Characterization of Prokaryotic Diversity in Eber Lake through Metagenomic Analysis

Fahri Pat; Sultan Fidan Pedük; Neşe Akçay; Hatice Kübra Kızıl Pat; Ercan Arıcan

Makale detayları

Characterization of Prokaryotic Diversity in Eber Lake through Metagenomic Analysis

Yazarlar:

Fahri Pat | Sultan Fidan Pedük | Neşe Akçay | Hatice Kübra Kızıl Pat | Ercan Arıcan

Yayıncı:

Igdir University

Ana Başlıklar:

Yapısal Biyoloji | Hidrobiyoloji

Dergi:

Iğdır Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi Vol.14 Issue 1, pp.437-446

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

1/2024

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2001311735

pISSN:

2536-4618

Anahtar kelimeler:

Özet:

 Eber Lake is located on the migration route of birds in Turkey and provides natural breeding and habitat for many bird species thanks to its reed areas. Despite being such an important lake in our country, there has been insufficient research on prokaryotic diversity. Metagenomic analysis enables the determination of the species, genetic structures, functional roles, and their effects on human and ecological health of microorganisms obtained through DNA isolation. Next-generation sequencing NGS is a modern DNARNA sequencing technology that allows for the simultaneous high-speed and high-precision sequencing of many DNA or RNA samples. In this study, we used high-throughput NGS methods for metagenomic analysis of 16S ribosomal DNA rDNA V3-V4 regions sequences from Eber Lake. The obtained sequence data using Illumina NovaSeq technology was analyzed with MOTHUR software to investigate prokaryotic diversity. The analysis revealed that the Proteobacteria, Verrucomicrobia, Bacteroidetes, and Actinobacteria phyla were dominant, and the prokaryotic diversity in Eber Lake was characterized in detail.

 Eber Lake is located on the migration route of birds in Turkey and provides natural breeding and habitat for many bird species thanks to its reed areas. Despite being such an important lake in our country, there has been insufficient research on prokaryotic diversity. Metagenomic analysis enables the determination of the species, genetic structures, functional roles, and their effects on human and ecological health of microorganisms obtained through DNA isolation. Next-generation sequencing NGS is a modern DNARNA sequencing technology that allows for the simultaneous high-speed and high-precision sequencing of many DNA or RNA samples. In this study, we used high-throughput NGS methods for metagenomic analysis of 16S ribosomal DNA rDNA V3-V4 regions sequences from Eber Lake. The obtained sequence data using Illumina NovaSeq technology was analyzed with MOTHUR software to investigate prokaryotic diversity. The analysis revealed that the Proteobacteria, Verrucomicrobia, Bacteroidetes, and Actinobacteria phyla were dominant, and the prokaryotic diversity in Eber Lake was characterized in detail.

 Eber Lake is located on the migration route of birds in Turkey and provides natural breeding and habitat for many bird species thanks to its reed areas. Despite being such an important lake in our country, there has been insufficient research on prokaryotic diversity. Metagenomic analysis enables the determination of the species, genetic structures, functional roles, and their effects on human and ecological health of microorganisms obtained through DNA isolation. Next-generation sequencing NGS is a modern DNARNA sequencing technology that allows for the simultaneous high-speed and high-precision sequencing of many DNA or RNA samples. In this study, we used high-throughput NGS methods for metagenomic analysis of 16S ribosomal DNA rDNA V3-V4 regions sequences from Eber Lake. The obtained sequence data using Illumina NovaSeq technology was analyzed with MOTHUR software to investigate prokaryotic diversity. The analysis revealed that the Proteobacteria, Verrucomicrobia, Bacteroidetes, and Actinobacteria phyla were dominant, and the prokaryotic diversity in Eber Lake was characterized in detail.

 Eber Gölü, Türkiyede göçmen kuşların geçiş rotası üzerinde yer almakta ve sazlık alanları sayesinde birçok kuş türüne doğal üreme ve yaşam alanı sağlamaktadır. Ülkemizde bu kadar önemli bir göl olmasına rağmen prokaryotik çeşitlilik konusunda yeterli çalışma olmadığı görülmüştür. Metagenomik analiz DNA izolasyonu ile elde edilen mikroorganizmaların türlerini, genetik yapılarını, fonksiyonel rollerini ve insan ile ekolojik sağlık üzerindeki etkilerini belirlemeyi mümkün kılmaktadır. Yeni nesil dizileme YND, birçok DNA veya RNA örneğinin eşzamanlı olarak yüksek hızda ve yüksek hassasiyetle dizilenmesini mümkün kılan, modern bir DNARNA dizileme teknolojisidir. Bu çalışmamızda Eber Gölüne ait 16S ribozomal DNA rDNA V3-V4 bölgeleri dizilerinin metagenomik analizi için yüksek verimli YND yöntemleri kullanılmıştır. Prokaryotik çeşitliliği incelemek amacıyla MOTHUR yazılımı kullanılarak Illumina NovaSeq teknolojisi ile elde edilen dizi verileri analiz edilmiştir. Analizler sonucu Proteobacteria, Verrucomicrobia, Bacteroidetes ve Actinobacteria Şubelerinin baskın olduğu ortaya çıkarılarak Eber Gölündeki prokaryotik çeşitlilik detaylı bir şekilde karakterize edilmiştir.

Makale detayları

Characterization of Prokaryotic Diversity in Eber Lake through Metagenomic Analysis

Yazarlar:

Fahri Pat | Sultan Fidan Pedük | Neşe Akçay | Hatice Kübra Kızıl Pat | Ercan Arıcan

Yayıncı:

Igdir University

Ana Başlıklar:

Yapısal Biyoloji | Hidrobiyoloji

Dergi:

Iğdır Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi Vol.14 Issue 1, pp.437-446

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

1/2024

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2001311735

pISSN:

2536-4618

metagenomics

ecology

prokaryotic diversity

illimina Sequencing

16s rRNAProkaryotik çeşitlilik

metagenomik

ekoloji

16s rRNA

İllumina dizileme

Sayı

Makale detayları

Yazarlar: Fahri Pat | Sultan Fidan Pedük | Neşe Akçay | Hatice Kübra Kızıl Pat | Ercan Arıcan

Yayıncı: Igdir University

Ana Başlıklar: Yapısal Biyoloji | Hidrobiyoloji

Dergi: Iğdır Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi Vol.14 Issue 1, pp.437-446

Belge Tipi: Makale

Yayın Tarihi: 1/2024

Belge Dili: Türkçe

Document ID (Org No.): 2001311735

pISSN: 2536-4618

Sayı

Yazarlar:

Fahri Pat | Sultan Fidan Pedük | Neşe Akçay | Hatice Kübra Kızıl Pat | Ercan Arıcan

Yayıncı:

Igdir University

Ana Başlıklar:

Yapısal Biyoloji | Hidrobiyoloji

Dergi:

Iğdır Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi Vol.14 Issue 1, pp.437-446

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

1/2024

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2001311735

pISSN:

2536-4618