COMBINED ANALYSIS OF LINKAGE AND WHOLE EXOME SEQUENCING REVEALS CIC AS A CANDIDATE GENE FOR ISOLATED DYSTONIA

Barış SALMAN; Emrah YÜCESAN; Bedia SAMANCI; Başar BİLGİÇ; Haşmet HANAĞASI; Hakan GÜRVİT; Uğur ÖZBEK; Sibel UĞUR İŞERİ

doi:https://doi.org/10.26650/IUITFD.2021.913346

Makale detayları

COMBINED ANALYSIS OF LINKAGE AND WHOLE EXOME SEQUENCING REVEALS CIC AS A CANDIDATE GENE FOR ISOLATED DYSTONIA

Yazarlar:

Barış SALMAN | Emrah YÜCESAN | Bedia SAMANCI | Başar BİLGİÇ | Haşmet HANAĞASI | Hakan GÜRVİT | Uğur ÖZBEK | Sibel UĞUR İŞERİ

Yayıncı:

Istanbul University

Ana Başlıklar:

Sağlık teşvikleri

Dergi:

Journal of Istanbul Faculty of Medicine 2021 Vol.84 Issue 4, pp.457-463

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

9/2021

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000515384

Sıklık:

Üç Aylık

eISSN:

1305-6441

DOI:

https://doi.org/10.26650/IUITFD.2021.913346

Özet:

 

Objective: To explore the underlying genetic variations and mechanisms in a family affected by isolated dystonia. Material and Method: We employed whole genome Single Nucleotide Polymorphism (SNP) based linkage analysis along with whole exome sequencing (WES) in a consanguineous family presenting with isolated dystonia. An in-house pipeline compiled for WES analysis along with in-depth in silico prediction algorithms were used to assess the associated data produced in this study. Sanger sequencing was used for variant confirmation and segregation. Results: Data analysis included locus oriented WES variant prioritization and cryptic splicing predictions. We detected a homozygous and synonymous variation rs748449895 (NM_015125.4: c.4143C>T; p.(Thr1381=)) in the capicua transcriptional repressor, CIC. This variation disrupts the YB-1 RNA recognition motif and creates an alternative SRp20 RNA recognition motif. Conclusion: The resulting variant might cause the dystonia phenotype by affecting the alternative splicing of CIC transcript and altering the exon inclusion motif which may disrupt the ATXN1– CIC complex.

 

Amaç: İzole distoni hastalığından etkilenmiş bir ailede hastalığa neden olan genetik varyasyonları ve mekanizmaları keşfetmek. Gereç ve Yöntem: İzole distoni hastalığı tanısı konmuş ve akraba evliliği bulunan bir ailede, tüm genom Single Nucleotide Polymorphism (SNP) temelli bağlantı analizi ile beraber tüm ekzom dizileme (TED) gerçekleştirildi. TED analizleri için laboratuvarımızda geliştirilen akış hattı ve in siliko tahmin algoritmaları bu çalışmada üretilen verinin ilişkilendirilmesinde kullanıldı. Sanger dizileme varyantların doğrulanması ve ayrımı için kullanıldı. Bulgular: SNP dizimi ile genotipleme, bağlantı analizi ve ekzom dizileme analizleri sonucu rs748449895 (NM_015125.4: c. 4143C>T;p.(Thr1381=)) homozigot sinonim varyantı tespit edildi. Devamındaki biyoinformatik analizler varyantın YB-1 RNA tanıma motifi olduğunu gösterdi. Bu varyant YB-1 RNA tanıma motifini bozarak, SRp20 RNA tanıma motifi oluşturmaktadır. Sonuç: Bulunan varyant, ekzon katılma motifini değiştirerek CIC transkriptinin alternatif kırpılmasını etkileyip ATXN1-CIC kompleksini bozarak distoni fenotipine yol açabilir.

Makale detayları

COMBINED ANALYSIS OF LINKAGE AND WHOLE EXOME SEQUENCING REVEALS CIC AS A CANDIDATE GENE FOR ISOLATED DYSTONIA

Yazarlar: Barış SALMAN | Emrah YÜCESAN | Bedia SAMANCI | Başar BİLGİÇ | Haşmet HANAĞASI | Hakan GÜRVİT | Uğur ÖZBEK | Sibel UĞUR İŞERİ

Yayıncı: Istanbul University

Ana Başlıklar: Sağlık teşvikleri

Dergi: Journal of Istanbul Faculty of Medicine 2021 Vol.84 Issue 4, pp.457-463

Belge Tipi: Makale

Yayın Tarihi: 9/2021

Belge Dili: İngilizce

Document ID (Org No.): 2000515384

Sıklık: Üç Aylık

eISSN: 1305-6441

DOI: https://doi.org/10.26650/IUITFD.2021.913346

Sayı

Yazarlar:

Barış SALMAN | Emrah YÜCESAN | Bedia SAMANCI | Başar BİLGİÇ | Haşmet HANAĞASI | Hakan GÜRVİT | Uğur ÖZBEK | Sibel UĞUR İŞERİ

Yayıncı:

Istanbul University

Ana Başlıklar:

Sağlık teşvikleri

Dergi:

Journal of Istanbul Faculty of Medicine 2021 Vol.84 Issue 4, pp.457-463

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

9/2021

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000515384

Sıklık:

Üç Aylık

eISSN:

1305-6441

DOI:

https://doi.org/10.26650/IUITFD.2021.913346