Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR) and Its Current Applicatıons in Microbial Diagnosis

Emre TAŞKIN; Özlem KUTLU; Cüneyt KURU; Yeliz ESKİ

doi:https://doi.org/10.34084/bshr.596146

Makale detayları

Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR) and Its Current Applicatıons in Microbial Diagnosis

Yazarlar:

Emre TAŞKIN | Özlem KUTLU | Cüneyt KURU | Yeliz ESKİ

Yayıncı:

Deneysel, Biyoteknolojik, Klinik ve Stratejik Sağlık Araştırmaları Derneği

Ana Başlıklar:

Tıp

Dergi:

Journal of Biotechnology and Strategic Health Research 2019 Vol.3 Issue 3, pp.154-160

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

12/2019

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000494158

Sıklık:

Üç Yıllık

eISSN:

2587-1641

DOI:

https://doi.org/10.34084/bshr.596146

Özet:

 


Conventional
diagnostic methods have been used successfully for a long time in infectious
diseases. Besides conventional microbiologic diagnosis methods, new methods are
being developed for advanced accuracy, cost-effectiveness and ease of
application. Prokaryotic immune system has defense types of innate, adaptive
and cell suicide (programmed death). A part of prokaryotic adaptive immune
system named CRISPR-Cas is under intensive research recently as a novel
bacterial diagnostic system. CRISPR-Cas system can be used as a
biotechnological method and can be classified in genetic based bacterial
diagnostic methods. CRISPR-Cas system classification is based on included Cas
protein type and the target nucleic acid type (DNA or RNA). CRISPR-Cas locus in
prokaryotic cells consists of two main parts which are repeat sequences and
spacer sequences. Sequences which constitutes the adaptive immunity are spacer
sequences that are acquired from invading agents after survival of the prokaryote
from the attack. In CRISPR-Cas system cas genes are in charge of
cleaving foreign nucleic acid to defense prokaryotic cell itself. Currently new
systems like SHERLOCK, DETECTR and HUDSON are developed as variations of CRISPR-Cas
system by different research groups. Also, as a gene editing tool CRISPR-Cas
system is highly effective in setting up knock-out and knock-in systems and in
experiments which require gene regulation either in the transcriptional and
post-transcriptional level. CRISPR-Cas system is planned to be used in
producing therapeutic antiviral drugs. Considering current data, CRISPR-Cas is
a promising bacterial diagnostic system with all its advantages of rapidity,
lower cost, accuracy and simple application protocol.


.

 


Bulaşıcı hastalıklarda geleneksel tanı yöntemleri uzun
zamandır başarıyla kullanılmaktadır. Geleneksel mikrobiyolojik tanı
yöntemlerinin yanı sıra, gelişmiş doğruluk, maliyet etkinliği ve uygulama
kolaylığı için yeni yöntemler geliştirilmektedir. Prokaryotik bağışıklık
sistemi tipleri doğuştan gelen, adaptif ve programlı hücre ölümüdür. Son
zamanlarda yeni bir bakteriyel tanı sistemi olarak CRISPR-Cas adlı system prokaryotik
adaptif bağışıklık sisteminin bir parçasıdır ve yoğun olarak araştırılmaktadır.
CRISPR-Cas sistemi, genetik tabanlı bakteriyel tanı yöntemlerinde
sınıflandırılabilir ve aynı zamanda biyoteknolojik bir yöntem olarak da kullanılmaktadır.
CRISPR-Cas sisteminin sınıflandırılması, Cas protein tipine ve hedef nükleik
asit tipine (DNA veya RNA) göre yapılmaktadır. Prokaryotik hücrelerde
CRISPR-Cas lokusu, tekrarlayan diziler ve spacer diziler olarak iki ana
bölümden oluşur. Spacer diziler prokaryotun saldırıdan sağkalımından sonra
istilacı ajanların genomundan bakteriye geçen dizilerdir. CRISPR-Cas sisteminde
cas genleri prokaryotik hücrenin kendisini korumak için yabancı nükleik
asidi parçalayan enzimlerdir. CRISPR-Cas sisteminin varyasyonları olarak Şu
anda SHERLOCK, DETECTR ve HUDSON gibi yeni sistemler, farklı araştırma grupları
tarafından geliştirilmektedir. Ayrıca CRISPR-Cas sistemi, knock-out ve knock-in
sistemlerinin oluşturulmasında, transkripsiyon ve transkripsiyon sonrası
seviyede gen regülasyonu gerektiren deneylerde oldukça etkilidir. CRISPR-Cas
sisteminin terapötik antiviral ilaçların üretilmesinde kullanılması da planlanmaktadır.
Mevcut veriler göz önüne alındığında, CRISPR-Cas, hız, düşük maliyet, yüksek
doğruluk ve basit uygulama protokolü avantajları ile umut verici bir bakteriyel
tanı sistemidir.


.

Makale detayları

Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR) and Its Current Applicatıons in Microbial Diagnosis

Yazarlar: Emre TAŞKIN | Özlem KUTLU | Cüneyt KURU | Yeliz ESKİ

Yayıncı: Deneysel, Biyoteknolojik, Klinik ve Stratejik Sağlık Araştırmaları Derneği

Ana Başlıklar: Tıp

Dergi: Journal of Biotechnology and Strategic Health Research 2019 Vol.3 Issue 3, pp.154-160

Belge Tipi: Makale

Yayın Tarihi: 12/2019

Belge Dili: İngilizce

Document ID (Org No.): 2000494158

Sıklık: Üç Yıllık

eISSN: 2587-1641

DOI: https://doi.org/10.34084/bshr.596146

Sayı

Yazarlar:

Emre TAŞKIN | Özlem KUTLU | Cüneyt KURU | Yeliz ESKİ

Yayıncı:

Deneysel, Biyoteknolojik, Klinik ve Stratejik Sağlık Araştırmaları Derneği

Ana Başlıklar:

Tıp

Dergi:

Journal of Biotechnology and Strategic Health Research 2019 Vol.3 Issue 3, pp.154-160

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

12/2019

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000494158

Sıklık:

Üç Yıllık

eISSN:

2587-1641

DOI:

https://doi.org/10.34084/bshr.596146