SCREENING SLC2A1 GENE FOR SEQUENCE AND COPY NUMBER VARIATIONS ASSOCİATED WITH GLUT-1 DEFICIENCY SYNDROME

Cemre ÖRNEK ERGÜZELOĞLU; Bülent KARA; İlker KARACAN; Özkan ÖZDEMİR; Yeşim KESİM; Nerses BEBEK; Uğur ÖZBEK; Sibel Aylin UĞUR İŞERİ

Makale detayları

SCREENING SLC2A1 GENE FOR SEQUENCE AND COPY NUMBER VARIATIONS ASSOCİATED WITH GLUT-1 DEFICIENCY SYNDROME

Yazarlar:

Cemre ÖRNEK ERGÜZELOĞLU | Bülent KARA | İlker KARACAN | Özkan ÖZDEMİR | Yeşim KESİM | Nerses BEBEK | Uğur ÖZBEK | Sibel Aylin UĞUR İŞERİ

Yayıncı:

Istanbul University

Ana Başlıklar:

Sağlık teşvikleri

Dergi:

Journal of Istanbul Faculty of Medicine 2020 Vol.83 Issue 3, pp.177-183

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

6/2020

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000515756

Sıklık:

Üç Aylık

eISSN:

1305-6441

Özet:

 

Objective: Glucose transporter-1 deficiency syndrome (GLUT1- DS) is defined as a metabolic encephalopathy that is associated with heterozygous and usually de novo pathogenic variations in the SLC2A1 (solute carrier family2 member1) gene. Materials and Methods: In this study, all coding exons and neighboring intronic regions of SLC2A1 were Sanger sequenced in 12 patients with clinically suspected GLUT1-DS. For de novo variations revealed after sequencing and segregation analysis, we also performed genome wide Single Nucleotide Polymorphism (SNP) genotyping to confirm parental relatedness with the proband. In patients without any sequence variations, real-time quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR) was applied to determine the presence of any copy number variations (CNV). Results: Sanger sequencing followed by bioinformatics analysis, segregation in the family and SNP array genotyping revealed two novel and de novo pathogenic variations associated with the GLUT1-DS phenotype in 2 patients. qPCR results were compatible with one copy loss of SLC2A1 gene in another patient. All variations identified herein are likely to have caused null alleles and resulted in GLUT1-DS through haplo insufficiency. Disscussion: In this study we used a series of molecular genetic approaches in order to identify all possible variations in SLC2A1 that may be associated with GLUT1-DS. This collective effort facilitated diagnosis in 3 patients.

 


Amaç: GLUT1 eksikliği sendromu (GLUT-1ES) bebeklik çağında başlayan metabolic bir ensefalopati olarak tanımlanmıştır. Kolaylaştırılmış glikoz taşıyıcısı olan GLUT1’i kodlayan SLC2A1 genindeki de novo patojenik varyasyonlardan kaynaklanır. Gereç ve Yöntem: Bu çalışma kapsamında, GLUT1-ES klinik şüphesi olan 12 hastada SLC2A1 geninin tüm ekzonları Sanger dizileme metodu ile taranmıştır. De novo varyantların anne baba çocuk üçlüsü açısından uyumluluğu Tek Nükleotid Polimorfizmi (SNP) genotiplemesi ile yapılmıştır. Sanger analizinde herhangi bir değişikliği olmayan hastalarda, gerçek zamanlı kantitatif PZR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) analizi ile kopya sayısı değişimleri incelenmiştir. Bulgular: Sanger dizileme, biyoinformatik analiz, aile segregasyonu ve SNP genotipleme yaklaşımlarının ardarda uygulanması ile 2 hastada GLUT1-ES fenotipiyle ilişkili iki yeni ve de novo patojenik varyasyon tespit edilmiştir. Gerçek zamanlı qPZR sonuçları ise bir başka hastada SLC2A1 geninin bir kopya kaybıyla uyumlu bulunmuştur. Tespit edilen 3 varyasyonun da SLC2A1 geninin bir allelinin fonksiyonunu tamamen ortadan kaldırarak haployetersizlik mekanizması ile hastalığa yol açtığı öngörülmüştür. Tartışma: Bu çalışma ile pek çok farklı moleküler genetik teknik ve analizler kullanılarak GLUT1-ES hastalığında gen seviyesindeki olası tüm değişikliklerin belirlenmesi hedeflenmiş; klinik tanıya katkı sağlanmıştır.

.

Makale detayları

SCREENING SLC2A1 GENE FOR SEQUENCE AND COPY NUMBER VARIATIONS ASSOCİATED WITH GLUT-1 DEFICIENCY SYNDROME

Yazarlar: Cemre ÖRNEK ERGÜZELOĞLU | Bülent KARA | İlker KARACAN | Özkan ÖZDEMİR | Yeşim KESİM | Nerses BEBEK | Uğur ÖZBEK | Sibel Aylin UĞUR İŞERİ

Yayıncı: Istanbul University

Ana Başlıklar: Sağlık teşvikleri

Dergi: Journal of Istanbul Faculty of Medicine 2020 Vol.83 Issue 3, pp.177-183

Belge Tipi: Makale

Yayın Tarihi: 6/2020

Belge Dili: İngilizce

Document ID (Org No.): 2000515756

Sıklık: Üç Aylık

eISSN: 1305-6441

Sayı

Yazarlar:

Cemre ÖRNEK ERGÜZELOĞLU | Bülent KARA | İlker KARACAN | Özkan ÖZDEMİR | Yeşim KESİM | Nerses BEBEK | Uğur ÖZBEK | Sibel Aylin UĞUR İŞERİ

Yayıncı:

Istanbul University

Ana Başlıklar:

Sağlık teşvikleri

Dergi:

Journal of Istanbul Faculty of Medicine 2020 Vol.83 Issue 3, pp.177-183

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

6/2020

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000515756

Sıklık:

Üç Aylık

eISSN:

1305-6441