multiple sequence comparison, it was determined that TuMV isolates showed 84-88% and 91-94% identities with the world isolates at the level of nucleotide and amino acid, respectively. Moreover, the results of phylogenetic analyses revealed that the okra TuMV isolates were classified into basal-B group. With this study, the presence of TuMV has been identified for the first time in okra production fields of Turkey.




.

 


Şalgam mozaik virüsü (Turnip
mosaic virus, TuMV) geniş konukçu
dizisine sahip olan bir virüs türü olup, gerek dünyada gerekse ülkemizde birçok
sebze türünde saptanmıştır. Bununla birlikte ülkemizde Malvaceae
familyasına bağlı yazlık bir sebze olan bamya bitkisinde TuMV'nin enfeksiyonuna
yönelik herhangi bir çalışma yapılmamıştır. Bu amaçla 2017 yılı bamya üretim
sezonunda İzmir ve Manisa illeri bamya üretim alanlarından 31 adet virüs ve
virüs benzeri simptom gösteren bamya örnekleri toplanmıştır. Toplanan örnekler
double antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assay (DAS-ELISA) yöntemi
ile TuMV’nin varlığının belirlenmesi amacı ile testlenmiştir. Testlemeler
sonucunda 23 örnek (%74.2) TuMV ile enfekteli olarak bulunmuştur. Enfekteli
bulunan örnekler içerisinden seçilen iki TuMV izolatının moleküler
karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Bu kapsamda seçilen izolatların kısmi
nüklear inclusion b ve kapsid protein gen bölgeleri, reverse
transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) yöntemi ile çoğaltılmış ve
daha sonra klonlanmış ve sekans dizileri elde edilmiştir. İzolatların sekans
analizi sonucu elde edilen nükleotit dizileri kullanılarak dünya izolatları ile
benzerlik oranları ve filogenetik ilişkileri belirlenmiştir. Yapılan çoklu
sekans karşılaştırmaları sonucunda TuMV izolatlarının dünya izolatları ile
%84-88 ve %91-94 oranında sırası ile nükleotit ve amino asit düzeyinde
benzerlikler gösterdiği tespit edilmiştir. Filogenetik analizler sonucunda ise
bamya bitkisinden elde edilen TuMV izolatlarının basal-B grubunda olduğu bulunmuştur.
Gerçekleştirilen bu çalışma ile ülkemiz bamya üretim alanlarında TuMV varlığı
ilk kez belirlenmiştir.



.

Makale detayları

Bamya bitkisinde Şalgam mozaik virüsü (Turnip mosaic virus)’nün tespiti ve moleküler karakterizasyonu

Yazarlar:

Ali KARANFİL | Savaş KORKMAZ

Yayıncı:

Zirai Mücadele Merkez Araştırma Enstitüsü

Dergi:

Plant Protection Bulletin 2019 Vol.59 Issue 3, pp.79-87

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

9/2019

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2000913620

Sıklık:

Üç Aylık

eISSN:

1308-8122

pISSN:

0406-3597

TuMV

benzerlik

NIb

CP

klonlama

filogenetik

Sayı

Makale detayları

Bamya bitkisinde Şalgam mozaik virüsü (Turnip mosaic virus)’nün tespiti ve moleküler karakterizasyonu

Yazarlar: Ali KARANFİL | Savaş KORKMAZ

Yayıncı: Zirai Mücadele Merkez Araştırma Enstitüsü

Dergi: Plant Protection Bulletin 2019 Vol.59 Issue 3, pp.79-87

Belge Tipi: Makale

Yayın Tarihi: 9/2019

Belge Dili: Türkçe

Document ID (Org No.): 2000913620

Sıklık: Üç Aylık

eISSN: 1308-8122

pISSN: 0406-3597

TuMV

benzerlik

NIb

CP

klonlama

filogenetik

Sayı

Yazarlar:

Ali KARANFİL | Savaş KORKMAZ

Yayıncı:

Zirai Mücadele Merkez Araştırma Enstitüsü

Dergi:

Plant Protection Bulletin 2019 Vol.59 Issue 3, pp.79-87

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

9/2019

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2000913620

Sıklık:

Üç Aylık

eISSN:

1308-8122

pISSN:

0406-3597