Parkinson Hastalığı ile İlişkilendirilen PreNAC Fibril Kesiti ve Onun A53C, A53E, A53G, A53T, A53V Mutasyonlarının Yapısal Kararlılığın Araştırılması

Hakan ALICI; Kadir DEMİR

Makale detayları

Parkinson Hastalığı ile İlişkilendirilen PreNAC Fibril Kesiti ve Onun A53C, A53E, A53G, A53T, A53V Mutasyonlarının Yapısal Kararlılığın Araştırılması

Yazarlar:

Hakan ALICI | Kadir DEMİR

Yayıncı:

Süleyman Demirel University

Ana Başlıklar:

Fizik

Dergi:

Süleyman Demirel University Faculty of Arts and Science Journal of Science 2021 Vol.16 Issue 1, pp.66-76

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

5/2021

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2000582283

Sıklık:

İki Yıllık

eISSN:

1306-7575

Özet:

 


A pathological hallmark of Parkinson's disease (PD) is the fibrillar structures formed by alpha-synuclein aggregates accumulated in the brain. In this study, we focused on an alpha-synuclein PreNAC fibril segment and it’s A53C, A53E, A53G, A53T and A53V mutations. The structural stability and the interactions between sheets of all fibril systems studied in this paper were examined using the Molecular Dynamic (MD) simulation method and thus the possibilities of these fibril segments to be target structures for future drug development efforts was evaluated. According to the findings obtained from our MD simulations, it was determined that the wild type (WT) fibril segment and its A53E, A53T and A53V fibril structures with hereditary mutations preserved significantly their stable conformational structure along the simulations, whereas the A53G mutation had a disruptive effect on the fibril segment.

.

 


Parkinson hastalığının (PD) başlıca patolojik işaretlerinden biri beyinde kümelenmiş alfa-sinüklein agregalarının oluşturdukları fibril yapılardır. Bu çalışmada PreNAC olarak adlandırılan bir alfa-sinüklein fibril kesiti ve onun 53. aminoasidinin A53C, A53E, A53G, A53T ve A53V mutasyon fibril yapıları üzerine odaklanılmıştır. Ele alınan tüm fibril kesiti sistemlerinin yapısal kararlılıkları ve yaprak tabakları arasındaki etkileşimler Moleküler Dinamik (MD) simülasyon yöntemi kullanılarak incelenmiştir. Böylece ilgilenilen fibril kesitlerinin gelecekteki muhtemel ilaç geliştirme çalışmaları için hedef yapı olabilme ihtimalleri değerlendirilmiştir. Çalışmada elde edilen bulgulara göre, vahşi tip fibril kesiti ve onun kalıtsal mutasyonlarını içeren A53E, A53T, A53V fibril kesitlerinin simülasyonlar boyunca önemli ölçüde konformasyonel formlarını kararlı bir şekilde koruduğu gözlemlenirken öte yandan A53G mutasyonunun fibril kesitini dağıtıcı bir etki gösterdiği tespit edilmiştir. 

.

Makale detayları

Parkinson Hastalığı ile İlişkilendirilen PreNAC Fibril Kesiti ve Onun A53C, A53E, A53G, A53T, A53V Mutasyonlarının Yapısal Kararlılığın Araştırılması

Yazarlar: Hakan ALICI | Kadir DEMİR

Yayıncı: Süleyman Demirel University

Ana Başlıklar: Fizik

Dergi: Süleyman Demirel University Faculty of Arts and Science Journal of Science 2021 Vol.16 Issue 1, pp.66-76

Belge Tipi: Makale

Yayın Tarihi: 5/2021

Belge Dili: Türkçe

Document ID (Org No.): 2000582283

Sıklık: İki Yıllık

eISSN: 1306-7575

Sayı

Yazarlar:

Hakan ALICI | Kadir DEMİR

Yayıncı:

Süleyman Demirel University

Ana Başlıklar:

Fizik

Dergi:

Süleyman Demirel University Faculty of Arts and Science Journal of Science 2021 Vol.16 Issue 1, pp.66-76

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

5/2021

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2000582283

Sıklık:

İki Yıllık

eISSN:

1306-7575