Doğal Fermente Olan Sütteki Lactobacillus Spp.16S rRNA Geninin Kısmi Analizi

Nur KUSMİYATİ; Nur HİDAYAT; Fatchiyah FATCHİYAH

Makale detayları

Doğal Fermente Olan Sütteki Lactobacillus Spp.16S rRNA Geninin Kısmi Analizi

Yazarlar:

Nur KUSMİYATİ | Nur HİDAYAT | Fatchiyah FATCHİYAH

Yayıncı:

Cukurova University

Dergi:

Cukurova Medical Journal 2014 Vol.39 Issue 1, pp.99-104

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

7/2014

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2000917454

Sıklık:

Üç Aylık

eISSN:

2602-3040

pISSN:

2602-3032

Anahtar kelimeler:

Özet:

 

Purpose: The aim of this research is to analysis 16S rRNA gene sequence of Lactobacillus spp. from natural fermented milk.   Material and Methods: The methods that used in this study are total DNA isolation using alkaline lysis, PCR amplification carried out using of specific primers, and identification of amplified DNA using sequencing. The result of PCR process is a nuclotide with  approximately 585 bp length which contained V1-V3 variable regions. 16S rRNA gene sequence then compared and aligned  with existing 16S rRNA data sequence from GenBank.   Results: The conserved region of 16S rRNA gene from nuclotide number 189-358 and 384-445 were 95,9% and 94,9% respectively, and the total conserved region of 16S rRNA gene is 78.8%. From total 7 isolates that isolated from natural fermented milk , 2 isolates were identified as L. plantarum with similarity value 98.28% and 97.78%, the other 5 isolates were identified as L. rhamnosus (2 isolates) with similarity value 98.38% and 97.51%, L. zeae (2 isolates) with similarity value 97.36% and 98.38%, and L. casei (1 isolate) with similarity value 98.20%.  Conclusion: These results indicate the test isolates are members of the genus Lactobacillus, but classified in different species.

 

Amaç: Bu çalışmanın amacı doğal olarak fermente olan sütten Lactobacillus spp. türüne ait 16S rRNA ların gen sekansı yapmaktır.   Materyal ve Metod: Kullanılan metodlar; alkali lizis yöntemiyle total DNA izolasyonu, spesifik primerlerle PCR amplifikasyonu ve amplifiye edilmiş DNA ların sekans analizlerinin yapılması şeklindedir. Elde edilen PCR ürünleri  yaklaşık 585 bp uzunluğunda olup V1-V3 değişken bölgelerini içermektedir. Sekanslanan 16s rRNA daha sonra gen bankasıyla karşılaştırıldı.   Bulgular: 16s rRNA geninin korunmuş bölgeleri; 189-358 ve 384-445 sırasıyla %95,9 ile %94,9 oranında korunurken, 16s rRNA geni totalde %78.8 oranında korunmuştur. Doğal sütün fermentasyonundan izole edilen bu 7 izolattan 2 tanesi L.Plantarum(benzerlik oranları %98.28 ve %97.78 diğer 5 izolattan 2"si L. Rhamnosus (benzerlik oranları (98.38 ve %97.51), diğer 2"si L. zeae (benzerlik oranları %97.36 ve % ve %98.38), biri ise L. case (benzerlik oranı%98.20) şeklinde tanımlanmıştır.  Sonuç: Çalışmanın sonuçları test edilen izolatın Laktobailus genusuna ait olduğunu, fakat farklı türde sınıflandırıldığını göstermiştir.

Makale detayları

Doğal Fermente Olan Sütteki Lactobacillus Spp.16S rRNA Geninin Kısmi Analizi

Yazarlar:

Nur KUSMİYATİ | Nur HİDAYAT | Fatchiyah FATCHİYAH

Yayıncı:

Cukurova University

Dergi:

Cukurova Medical Journal 2014 Vol.39 Issue 1, pp.99-104

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

7/2014

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2000917454

Sıklık:

Üç Aylık

eISSN:

2602-3040

pISSN:

2602-3032

laktobacillus

doğal fermente süt

16s rRNA

parsiyal analiz

Sayı

Makale detayları

Doğal Fermente Olan Sütteki Lactobacillus Spp.16S rRNA Geninin Kısmi Analizi

Yazarlar: Nur KUSMİYATİ | Nur HİDAYAT | Fatchiyah FATCHİYAH

Yayıncı: Cukurova University

Dergi: Cukurova Medical Journal 2014 Vol.39 Issue 1, pp.99-104

Belge Tipi: Makale

Yayın Tarihi: 7/2014

Belge Dili: Türkçe

Document ID (Org No.): 2000917454

Sıklık: Üç Aylık

eISSN: 2602-3040

pISSN: 2602-3032

laktobacillus

doğal fermente süt

16s rRNA

parsiyal analiz

Sayı

Yazarlar:

Nur KUSMİYATİ | Nur HİDAYAT | Fatchiyah FATCHİYAH

Yayıncı:

Cukurova University

Dergi:

Cukurova Medical Journal 2014 Vol.39 Issue 1, pp.99-104

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

7/2014

Belge Dili:

Türkçe

Document ID (Org No.):

2000917454

Sıklık:

Üç Aylık

eISSN:

2602-3040

pISSN:

2602-3032