Bromukonazol’ ün Moleküler Etkileşim Mekanizmasının DFT ve Moleküler Kenetleme Yöntemleri İle Açıklanması

Neslihan Kaya Kınaytürk

Makale detayları

Bromukonazol’ ün Moleküler Etkileşim Mekanizmasının DFT ve Moleküler Kenetleme Yöntemleri İle Açıklanması

Yazarlar:

Neslihan Kaya Kınaytürk

Yayıncı:

Süleyman Demirel University

Ana Başlıklar:

Mühendislik

Dergi:

Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi Vol.27 Issue 2, pp.266-272

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

8/2023

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2001297108

pISSN:

1308-6529

Anahtar kelimeler:

Özet:

 İnsanlar için kanserojen potansiyeli yüksek olan Bromukonazol fungisitinin kuantum kimyasal hesaplamaları yapılarak yapı karakterizasyonunun aydınlatılmasının yanı sıra DNA proteini PDB ID: 1BNA ile moleküler kenetleme analizi yapıldı. Yoğunluk Fonksiyonel Teorisi DFT yöntemi B3LYP fonksiyoneli ve aug-ccpVDZ temel seti kullanılarak Gaussian09 programında optimize edildi. Zamana bağlı DFT TD-DFT yöntemi ile HOMO, LUMO enerjileri hesaplandı. Protein veri bankasından 1BNA proteinin kristal yapısı .pdb formatında temin edildi ve ligandın optimize edilmiş geometrisi kullanılarak ligand ile proteinin etkileşimi AutoDock Vina programında analiz edildi. Moleküler kenetlenme çalışmaları sonucu, ligand-protein bağlanma enerjileri, ligand-protein arasında oluşabilecek hidrojen bağ bölgeleri ve sayısı tespit edilerek moleküler etkileşim mekanizması açıklanmıştır.

 İnsanlar için kanserojen potansiyeli yüksek olan Bromukonazol fungisitinin kuantum kimyasal hesaplamaları yapılarak yapı karakterizasyonunun aydınlatılmasının yanı sıra DNA proteini PDB ID: 1BNA ile moleküler kenetleme analizi yapıldı. Yoğunluk Fonksiyonel Teorisi DFT yöntemi B3LYP fonksiyoneli ve aug-ccpVDZ temel seti kullanılarak Gaussian09 programında optimize edildi. Zamana bağlı DFT TD-DFT yöntemi ile HOMO, LUMO enerjileri hesaplandı. Protein veri bankasından 1BNA proteinin kristal yapısı .pdb formatında temin edildi ve ligandın optimize edilmiş geometrisi kullanılarak ligand ile proteinin etkileşimi AutoDock Vina programında analiz edildi. Moleküler kenetlenme çalışmaları sonucu, ligand-protein bağlanma enerjileri, ligand-protein arasında oluşabilecek hidrojen bağ bölgeleri ve sayısı tespit edilerek moleküler etkileşim mekanizması açıklanmıştır.

 İnsanlar için kanserojen potansiyeli yüksek olan Bromukonazol fungisitinin kuantum kimyasal hesaplamaları yapılarak yapı karakterizasyonunun aydınlatılmasının yanı sıra DNA proteini PDB ID: 1BNA ile moleküler kenetleme analizi yapıldı. Yoğunluk Fonksiyonel Teorisi DFT yöntemi B3LYP fonksiyoneli ve aug-ccpVDZ temel seti kullanılarak Gaussian09 programında optimize edildi. Zamana bağlı DFT TD-DFT yöntemi ile HOMO, LUMO enerjileri hesaplandı. Protein veri bankasından 1BNA proteinin kristal yapısı .pdb formatında temin edildi ve ligandın optimize edilmiş geometrisi kullanılarak ligand ile proteinin etkileşimi AutoDock Vina programında analiz edildi. Moleküler kenetlenme çalışmaları sonucu, ligand-protein bağlanma enerjileri, ligand-protein arasında oluşabilecek hidrojen bağ bölgeleri ve sayısı tespit edilerek moleküler etkileşim mekanizması açıklanmıştır.

 İnsanlar için kanserojen potansiyeli yüksek olan Bromukonazol fungisitinin kuantum kimyasal hesaplamaları yapılarak yapı karakterizasyonunun aydınlatılmasının yanı sıra DNA proteini PDB ID: 1BNA ile moleküler kenetleme analizi yapıldı. Yoğunluk Fonksiyonel Teorisi DFT yöntemi B3LYP fonksiyoneli ve aug-ccpVDZ temel seti kullanılarak Gaussian09 programında optimize edildi. Zamana bağlı DFT TD-DFT yöntemi ile HOMO, LUMO enerjileri hesaplandı. Protein veri bankasından 1BNA proteinin kristal yapısı .pdb formatında temin edildi ve ligandın optimize edilmiş geometrisi kullanılarak ligand ile proteinin etkileşimi AutoDock Vina programında analiz edildi. Moleküler kenetlenme çalışmaları sonucu, ligand-protein bağlanma enerjileri, ligand-protein arasında oluşabilecek hidrojen bağ bölgeleri ve sayısı tespit edilerek moleküler etkileşim mekanizması açıklanmıştır.

Makale detayları

Bromukonazol’ ün Moleküler Etkileşim Mekanizmasının DFT ve Moleküler Kenetleme Yöntemleri İle Açıklanması

Yazarlar:

Neslihan Kaya Kınaytürk

Yayıncı:

Süleyman Demirel University

Ana Başlıklar:

Mühendislik

Dergi:

Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi Vol.27 Issue 2, pp.266-272

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

8/2023

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2001297108

pISSN:

1308-6529

DFT

Moleküler Kenetlenme

Bromukanazol

HOMO-LUMO

Sayı

Makale detayları

Bromukonazol’ ün Moleküler Etkileşim Mekanizmasının DFT ve Moleküler Kenetleme Yöntemleri İle Açıklanması

Yazarlar: Neslihan Kaya Kınaytürk

Yayıncı: Süleyman Demirel University

Ana Başlıklar: Mühendislik

Dergi: Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi Vol.27 Issue 2, pp.266-272

Belge Tipi: Makale

Yayın Tarihi: 8/2023

Belge Dili: Türkçe

Document ID (Org No.): 2001297108

pISSN: 1308-6529

DFT

Moleküler Kenetlenme

Bromukanazol

HOMO-LUMO

Sayı

Yazarlar:

Neslihan Kaya Kınaytürk

Yayıncı:

Süleyman Demirel University

Ana Başlıklar:

Mühendislik

Dergi:

Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi Vol.27 Issue 2, pp.266-272

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

8/2023

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2001297108

pISSN:

1308-6529