Occurrence and Characterization of Coat Protein Gene of Zucchini yellow mosaic potyvirus (ZYMV) Isolate Infecting Pumpkin (Cucurbita pepo L.) in Bingol Province (Turkey)

Abdullah GÜLLER; Mustafa USTA

doi:https://doi.org/10.30910/turkjans.633604

Makale detayları

Occurrence and Characterization of Coat Protein Gene of Zucchini yellow mosaic potyvirus (ZYMV) Isolate Infecting Pumpkin (Cucurbita pepo L.) in Bingol Province (Turkey)

Yazarlar:

Abdullah GÜLLER | Mustafa USTA

Yayıncı:

Mevlüt AKÇURA

Dergi:

Turkish Journal of Agricultural and Natural Sciences 2019 Vol.6 Issue 4, pp.798-807

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

10/2019

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000669474

Sıklık:

Üç Aylık

pISSN:

2148-3647

DOI:

https://doi.org/10.30910/turkjans.633604

Özet:

 


Zucchini yellow
mosaic potyvirus
(ZYMV) belongs to family Potyviridae, which causes serious economic losses in
many cucurbits from worldwide. In 2018 (September), leaf samples of pumpkin
exhibiting typical viral symptoms including mosaic, blistering and wrinkling
and healthy pumpkin leaf samples were collected from Bingöl and screened by
Reverse- Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) against ZYMV
infection. Tested leaf samples were reacted positive resulting in an expected
about 840 bp DNA fragments of partial coat protein (CP) gene of ZYMV. ZYMV-CP
gene was further inserted into a pGEM-T Easy prokaryotic cloning vector and
their partial nucleotide sequences and deduced amino acid were ascertained. The
provided ZYMV- CP gene sequence consisted of 837 nucleotides in length coded
for 279 amino acid residues of approximately 31.2 kDa. The isolate was
denominated as ZYMV-Bingol and registered with MK689858 accession number in the
NCBI. The sequence of ZYMV- Bingol CP gene were aligned with 21 isolates
deposited in GenBank from different geographical location and its phylogenetic
relationships were determined. Molecular analysis of the ZYMV CP gene sequence
indicated the highest similarity with 100% Turkish isolate (JF317296) and the
lowest with 91.64% of Korea isolate (AF062518), at nucleotide level. Moreover,
phylogenetic analyses revealed that ZYMV Bingöl isolate is clustered with the
Turkish- Adana isolate (JF317296) and Pakistan isolate (AB127936). ZYMV has
been reported for the first time in the pumpkin plant from Bingöl province of
Turkey by this study.

.

 

Kabak sarı mozaik potivirüsü (ZYMV), Potyviridae
ailesine ait bir virüs olup dünya çapında birçok kabakgil bitkide ciddi
ekonomik kayıplara neden olmaktadır. 2018 yılı Eylül ayında, Bingöl iline bağlı
kabak yetiştiriciliği yapılan alanlarda kabarıklık ve buruşukluk gibi tipik
viral hastalık belirtisi gösteren bitkiler ile sağlıklı bitkilerden örnekler
alınarak ZYMV enfeksiyonu bakımından Reverse Transkripsiyon Polimeraz Zircir
Reaksiyonu (RT-PCR) ile testlenmiştir. RT-PCR testi pozitif reaksiyon vererek
ZYMV’nin kılıf proteinine karşılık gelen yaklaşık 840 bp DNA fragmenti
oluşturmuştur. Ayrıca, çoğaltılan ZYMV'nin tam kılıf protein (coat protein, CP)
geni, prokaryotik klonlama vektörü olan pGEM-T Easy vektörüne klonlanmış ve
genin tam nükleotid ve amino asit dizisi tespit edilmiştir. Elde edilen ZYMV-CP
gen dizisinin 279 amino asiti kodladığı (yaklaşık 31.2 kDa)  ve 837 nükleotidi içerdiği ortaya çıkarılmış
ve bu dizi ZYMV-Bingöl izolatı olarak isimlendirilerek MK689858 erişim numarası
ile gen bankasına (NCBI) kaydedilmiştir. ZYMV-Bingol CP geninin dizisi, farklı
coğrafi bölgelerden elde edilen 21 izolat ile analiz edilerek filogenetik
ilişkileri belirlenmiştir. Nükleotid düzeyindeki moleküler analizlere göre ZYMV
CP gen dizisisi, en yüksek % 100 oranında Türkiye izolatı (JF317296) ile ve en
düşük % 91.64 oranında Kore izolatı (AF062518) ile benzerlik göstermiştir. Ayrıca,
filogenetik analizler, ZYMV Bingöl izolatının Türkiye-Adana izolatı (JF317296)
ve Pakistan izolatı (AB127936) ile gruplandığını belirlenmiştir. Bingöl ilinde
kabak bitkisini enfekte eden ZYMV’nin bulunuşu ilk kez bu çalışmayla rapor
edilmiştir.

Makale detayları

Occurrence and Characterization of Coat Protein Gene of Zucchini yellow mosaic potyvirus (ZYMV) Isolate Infecting Pumpkin (Cucurbita pepo L.) in Bingol Province (Turkey)

Yazarlar: Abdullah GÜLLER | Mustafa USTA

Yayıncı: Mevlüt AKÇURA

Dergi: Turkish Journal of Agricultural and Natural Sciences 2019 Vol.6 Issue 4, pp.798-807

Belge Tipi: Makale

Yayın Tarihi: 10/2019

Belge Dili: İngilizce

Document ID (Org No.): 2000669474

Sıklık: Üç Aylık

pISSN: 2148-3647

DOI: https://doi.org/10.30910/turkjans.633604

Sayı

Yazarlar:

Abdullah GÜLLER | Mustafa USTA

Yayıncı:

Mevlüt AKÇURA

Dergi:

Turkish Journal of Agricultural and Natural Sciences 2019 Vol.6 Issue 4, pp.798-807

Belge Tipi:

Makale

Yayın Tarihi:

10/2019

Belge Dili:

İngilizce

Document ID (Org No.):

2000669474

Sıklık:

Üç Aylık

pISSN:

2148-3647

DOI:

https://doi.org/10.30910/turkjans.633604